• Santé - Amorces, Région, ADN

[Biochimie] Rt-pcr

j'ai plusieurs question concernant la RT-PCR. Est ce que la RT et la PCR ce font dans le même tube. Sur un genome procaryote constutuer d'ORF, faut il utiliser deux amorces spécifique de la region que l'ont souahite amplifier Ces amorces sont elles les meme pour la RT que pour la PCR La PCR peut elle se faire avec juste le cDNA synthétiser ou bien il faut faire les 2 brins d'ADN.  [...] Merci de vos reponse car la je galére un peu sur ma publication.   [...]

[Génétique] Diagnostic mutation autosomique récessive

l'ADN du patient est extrait à partir d'un prélèvement de sang veineux. La séquence du gène CFTR étant connue, il est possible de synthétiser deux amorces oligonucléotidiques de part et d'autre de la région de l'exon 10 où se trouve potentiellement la mutation F508del.  [...] Une réaction de PCR permet l'amplification de cette région, que celle-ci soit normale (absence de la mutation deltaF508) ou mutée (présence de la mutation). La distinction entre les trois génotypes possibles (N/N, F508del/N ou F508del/F508del) peut être obtenue par électrophorèse sur gel de polyacrylamide et visualisation des produits de PCR aux U.V.  [...]

[Biologie Moléculaire] Courbes PCR en temps réel

Alors petit rappel. le principe de la PCR quantitative est qu'on est capable de suivre l'évolution de la quantité d'amplicon formée au fil des cycles. Pour cela, on a une matrice, une paire d'amorces ciblant la région que l'on veut amplifier, une enzyme, des nucléotides, et un colorant fluorescent de l'ADN.  [...] Comme la fluorescence disparait quand l'ADN est dénaturé, lorsque l'on atteint la température de fusion de notre produit, il ya une grosse chute de l'intensité de fluorescence. On représente ça sous forme de vitesse de disparition de la fluorescence en fonction de la température, comme en C ou D.  [...]

les problèmes du séquençage

s'il vous plait, je me demande si quelqu'un pourrait m'aider.j'ai fait le séquençage d'un clone contenant de l'ADN ayant la taille de 1100pb avec les amorces T7 et SP6 mais le résultat a montré une région de très bonne qualité sur les 250 premiers nucléotides alors que le reste est contaminé et on observe un bourrage de pics.  [...] Si la séquence est bonne au début puis que subitement en l'espace de quelques bases tout devient mauvais, il faut que tu sois sur que ton ADN à séquencer est homogène et que tu n'as pas un mélange de populations.  [...]

[Biologie Moléculaire] Pcr

Voilà, je n'ai pas compris la correction d'un TD à propos de la PCR. Par le fait que l'on utilise des amorces oligonucléotidiques de synthèse, il est possible d'ajouter des séquences dans la région 5' de chaque amorce. Par exemple, un site de restriction aux 2 extrémités du fragment d'ADN synthétisé permettrons ultérieurement d'assembler le produit PCR dans un plasmide.  [...] C'est simple. l'amorce s'hybride partiellement, la partie qui contient le site de restriction et qui est donc indépendant de la région à amplifier dépasse.  [...]

aide pour un protocole (PCR, DGGE...)

On extrait donc l'ADN total du sol, on amplifie la région de l'ARN 16S avec des amorces universelles. Puis le produit PCR est analysé par électrophorèse. Pour identifier les bactéries on utilise l'ARN 16S parce que cette région est très conservée en raison de son rôle dans la synthèse des protéines.  [...] La solution est double. Soit on séquence les régions 16S obtenues (ce qui est coûteux), soit on trouve une autre solution et cette solution c'est la DGGE.  [...]

[Biologie végétale] pcr : LP/RP et LB/RP pour une plante

PS. je précise que les amorces dessinées en losange/carré/rond c'est de la vulgarisation pour montrer un genre de puzzle, en vrai on va parler d'hybridation/appariement entre les nucléotides des amorces et ceux de l'ADN de la plante.  [...] Les amorces sont des bouts d'ADN fabriqués artificiellement avec une certaine séquence que l'on choisit. Pour une PCR donnée, on utilise deux amorces, une pour délimiter le début de la région d'ADN échantillon à étudier, et l'autre pour marquer la fin. Tu choisis la séquence de chacun de tes amorces pour viser la séquence d'intérêt (en respectant A avec T, et G avec C).  [...]

[Biologie Moléculaire] Connaissez -vous un outil d'analyse d'affinité d'un primer pour une séquence ?

J'ai un problème. J'ai une molécule simple brin d'ADN et j'utilise une paire d'amorces pour amplifier une région particulière de cet molécule.  [...] Ces amorces ont été conçues par moi avec des outils en ligne et je dois admettre que je ne suis vraiment pas un expert en matière de conception d'amorce.  [...]

soutern, PCR, banque genomique

Si tu parles d'amorces dégénérées (le tube contient plusieurs amorces, qui varie en une ou plusieurs positions), tu risques d'amplifier des séquences non spécifiquement. Je ne connais pas d'amorces absolument universelles (amplification de toutes les séquences d'ADN).  [...] oui, il n'existe pas d'amorce universelle utilisable pour n'importe quel ADN. Il me semble qu'on peut en utiliser par exemple des amorces universelles communes à un genre bactérien. Ces amorces se fixent sur une région conservée de l'ADN.  [...]

Question sur le fonctionnement des amorces en PCR

les amorces vont avoir un double rôle. en s'hybridant à l'ADN matrice, elles délimitent la région d'ADN à amplifier et avec leur extrémité 3' OH libre servir d'amorce pour l'ADN polymérase.  [...] Si tu fais l'inverse, tu n'auras pas d'amplification vu que tu va t'éloigner de ta région cible puisque l'élongation se fait toujours de 5' vers 3'. Imagine toi que les amorces sont posées à l'autre bout de chaque brin avec la flèche orientée vers l'extérieur.  [...]