• Santé - ADN, Séquence, Consensus

[Génétique] quel est le but du clivage

Mg2+ vont couper l'ADN précisément après la séquence consensus AAUAAA (10-12 paires de bases en aval).  [...] Ensuite la PolyA polymérase intervient (PaP, recruté par le facteur Cstf), elle va synthétiser la race de A (en 3', la ou ça a été coupé) sur laquelle va se fixer des protéines (Poly A binding protein) empéchant l'action des exonucléases 3'-5'.   [...]

[Génétique] Logiciel pour séquence consensus

Je recherche un logiciel (ou plusieurs) qui peut me donner la séquence consensus de plusieurs séquences d'ADN (déja alignées).  [...] j'ai installé Jaview sur mon ordi, je vois la sequence consensus mais impossible à la garder dans un fichier fas.  [...]

[Biologie Moléculaire] Site d'initiation de la transcription

Je sais que vers le -10 se trouve normalement la TATA box, séquence consensus permettant la mise en route de la transcription. l'arn polymérase ouvre alors la double hélice d'adn et débute son travail (après avoir recruter tous les facteurs de transcription).  [...] ..). S'il y a utilisation d'un point +1 en amont du promoteur considéré, alors ce promoteur est transcrit (dans ce cas là on ne dit pas que c'est un promoteur, c'est juste une séquence faisant partie de l'unité de transcription débutant par le point +1 considéré).  [...]

[Biologie Moléculaire] la transcription et la traduction à partir d'une séquence en bases

Donc c'est bien le brin du bas qui est copié par l'ARN polymérase (brin du bas = brin matrice), vu que le recopiage se fait par complémentarité, l'ARNm ainsi synthétisé correspond à la séquence du brin du haut (brin du haut = brin codant). Par contre, ne vous focaliser pas sur la recherche d'une séquence consensus comme la boite TATA, cela ajoute une complexité inutile pour répondre à cet exercice.  [...] Une petite remarque, la séquence TATAA qui est le meilleur consensus de la boite TATA est communément retrouvé dans les séquences d'ADN, cela ne veut pas forcément dire que c'est une TATA box.  [...]

[Biologie Moléculaire] Sequence consensus (transcription de l'ADN )

C'est écrit que lorsqu'il y a un choc thermique la sous-unité sigma ne peut pas connaître la region promoteur il y aura alors synthèse de regions consensus qui ne peuvent être reconnues que par des sous-unités différentes de la sous-unité Sigma.  [...] Je n'ai pas pu comprendre qu'est ce qu'on veut dire par le mot synthèse. comment ça se passe cette transition de la region promoteur vers ces regions consensus.  [...]

[Génétique] Quelques questions diverses

3 pour les liaisons entre G et C), il est plus aisé de séparer les deux brins dans une telle région (et plus intelligent énergétiquement parlant pour la cellule). Ensuite, tu peux toujours jeter un coup d'oeil aux séquences consensus des ORI chez les Bactéries (il n'y en a pas chez les Eucaryotes, ou en tout cas, pas vraiment).  [...] Les ORI eucaryotes ne présentent pas de séquence consensus clairement identifiée. Il semblerait que plus de la séquence, ce soit la structure de l'ADN à ce niveau qui soit important. Reste que ce sont tout de même des séquences AT riches, effectivement distinctes des TATA box.  [...]

[Biologie Moléculaire] Technique SELEX aidez moi!

3. On disposent de fragments qu'on espère pouvoir exploiter pour obtenir la séquence consensus. Ce que l'on va faire c'est simplement un clonage des fragments. Des colonies seront piquées, amplifiées puis séquencées. L'analyse de toutes les séquences nous donnera la séquence consensus.  [...] A la fin vous allez récupérer des fragments que vous souhaitez identifier. Ce que vous savez à priori c'est qu'ils vont tous être similaires à priori avec de petites variations. Ce que vous souhaitez c'est établir une séquence consensus de fixation de votre protéine.  [...]

séquence consensus

Donc la seule chose que j'ai compris au cours c'est que la séquence consensus intervient dans la période d'initiation de la réplication... et je n'ai rien suivi de l'explication concernant cette séquence à cause d'un guignol qui avait décidé d' biiip tout l'amphi en parlant aussi fort que la prof.  [...] Nan pas du tout à coté, john, mais elle pensait qu'une séquence consensus était spécifique du mécanisme de la réplication... On parle de consensus pour la transcription, la dégradation de mRNA, l'export etc.  [...]

Mutation?!

Je suis un peu à l'ouest depuis quelques jours, mais là je ne comprends pas... Une séquence consensus est une séquence qui regroupe les bases les plus fréquemment rencontrées dans les cas de plusieurs possibilités... Or, j'ai l'impression qu'ici tu utilises le mot polymorphisme pour parler de variabilité. Ai-je raison.  [...] Eh ben, effectivement, je croyais qu'une séquence consensus, était la même séquence partout, or ce n'est pas le cas d'après ce que m'as dit, donc il y a un polymorphisme si on veut d'un promoteur a un autre.  [...]

Logiciel et méthodologie | Dossier

L'analyse matricielle consensus donne toujours un résultat que l'on peut considérer comme réel si et seulement si sa signification est nettement supérieure à 0. Cette analyse utilise une méthode repo-sant uniquement sur les mathématiques. Le fait de se détacher de l'organisme permet de définir une séquence consensus indépendante, réduisant la portée des oligonucléotides similaires.  [...] L'analyse matricielle par chaîne de Markov est la base de Motif Sampler. Cette analyse mathé-matique calcule les scores entre 2 mononucléotides, de ce fait plus une séquence a d'occurrence plus le score attribué sera élevé. L'association de ce score avec le logarithme de la probabilité d'association détermine la séquence consensus mathématiquement la plus probable (Thijs et al., 2001).  [...]