• Santé - Amorces, Souche, Séquence, Génome

[Biologie Moléculaire] Technique pour obtenir des amorces souche spécifique sans séquence du génome

Or pour cela je dois tout d'abord déterminer des amorces spécifiques de mes souches, le problème est que les génomes de mes bactéries n'ont jamais été séquencés à ce jour et il n'est pas prévu car trop cher.  [...] Si tu cibles un gène très bien conservé chez d'autres souches bactériennes, tu peux designer tes amorces sur un consensus (à partir des leur séquences).  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquençage d'un gène

Sur le lien ci contre on peut voir qu'il faut des amorces connues pour trouver la séquence d'un gène inconnu. http.//www.snv.jussieu.fr/vie/dossie...e/sequence.htm.  [...] Or, si on veut trouver la séquence d'un gène se trouvant dans un génome non séquencé, comment peut on connaître la séquence des amorces utiles.  [...]

Utilité de la PCR en médecine ?

Si on veut savoir si cet individu est porteur d'un virus du sang, on va utiliser des amorces spécifiques d'une séquence du virus en question, et la PCR amplifiera cette séquence et cette séquence seulement, au détriment de tout le reste de l'ADN, qui était beaucoup plus abondant au départ (puisque le génome humain est beaucoup plus long que celui du virus).  [...] Alors non, tu n'es pas obligé de connaître la séquence de la mutation que tu recherches, car tu peux choisir des amorces qui encadrent le locus de la mutation. Tu amplifies, tu séquences et tu regardes ensuite si la séquence est anormale, et si oui quelle est la nature de la mutation.  [...]

[Biologie Moléculaire] transcriptase inverse

Bonjour, j'étudie la génie génétique qui reste encore très flou pour moi. La notion de transcriptase inverse indique donc qu'on prend un ARN connu, qui va devenir en ADNc qui va pouvoir s'hybrider avec la séquence d'ADN qu'on cherche.  [...] Peut-être que vous avez confondu 'hybridation avec alignement, ou alors je ne connais pas cette technique. Si vous faites allusion au RNA-seq, une fois que l'on a obtenu le premier ADNc, il est fragmenté, des adaptateurs pour amorces de PCR et de séquençage sont ligués aux extrémités, puis il est séquencé et aligné sur le génome de référence.  [...]

[Microbiologie] Lecture du résultat d'une culture en boîte de Pétri

- l'approche génétique (soit en obtenant la séquence d'au moins un gène et en la comparant aux données existantes sur le génome des bactéries/champignons, soit par PCR avec des amorces qui seraient spécifique de tel organisme, mais ca sous entend ici d'avoir déjà une idée) mais ducoup irréalisable en dehors d'analyses de labo (labo de recherche ou labo medicale).  [...] -l'approche phénotypique, mais impossible a faire chez soi non plus, basée sur des tests par exemple tu applique tel composé spécifique, si ca penetre la bactérie, tu sauras que c'est une Gram+ (ou Gram-) ensuite tu met sur un autre lot du meme organisme un autre composé qui par exemple va réagir avec la catalase, si il y a une réponse tu va éliminer certaines souches car chez les bactéries Gram+ (ou Gram-) certaines possèdent la catalase et d'autres ne la possèdent pas, donc tu réduit les candidats potentiels.  [...]

Questions sur la PCR

la totalité du génome de la personne si c'est le cas nos amorces s'hybrident sur les deux chromosomes contenant la séquence cible et c'est ce qui expliquent quon peut avoir deux taches à une hauteur différente sur un southern blot, correspondant à deux allèles différents.  [...] Sinon oui on mets l'ADN total, les amorces sont normalements assez longues pour pouvoir s'hybrider que sur la séquence qu'on veut amplifier.  [...]

[Biologie Moléculaire] Criblage d'une banque d'ADNc

Et puis, c'est facile maintenant avec les connaissances du génome de choisir les amorces pour faire la RT, mais sans cela, comment être sur que ton cDNA est entier, qu'il est bien splicé, etc... En outre, si tu veux faire une recherche par homologie de séquence, l'utilisation de la banque était la seule solution pour trouver tous les variants de splicing, gènes homologues, etc.  [...] AVec les banques des séquences complètes des génomes, on peut aussi utiliser le BLAST pour trouver des gènes homologues, variants du même gènes ( splicés )...etc.  [...]

Quantité d'ADN dans un oeuf de poule ?

D'autre part, comme dans toute cellule, une molécule d'ADN = un chromosome, double-brin. C'est lors de la PCR qu'on le dénature (-. simple brin), et on amplifie seulement un segment donné (de taille limitée par l'expérience), grâce à des amorces spécifiques.  [...] Donc je ne vois pas trop pourquoi tu t'interroges sur le nombre de fragments. si tu as la séquence de celui qui t'intéresse, il suffit de faire du design d'amorces (il existe des logiciels pour ça sur le web) et de vérifier qu'elles n'iront pas s'hybrider autre part dans le génôme (toujours grâce au logiciel).  [...]

PCR et vecteur de clonage

Mais tu dois de toute façon connaître un minimum la séquence que tu veux amplifier de manière à pouvoir élaborer tes primers (=amorçes qui vont encadrer la séquence à amplifier sur chacun des 2 brins). Dans le cas d'espèces peu connues génomiquement parlant, tu peux utiliser une sauce d'amorçes dégénérées qui va être un mélange de primers permettant une hybridation plus ou moins efficace avec ta séquence cible (c'est très simple à comprendre avec un shèmas.).  [...] Tu peux faire une PCR avec des amorces spécifiques d'une séquence pour en vérifier la pr ésence dans un ADN donné. Par exemple à la suite d'un clonage, après sélection des transformants sur antibotiques/marqueur, avec des amorces spécifiques à l'insert, tu peux rechercher les transformants dont le vecteur a intégré l'insert d'intérêt.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR et fluorescence...

J'effectue actuellement un stage dans une boite de chimie qui souhaite ouvrir un pôle de microbiologie dans le cadre de l'étude de mycobactéries et champignons. Je sais déjà que je vais utiliser la pcr (pour prouver la présence de certaines souches) et la microscopie à fluorescence (pour le dénombrement).  [...] Les amorces tu les commande... il faut avoir accès soit à du génome séquencé (cf banques de gènes) soit à un gène qui s'amplifie chez des espèces proches.  [...]