• Santé - ADN, Produit, Amorces

[Microbiologie] Hybridation par Southern-Blot

svp à quoi consiste une purification des produits de PCR au début d'une hybridation Southern Blot,sachant que les produitsPCR sont. des produits d'une PCR 16s et PCR d'un gene de resistance.  [...] Cela permet d'éliminer les amorces qui ne sont n'y marqué ni utilisé, et qui peuvent comme même (ou plutôt, qui vont) se fixer à l'ADN cible, et potentiellement géner l'hybridation du produit PCR qui lui, est marqué.  [...]

probleme DGGE

j'ai au préalable extrait l'ADN de mes échantillons grace à un kit commercialisé et fait pour l'analyse des sols, par la suite j'ai réalisé un produit PCR avec des amorces préalablement designé, j'ai également réalisé mon gel à gradient 45-65% d'acrylamide en suivant un protocoles pré-établi.  [...] Cependant lors de la migration seul le lader migre (seulement deux bandes...) mais les échantillons se diffusent dans les puits et ne migrent pas.   [...]

[Génétique] Tale nuclease

psk jusqu'a present j'en ai jamais entendu parlé, j'ai mis dans mon protocole qu'il fallait faire une transcription inverse a partie des construction de TALENs pour obtenir l'ADNc correspondant et pouvoir les clonés puis les transfectés dans des cellules eucaryotes.   [...] - extraction de l'ADN puis PCR avec des amorces specifique du gene d'interet puis digestion avec la nuclease T7 et migration sur gene d'agarose et comparaison avec le temoin ( le produit du digestion du gene d'interet sans l'action des talens).  [...]

[Divers] Contenu "Matériels et méthodes" - rapport stage M1

Le gene xyz a ete amplifie a partir de l'ADN de la souche abc en utilisant les amorces A (3'sequence5') et B (3'sequence5'). Le produit PCR a ensuite ete purifie par le kit XXX (XXX, France) puis digere par les enzymes bamHI/EcoRI avant d'etre clone dans le plasmide xxx prealablement linearise par les memes enzymes.  [...] C'est ce que j'ai fait. préciser les conditions qui ont marché. A un moment dans les résultats je parle d'un truc qui n'a pas fonctionné (je le raconte un peu vite = 1page, avec une figure à l'appui) et je le discute dans la Discussion. Aussi, il y a eu deux autres points un peu délicats que j'ai introduits dans la partie correpsondante en Résultats et aussi discutés dans la Discussion.   [...]

[Biologie Moléculaire] Pcr

Voilà, je n'ai pas compris la correction d'un TD à propos de la PCR. Par le fait que l'on utilise des amorces oligonucléotidiques de synthèse, il est possible d'ajouter des séquences dans la région 5' de chaque amorce. Par exemple, un site de restriction aux 2 extrémités du fragment d'ADN synthétisé permettrons ultérieurement d'assembler le produit PCR dans un plasmide.  [...] Au cycle suivant, l'amorce (antisens cette fois) va s'hybrider sur ce nouveau brin, complémentaire et antiparallèle du brin matrice. L'élongation permettra de produire un brin complémentaire a ce nouveau brin, jusqu'a son extrêmité 3' qui contient le site de restriction.  [...]

[Microbiologie] Gene

1) Cela veut dire que tu fais une PCR en utilisant l'ADN chromosomique de ta souche et des amorces qui reconnaissent deux sites spécifiques de ton gène X. A la fin de ta PCR tu fais migré le produit de ta PCR sur un gel d'agarose et si tu observe une bande (un amplicon, qui représente ton gène X ou une partie de celui-ci qui a été amplifié) cela veut dire que ton gène X est bien présent dans ton ADN chromosomique.  [...] 2) Blaster un gène, cela veut dire comparer la séquence nucléotidique de ton gène aux séquences nucléotidique de gènes présents dans une base de donnée. http.//blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast..._LOC=blasthome.   [...]

mix pcr

oui c'est vrai, j'ai essayé d'ajouter un mix à mon extrait de pcr et de relancer, il semble qu'une amplification a eu lieu cette fois ci, j'ai une concentration de 2600ng/µl et un rapport 260/280 de 1.6, cependant j'ai un doute est ce que c'est mon adn qui a été amplifier ou bien c le produit de mes propres amorces.  [...] Tu as probablement raison. Mais vu la concentration élevée, tu peux avant faire une migration du produit PCR sur gel (d'agarose), afin de confirmer la taille (seulement si la taille de ton fragment amplifié est bien supérieur à celle de tes amorces - 5/10 fois minimum).  [...]

aide pour un protocole (PCR, DGGE...)

On extrait donc l'ADN total du sol, on amplifie la région de l'ARN 16S avec des amorces universelles. Puis le produit PCR est analysé par électrophorèse. Pour identifier les bactéries on utilise l'ARN 16S parce que cette région est très conservée en raison de son rôle dans la synthèse des protéines.  [...] On peut donc utiliser des amorces universelles qui reconnaissent des séquences conservées d'une espèces à l'autre. Bien entendu, il existe des variations entre les différentes espèces. Ces variations concernent la tailles de l'ARN 16S, la séquence et le nombre d'opéron.  [...]

Projet clonage et expression d'un gène

Pour cloner mon gène, je dois d'abord l'amplifier par PCR. Pour celà j'ai décidé d'utiliser la souche DH5alpha de Escherichia Coli. J'ai donc préparé la souche, je l'ai déposé sur ma plaque d'agar et l'ai laissé incuber toute la nuit pour que la bactérie se multiplie et produit des colonies.  [...] Pour faciliter le clonage, il est possible d'ajouter à l'extrémité des amorces des sites de restriction (cohésifs, c'est mieux ). Une fois les amorces choisis et produites, la PCR peut se faire de deux manières. Soit sur colonie directement (prendre une colonie (ou moitié de)), puis amplifier directement l'ADN d'intéret (avec les bonnes température et temps d'élongation).  [...]

[Biologie Moléculaire] Réplication

Si les ADN polymérases réalisent les liaisons phosphodiester, alors à quoi servent les ligases A ressouder les amorces remplacées par de l'ADN à l'ADN pr éexistant.  [...] de ce que j'en sais, l'ADN ligase sert surtout à fermer les césure finales. Une fois que toutes les amorces ARN ont été éliminé suite au passage de l'ADN polymérase, cette dernière se détache et l'ADN ligase se fixe pour finir les brins. (Donc surtout en fin de réplication je pense, après il y peut être cette relation avec les amorces, je regarde de ce côté là.).  [...]