• Santé - Amorces, Séquence, Site

[Biologie Moléculaire] Protéine de fusion

Mon idée serait donc de créer des amorces PCR contenant en 5' un site de restriction commun à la séquence de ma protéine et se trouvant le plus proche possible de mon codon stop, et en 3' une partie de la séquence de la GFP afin de pouvoir amplifier la GFP.  [...] * Eliminate resequencing ensures consistent results throughout your experiment using the same clone from target identification to validation.  [...]

La Pcr

J'ai bien compris le fonctionnment de l'amplification de la séquence analysée, mais après qu'est ce qu'on fait de ces séquences cibles la plupart du temps.  [...] Ignare en la matière, je voudrais savoir comment on peut faire un pcr Parce qu'il faut avoir un minimum de savoir sur la séquence amplifier. site des amorces etc.  [...]

[Biochimie] nucléase

Ton insert (j'entends par là la séquence codante de ton gène d'intérêt) (putain c'est tellement plus pratique d'expliquer en parlant et avec un tableau ) ben il a un sens, la séquence doit être lue dans ce sens et pas dans l'autre. Allez, un exemple. ton gène fait 9 pb.  [...] Tu vas donc ajouter, par PCR et grâce à la séquence de tes amorces, des nucléotides en amont et en aval de ton gène. en amont, les nucléotides qui correspondent au site de restriction de l'enzyme 1, en aval, les nucléotides qui correspondent au site de restriction de l'enzyme 2.  [...]

[Biologie Moléculaire] Amorce sens et antisens

En ce qui concerne les amorces sens et antisens, je ne comprend pas pourquoi l'amorce sens est identique à la séquence cible tend dis ce que.  [...] l'amorce antisens et complementaire à la sequence cible pourtant les 2 amorces doivent hybrider avec l'ADN complémentaire pour débuter la réaction PCR.Je ne sais pas est ce que ma question est claire ou non mais lors de la comparaison de mais amorces avec les sequence cibles sur le site NCBI voila ce que j'ai trouvé.  [...]

[Biologie Moléculaire] Clonage par PCR taille des amorces

Une question simple. j'aimerais cloner un gène dans un vecteur pENTR. J'ai la séquence codante de ce gène dans un autre plasmide, je compte donc l'amplifier par PCR en rajoutant des sites de restrictions en 5' et 3' qui me permettront ensuite de le mettre facilement dans mon pENTR d'intérêt.  [...] Je me demandais donc la taille que devait faire mes amorces de PCR, et si je dois prévoir quelques bases entre le début (et la fin) de ma séquence codante et mon site de restriction. Car je me demandais si en juxtaposant les 2 sans rien ajouter entre, est ce que la coupure/ligation ne va pas endommager ma séquence codante.  [...]

[Biochimie] designer mes oligos

Tout d'abord, je suppose que tu as aligné tes (deux) séquences par clustalx ou w, histoire de vérifiée s'il existe des zones de similitude nucléique. N'hésite pas a faire tout les sens possible reverse, inverse, reverse inverse. En effet les logiciel disponible en ligne ne tourne pas toujours les brins dans tout les sens immaginable ce qui a pour conséquence de faire varier ton pourcentage de similitude entre deux séquence.  [...] Il te permet de faire un consensus en utilisant le code IUPAC. Tu peux meme dessiner directement des couples d'amorces avec ce site. Tu configure le GC%, la taille de l'amplicon etc.. Bref il est assez efficace. TU peux néanmoins dessiner tes amorces en utilisant la séquence consensus générer dans le site de primer3.  [...]

[Biologie Moléculaire] Mutagénèse dirigée

Moi je désire muter la séquence GAATTC (EcoRI) en GGATCC (BamHI). Est-ce une mutation possible Si, oui qu'elles ont les amorces nécessaires, qu'elles seront leur longueur, leur pourcentage en G+C, de mésappariement et le Tm.  [...] Oui, je connais les principes de bases de la PCR. Donc, si moi je veux muter le deuxième site EcoRI dans la GFP pour BamHI, car les 2 sites EcoRI sont au deux l'extrimitées du gène.Est-ce que mes deux amorces seront la séquence de EcoRI et de BamHI C'est amorces ne sont-elle pas trop courtes.  [...]

[Biologie Moléculaire] Reverse transcriptase

-0-1 minute. 56-64°C (dépendant de la séquence et la taille des amorces). Fixation des amorces sur les sites complémentaires.  [...] les étapes sont identiques, la seule différence c'est que l'on fait une étape préliminaire, On reverse transcrit nos RNAs par une Reverse Transcriptase, pour obtenir le DNAc, et poursuivre avec une PCR Classique. Cette étape préliminaire ce réalise généralement entre 40-50°C, dépendant de la Reverse Transcriptase utilisé et de la taille de nos transcrits.   [...]

[Biologie Moléculaire] Comment ajouter un petide signal à une proteine?

je dois ajouter un peptide signal dont la séquence fait 70 bp à la CFP. Comment dois-je procéder J'ai pensé faire 2 PCRs, une pour amplifier le peptide signal et une pour amplifier la CFP puis de faire une troisième PCR qui me permette de fusionner la cfp et le peptide signal.  [...] Mais deux seulement suffisent. La premiere, qui amplifie le peptide signal, avec sur une des amorces un site de restriction (cohesif), que tu rajouteras egalement sur le sequence de la CFP de la meme maniere (sauf bien sur si c'est une CFP commercial, avec deja un bon choix d'enzyme qui coupe ou il faut).  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquençage d'un gène

Or, si on veut trouver la séquence d'un gène se trouvant dans un génome non séquencé, comment peut on connaître la séquence des amorces utiles.  [...] En fait ta réponse est un peu dans ta question ^^. On connaît la séquence des amorces car c'est le chercheur lui-même qui créer ses amorces qu'il va par la suite fixer à la séquence inconnue du gène.  [...]