• Santé - Acides, Protéine, Méthode

[Biologie Cellulaire] Dalton -> taille ARNm

Le poids moyen d'un acide aminé est de l'ordre de 130 -135 Da. A partir de là on peut calculer le nombre d'acides aminés dans la protéine. Cependant, à l'usage, cette méthode n'est pas la bonne parce que la répartition des acides aminés dans les protéines n'est pas aléatoire et les acides aminés légers sont plus fréquents que les lourds.  [...] ca te permet de determiner le nombre d'acide aminé de ta protéine. Ensuite il faut combien de nucléotide pour incorporer un acide aminé ca te permet de connaitre la taille de la sequence codante, qui est la taille minimale de l'ARNm puisqu'il manque toutes les sequences non codantes.  [...]

[Biochimie] séquençage d'une proteine

Si tu veux séquencer entiérement ta protéine (disons qu'elle n'apparait pas dans ta base de données). Tu peux utiliser la méthode D'Edman, analyser plus de fragments ou utiliser plus d'endoprotéases.  [...] Ensuite, il est possible de séquencer ta protéine de façon séquentielle grâce à la méthode d'Edman que j'ai citée avant. Cette méthode va dégrader ta protéine acide aminé par acide aminé. Le produit de la dégradation est analysé et tu peux ainsi déterminer ta séquence d'acides aminés.  [...]

[Biologie Moléculaire] Déterminer le gène codant pour une protéine

J'ai pris l'habitude pour chaque cours, quand c'est possible, de me demander ce que je ferai si j'étais en labo de recherche et que je devais étudier le mécanisme présenté dans le cours. Ce matin j'étudiais les transporteurs protéiques de la membrane plasmique, je me demandais si il y a des méthodes d'études spécifiques, j'ai fais quelques recherches mais je n'ai rien trouvé de satisfaisant.  [...] Alors je me suis dis que j'analyserai le transporteur comme n'importe quel protéines (western blot etc). Mais je me demandais comment déterminer la séquence d'acides nucléique codant pour une protéine je me doute qu'il faut déterminer l'enchainement d'AA avec la méthode de sanger par exemple, mais je ne saurai quoi faire après.  [...]

Haute résolution

Il existe deux méthodes pour déterminer la structure des protéines, la résonance magnétique nucléaire ou RMN et la diffraction des rayons X par des cristaux de cette protéine.  [...] Lorsqu'on parle de structure à haute résolution, c'est la seconde méthode qui est utilisée. Selon la qualité du cristal formé par la protéine en question, sa capacité à réfracter les rayons X sera différente. Plus le cristal est bon, plus la résolution sera haute (1 à 2 angströms), ce qui permet de placer exactement les chaines latérales des acides aminés dans l'espace.  [...]

[Biochimie] Demande d'aide

j'aurai voulu savoir un truc, demain j'ai un exame et j'ai les acides aminées, protéine, peptides, ADN à réviser, je voulais savoir comment faire pour bien réviser et tout connaitre, un méthode éfficace en 2H de travaille max en évitant le par coeur.  [...] maintenant je sais que ca ne répond absolument pas à ta question de base, mais bon c'est une de mes méthodes et je la trouve plutot éfficace (attention faut étudier la matiere avant ).  [...]

Identification des acides aminés d'une plante

Tu peux faire alors l'hydrolyse, de 110°C en milieu HCl, je dirais plutôt 10 à 48h pour avoir une hydrolyse total car tu ne connais la composition des protéines (Si je me rappel bien cette hydrolyse détruit un ou deux type d'acide aminé mais je ne sais plus lesquel, si quelqu'un s'en rappel...).  [...] Concernant la nynhidrine, je ne pense pas que d'autre colorant sur utilisable uniquement pour les acides aminés... Eventuellement le Bleu de Coomassie mais je crois qu'il ne colore que les protéines.  [...]

Biochimie : séquençage et méthode de sanger

Je sais bien que la méthode de Sanger met en réaction le DNFB qui réagit avec le NH2 terminal d'une protéine, et permet ainsi d'identifier le premier AA d'un peptide/protéine après hydrolyse acide totale. Sauf que dans des exercices, j'ai trouvé par exemple qu'on dit qu'après utilisation de cette méthode on obtient DNP-Leu ET DNP-Glu.  [...] *Or dans les réponses ils disent que c'est SOIT Leu SOIT Glu qui sont en première position, des explications Merci bien.   [...]

[Biochimie] méthode etude macromolécules

La spectrophotométrie est une méthode permettant de suivre la purification des protéines en faisant appel aux caractéristiques des acides aminés aromatique visible a 280 nm.  [...] Pendant ma thèse, j'ai exprimé et purifié une protéine avec une forte affinité pour les ARN, donc des acides nucléiques. En début de manip, le pic d'absorption de mon échantillon se situait à 260 nm, ce qui correspond aux AN. Après 2 colonnes si je me souviens bien (une première Ni-NTA pour isoler ma protéine avec un tag histidine) puis une deuxième selon la charge, UnoQ il me semble, bref, mon pic se situait à 280 nm, ce qui témoignait de l'élimination des AN puisque ce pic d'absorption correspond aux protéines (260 VS 280 nm).  [...]

[Biochimie] Western blot sur Fractions polysomales

Pour chaque fractions, j'extrais soit les ARN totaux soit les protéines. L'extraction des ARN totaux se passent très bien malgré la présence de sucrose, mais l'extraction des protéines ne me donne pas de résultats satisfaisants.  [...] Bonsoir, voici une méthode qui permet de séparer les acides nucléiques des protéines, et qui devrait donc fonctionner sur tes fractions. Cependant je ne l'ai jamais tester sur des polysomes.  [...]

Petite énigme à vous soumettre...

Bon je détaille un peu plus mon idée de départ Je pense en effet donc à un criblage haut débit, avec par exemple un criblage in-silicio suivie d'une étude plus poussée des molécules retenues par RMN. En effet, la RMN est une très bonne méthode pour mettre en évidence des intéractions protéines-ligand, et pourrait donc permettre d'obtenir des données fort intéressantes.  [...] C'est là que l'expérimentation RMN peut être intéressante. Prenons la méthode RMN par différence de transfert de saturation (STD-NMR). Cette méthode présente l'avantage de caractériser les intéractions protéine - ligand en transférant la résonnance des protons de la protéine sur les ligands capables de s'y lier.  [...]