• Santé - Acides aminés, Protéines, Séquençage

[Biotechnologie] Global Analysis of Protein Activities using proteome chips

Il existe deux façon de séquencées les protéines. le séquençage réel des acides aminés ou le séquençage d'adn du gène correspondant. Nous somme bien dans le dernier cas.  [...] Si tu as une protéine complètement inconnu, et pas son ADN, il faudra séquencer les acides aminés de la protéine un à un (en tout cas, le début de la protéine), avant de pouvoir trouver la séquence ADN.  [...]

[Biochimie] sequençage de novo MS/MS

j'ai une question concernant la spectrometrie de masse pour l'identification des protéines. Lorsqu'on on a un spectre de masse d'un fragment d'une protéine (peptide) on peut de temps en temps le comparer avec une base de données pour trouver la protéine correspondante, mais de plus en plus on effectue un sequençade de novo. C'est ce concept que je n'ai pas bien compris.  [...] La détermination de la séquence en acides aminés de protéines par spectrométrie de masse correspond au séquençage de novo.  [...]

Le tyrannosaure avait la chair de poule

Des protéines de Tyrannosaurus rex, en l'occurrence du collagène, ont pu être entièrement analysées. Une grande première depuis l'analyse de restes de mammouths. Résultat surprise. on dirait du poulet.  [...] Comme pour les restes du mammouth, les sept fragments de protéines récupérés se sont avérés être du collagène. Cette protéine fibreuse très abondante dans l'organisme des animaux est produite dans les tissus conjonctifs. La petite quantité retrouvée a pu être analysée jusqu'au séquençage des acides aminés (éléments de base de toutes les protéines).  [...]

[Biochimie] Est-il possible de réaliser le séquençage des acides aminés impliqués dans des interactions

Je voulais savoir si il était possible de séquencer les acides aminés de la protéine qui peuvent interagir avec l'héparine.  [...] On pourrait récupérer cette fraction, la caractériser par spectro de masse, et, connaissant la séquence de la protéine et donc les sites de coupure enzymatiques, déterminer la séquence du fragment en question.  [...]

séquençage des protéines

j'aimerai savoir dans le détail pourquoi la méthode de Sanger, qui concerne le séquençage des acides aminés, ne peut pas être utilisée de manière récurrente. merci pour la réponse.  [...] Bon, en fait la méthode d'Edman, (qui est détaillée sur ce lien), a l'avantage d'être très efficace sur des peptides, mais sur une chaine polypeptidique d'une protéine, plus la séquence est longue, plus vite tu atteints le phénomène de bruit de fond qui rend la lecture des résultats nulle sur le chromatogramme.  [...]

Identification des acides aminés d'une plante

Je te dirais simplement que tu peux faire un type de séquençage des acides aminés selon la Méthode de Sanger, donc comme les séquenceurs d'acides aminés, mais à la main... Pour cela il te faut. De la ninhydrine (encore), une colonne chromatographique (type échangeuse d'ions) et des échantillons des 20 acides aminés naturelle (et protéogénique) PUR.  [...] Concernant la nynhidrine, je ne pense pas que d'autre colorant sur utilisable uniquement pour les acides aminés... Eventuellement le Bleu de Coomassie mais je crois qu'il ne colore que les protéines.  [...]

[Biologie Moléculaire] TBE et gel de migration

Tu ne coules pas ton gel dans le tampon de migration, donc non, il n'y a pas d'effet de l'un sur l'autre. Les paramètres de concentration de ton gel et ceux de ton tampon vont par contre influencer la migration tous les deux.   [...] Là vous parlez d'un gel de polyacrylamide (pour les protéines ou les acides nucléiques en haute résolution, type séquençage) que l'on migre en tris/glycine, tris/tricine, ou MOPS.  [...]

[Biochimie] Mutagenèse dirigée : pas de mutants

Pourtant, quand je fais une miniprep et que j'envoie à séquencer, je vois que tous les clones dont j'ai purifié l'adn plasmidique sont des sauvages. J'ai fait trois fois l'expérience avec à chaque fois 3 acides-aminés différents donc en tout 9 expériences de mutagenèse, pour chaque boîte je fais les minipreps et le séquençage d'environ une cinquantaine de clones pour minimiser le risque de rater des mutants..Et Rien.  [...] Mon problème c'est que non seulement je n'ai pas de clones à étudier, donc pas de résultats à exploiter, mais qu'en plus je ne comprends pas pourquoi ça ne marche pas, et je ne sais pas quelles réponses donner quand on me demandera comment je pourrais faire pour améliorer l'expérience de mutagenèse, ou au moins d'analyser la cause de l'échec.   [...]

[Evolution] en évolution a t on déjà fait ça?

Concernant LUCA, je ne suis pas certain d'avoir bien compris ta question, mais on peut avoir une idée de quelques caractéristiques génétiques/protéiques d'organismes ancestraux, comme par exemple, les proportions de certains acides aminés dans les protéines.  [...] Donc, en estimant la séquence d'apparition des acides aminés d'organismes ancestraux, on peut avoir une idée de la température qu'il y avait à cette époque. Je m'écarte du sujet mais tout ça pour dire que l'on peut estimer -grâce aux statistiques, l'informatique et les données de séquençage des organismes actuels- certaines caractéristiques du génome de LUCA.  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquençage et métabarcoding

Ah ouai okay. C'est juste que pour moi le barcoding c'est ce que tu appelles métabarcoding. Du coup si tu fais du barcoding selon tes termes, c'est séquençage Sanger, dans les deux sens. J'ai regardé un peu la rbcL. on est dans les 480 acides aminés c'est ça 1440 nucleotides, en faisant du Sanger dans les deux sens on est pas mal.  [...] Et d'ailleurs, le barcode ne permet pas d'identifier les espèces dans un mélange. Le barcode c'est toi-même qui l'introduit. Le principe ici est de mixer plusieurs échantillons et les séquencer en même temps pour diminuer les couts de séquençage. Dans un second temps on sépare les expériences selon leur barcode in silico.  [...]