• Santé - Amorces, Fonction, Composition

[Biologie Moléculaire] Pcr

je dois chercher la délétion delta 32 au niveau du CCR5 chez les patients. je voudrais savoir comment réellement (je voudrais dire en pratique) choisir les amorces je sais que dans la littérature, on dit que ca dépend de de la tm, de la température d'anealing et aussi du nombre de pb.  [...] perso je ne l'ai jamais fait mais normalement quand on design ses amorces ca calcule le tm en fonction de la composition en bases, ca indique la taille,  [...]

[Biologie Moléculaire] problèmes de PCR , à l' aide!!!

10 à 30ng /µL ne se voit pas nécessairement sur gel. En tout cas si la PCR avait fonctionné vous devriez avoir beaucoup plus que ça. Etes vous sur de vos amorces de la composition du mix du programme de la qualité des ADN de départ.  [...] Vous pouvez essayer un kit de nettoyage ou une précipitation phénol/chloroforme en parallèle pour voir si cela fonctionne mieux après.  [...]

[Biologie Moléculaire] QPCR, courbe Tm?

J'ai oublié aussi de dire que ma courbe standard de ref pour mon ARN (comparé à celle de GAPDH) n'est pas tip top et ne comporte que 3 points... cela peut il etre une des causes du problème pour la création des courbes pas le logiciel (ce que je doute ).   [...] Sinon, nous avons observé qu'un doublement de la concentration de primer peut influer dans certains cas sur l'efficacité de PCR. Et comme dit plus haut, en fonction des conditions réactionnelles (quantité de matrice, quantité d'amorces, température), cela peut suffire à créer des dimères, mais ce n'est pas systématique pour tous les couples d'amorces/gènes testés.  [...]

sujet pour programmation bio informatique

Le but est de donner au programme un fichier fasta (encore) et le logiciel determine les meilleurs amorces possibles pour une ampification PCR (en fonction de taille optimale, GC pourcent, calcul de la température qu'il sera nécessaire d'utiliser pour l'hybridation, le pourcentge d'homologie entre les séquences si il s'agit d'amorces dégénérées et donc réalisées a partir de plusieurs séquences, la position de l'amorce dans le gène) et enregistrer les différentes possibilitées d'amorces et leurs caracteristiques dans un fichier.  [...] Ah si.. Tu n'as pas besoin de connaissances en biologie pour faire ca, concrètement c'est de la récupération de donnée, que ce soit récupérer la fonction d'un gène, ou le prix du cacao en antartique... niveau progra c'est du pareil au même, tu t'économise l'aspect comprendre ce que j'ai a faire avant tout.  [...]

[Biologie Moléculaire] Réplication de l'ADN chez les eucaryotes SOS

En plus clair la dernière question correspond au fait que dans la synthèse d'ADN chez les procaryotes l'exonucléase 5'3' n'a que la fonction de dégrader les amorces d'ARN et c'est l'ADN pol I qui les synthétisent en amorces d'ADN (d'après mon cours), donc ce que je voudrais savoir si en fait ma pensée est juste.  [...] en gros les 2 réplications eucaryote et procaryote sont très similaires que dans leurs grands principes (bidirectionnelle, antiparallèle, sens 5'3', complémentaire, nécessite des amorces) mais pas dans les détails (enzymes pas meme fonction c'est le cas pour ce que j'ai dit précedemment ou encore inexistence des fragments de Kleenow chez les procaryotes. (n'est-ce pas)).  [...]

[Biologie Moléculaire] DNA MAN et Chromas

- Au sujet de votre première question, votre remarque est juste. cependant, les résultats d'une réaction de séquençage réalisée avec une amorce ne commence pas par le début de cette amorce mais toujours 5 à 20pbs plus tard. de plus, les 10-15 premiers pics obtenus sont souvent brouillons et ne correspondent pas à la réalité.  [...] En fonction des amorces et d'autres paramètres, la taille de ces régions non séquencée est variable, ce qui explique probablement l'existence de bases non chevauchantes.  [...]

[Biochimie] Amorces ARN/ADN et Réplication/PCR

Pour la réplication il faut bien une amorce d'ARN synthetisée par une primase, puis l'ADN polymerase prend le relais (elle est malgré cela ADN dependante vu que son brin matrice est de l'ADN ou bien on se refere à la matrice et alors elle est ARN dependante).  [...] N'importe quelle extrémité 3'OH (ADN ou ARN) peut servir d'amorce pour les DNA polymérases. On utilise des amorces ADN en PCR parce que l'ADN est plus stable et plus facile à synthétiser que l'ARN.  [...]

[Biotechnologie] Projet : mécanisme biologique et ses applications

Ben moi j'aurai fait une étude sur les microsatellites...car le polymorphisme des microsatellites peut être utilisé comme marqueur génétique afin d'identifier un individu en médecine légale, réaliser un typage moléculaire de certains cancers où les erreurs de réplication peuvent être plus nombreuses que dans des cellules normales, réaliser des recherches de paternité ou identifier des cellules d'un donneur lors du suivi d'une greffe de moelle allogénique, en utilisant la technique dite de chimérisme.   [...] Les régions flanquantes des microsatellites servent également d'amorces lors de la PCR. Une fois celle-ci réalisée, une électrophorèse sur gel d'agarose permet de séparer les différents fragments d'ADN en fonction de leur taille (donc de la taille de la séquence microsatellite).  [...]

températures et PCR

La température d'hybridation c'est celle qui permet que les amorces se fixent à la matrice si je comprends bien et le Tm c'est la température a laquelle il y a 50% de simple brin mais je n'arrive pas a faire le lien avec les amorces parce que ça c'est la dénaturation non.  [...] Pour que tes amorces puissent s'hybrider à la matrice d'ADN, il faut que celle-ci sois dénaturée pour permettre l'accessibilité des amorces. Ainsi à Tm-5°C on considère que l'hybridation peut se faire correctement. Et oui, le Tm est la température à laquelle tu as 50% de ton ADN sous forme simple brin (et donc 50% en double brin).  [...]

[Biologie Cellulaire] Reverse transcription et amorçage avec hexamères aléatoires ?

Bonjour à tous, je viens d'apprendre qu'aujourd'hui, dans le cadre d'une reverse-transcription, on utilisait en complément des classiques amorces oligo-dt des hexamères aléatoires.  [...] La concentration en amorces aléatoires conditionne la taille des fragments d'ADNc synthétisés. En effet, la longueur moyenne des brins synthétisés est inversement proportionnelle à la concentration en amorces. La concentration d'amorces aléatoires doit donc être déterminée en fonction de la taille du fragment à amplifier.  [...]