• Santé - ADN, Source, Problèmes, Séquençage

[Biologie Moléculaire] Sequencage produit PCR Exo SAP

Si je ne m'abuse la SAP, évite une circularisation de l'ADN par un jeu de déphosphorylation. Mais les ADN circulaires n'ont jamais été source de problèmes pour le séquencage. On effectue bien directement nos réactions d'élongation juste avant le séquencage directement sur nos plasmides circulaires.  [...] La SAP est utilisée ici pour déphosphoryler les dNTP encore présents qui pourraient interférer avec la réaction de séquençage.  [...]

[Biologie Moléculaire] Pcr 16s ADNr qui présente des hybridations non spécifiques!

Tu peux aussi réduire le temps de l'hybridation et de l'élongation, plus ceux ci sont longs plus les amorces pourront se fixer sur des sites sensiblement équivalents aux séquences d'intérêt. Un bond de 10°C... c'est quand même énorme, le mieux est de disposer d'un thermocycleur pouvant faire des gradients sur la plaque, mais bon, il faut qu'il soit quand même récent.  [...] J'ai déja eut le ca quand j'ai voulu sequencer l'ADN codant pour l'ARN 16s avec des bandes plus petites et plus grandes. Pas d'affolement aux séquencage il je n'ai pas eut de problèmes (peut etre un ou deux séquancage de pourrie sur 450). Oublie pas qu'il peux y avoir plusieurs copies du 16s dans ton génome.  [...]

L'ADN du mammouth laineux séquencé aux trois quarts

Après rinçage des poils à l'eau de Javel (pour détruire les traces d'ADN étrangers en surface), l'échantillon a été soumis à une méthode récente et très efficace de séquençage automatique, connue sous le nom de 454, mise au point par la société Roche. Grâce à elle, 3,3 milliards de paires de bases ont été déchiffrées.  [...] Ces résultats confortent aussi l'intérêt du pelage comme source potentielle d'ADN et soulignent la rapidité des progrès en matière de séquençage. Alors qu'une armada de biologistes et des moyens lourds ont été nécessaires pour séquencer le génome humain et ses trois milliards de paires de bases entre le début des années 1990 et 2001, le même travail sur le génome du mammouth a été réalisé en très peu de temps par une équipe modeste et un petit budget.  [...]

Premier séquençage de l'ADN dans l'espace à bord de l'ISS

MinION est un outil de séquençage développé par l'entreprise Oxford Nanopore Technologies et disponible dans le commerce. Ce séquenceur portable a permis de réaliser le premier séquençage d'ADN réalisé dans l'espace. Le principe de cet appareil consiste à envoyer un courant ionique positif à travers de minuscules pores percés dans des membranes.  [...] En même temps est envoyé un fluide contenant l' ADN. En bloquant partiellement les nanopores, ces longues molécules modifient le courant d'une façon qui dépend de la suite de bases qu'elles portent (les lettres du code génétique ), ce qui permet donc le séquençage.  [...]

Des probiotiques pour réduire le risque de cancer des globules blancs ?

Afin de déterminer l'origine de cette différence, les chercheurs ont établi un arbre phylogénétique des populations microbiennes de chaque souris, grâce à une technologie de séquençage d'une petite région d' ADN.  [...] Leurs résultats montrent que la flore intestinale influence l'apparition de lymphomes. Les souris les plus touchées ne possèdent pas l'espèce Lactobacillus johnsonii, une bactérie probiotique dont l'effet sur la santé humaine est bénéfique. D'autre part, en nourrissant les souris avec cette bactérie, les auteurs ont pu réduire les dégâts génétiques et le développement de lymphomes.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème de séquençage

EN fait je me suis remis au sequençage car justement c'est les sequences que la société nous envoie qui présente ces problemes de sequence. Mais je ne pense pas qu'ils fassent la moindre optimisation en standard, je vais me renseigner car c'est une bonne idée.  [...] le DMSO etait censé dénaturer l'ADN donc la structure secondaire. Le probleme il faut quand meme que l'enzyme fonctionne pour que le séquençage ait lieu.  [...]

[Génétique] puces à ADN

Mais dans le cas d'une espèce bizarre non séquencée... Y'a pas trop le choix, il faut bien fabriquer une puce à partir de ce que l'on a (banque d'ADNc, ou d'ADN génomique,...).  [...] D'où le fait que les puces à ADN vont progressivement être remplacées par le séquençage massif des ARNs (RNA seq), où là tu t'affranchies de ce problème et peut détecter tout (= des choses beaucoup plus faiblement exprimées, et qui jusqu'à présent n'étaient pas annotées).  [...]

Le séquençage de l'ADN pour les nuls !

Le remplacement du marquage radioactif par des fluorochromes aujourd'hui couramment utilisés, permet de réaliser les quatre réactions dans le même tube. La méthode est limitée au séquençage d'un millier de nucléotides consécutifs, à cause de la faible processivité de l'ADN polymérase qui se détache au cours de la synthèse.  [...] De nouvelles technologies sont progressivement apparues suite à la demande de plus en plus de laboratoires pour séquencer rapidement et à faibles coûts. C'est ainsi qu'est né le pyroséquençage 454, toujours basé sur le même principe, mais qui utilise des volumes de réactions très petits (quelques picolitres).  [...]

L'existence du Yéti prouvée de manière "irréfutable" ! - Page 2

Pourtant, ils prétendent avoir des poils de la bestiole et à partir de là ça prend au très grand maximum un mois pour avoir la preuve par l'ADN et quinze autre jours pour rédiger la brève à publier dans Nature. Comme ils n'ont pas obtenu cette preuve, ce n'est pas difficile de deviner que le séquençage a révélé qu'il s'agissait de poils de canis lupus ou d'une autre bestiole qui n'a rien de mystérieux.  [...] A des détails près, toutes les cellules de l'organisme partagent le même génome et on ne peut donc déterminer le type d'une cellule à partir de sa séquence génomique.  [...]

Des chercheurs inventent un microscope qui marche à l'ADN

C'est une nouvelle approche combinant ces deux objectifs qu'ont mis au point des chercheurs du Broad Institute de Cambridge, détaillée dans un article publié le 20 juin dans la revue Cell. Baptisée microscopie à ADN, leur technique n'utilise ni instrument optique ni séquençage physique, mais repose sur la reconstruction d'image à partir de la proximité relative des cellules entre elles grâce à leurs échanges biochimiques.  [...] Si deux molécules sont à proximité l'une de l'autre, elles vont alors se lier et engendrer une étiquette unique qui signe leur rencontre. Il est ainsi possible de déterminer la position relative de chaque cellule. Ces étiquettes uniques sont ensuite comptabilisées grâce à un séquençage ADN et l'image est reconstruite via un algorithme informatique.  [...]