• Santé - Acides aminés, Propriétés, Chimiques

[Biochimie] structure secondaire des proteines

Les protéines sont constituées d'un enchainement d'acides aminés qui présentent des propriétés physico-chimiques spécifiques (hydrophobes, polaires, chargés, acides, basiques...). La structure primaire est effectivement la séquence d'acides aminés constituant la protéine.  [...] Cela dépend donc des acides aminés qui interagissent entre eux soit directement à cause de leurs propriétés physico-chimiques ou alors à leur capacité à être modifiés par glycosylation, phosphorylation, nitration.  [...]

[Biochimie] Visualisation et annotation d'une structure 3D

J'ai besoin d'annoter une structure 3D en faisant resortir uniquement certains acides aminés. Quels sont les software permettant ce genre d'annotations (ma structure est au format NCBI chemical data et je l'ouvre avec Cn3D, je n'en sais pas plus).  [...] PS. ViewerLite provient aussi de chez Accelrys. J'ai aussi vu qu'on pouvait sélectionner les acides aminés selon leur propriétés physico-chimiques. En sélectionnant les acides aminés hydrophiles cela peut faciliter la tache pour la sélection des lysines. Il y a sans doute une fonction pour sélectionner l'acide aminé que l'on veut sur la protéine entière mais j'ai pas cherché.  [...]

acides aminés, classification par radical R?

en fait j'ai trouvé que les acides aminés étaient classés selon plusieurs paramètres, y compris selon la chaîne latérale R, sauf que j'ai trouvé quelques difficultés avec cette classification, car on y trouve les aliphatiques, les cycliques, les aromatiques, et parfois je ne distingue pas les uns des autres, donc pourriez vous m'en donner d'avantage d'informations (avec les caractéristiques de chacun d'eux).  [...] Donc les acides aminés possèdent les propriétés chimiques de leur radical, particulièrement lorsqu'ils formes les protéines puisque les groupements COOH et NH2 sont mobilisés presques entièrement dans les liaisons peptidiques. Ces propriétés pouvant être influencées par l'environnement puisque les charges vont varier selon le pH par exemple.  [...]

[Biochimie] acides aminés et structures

Peut-on deduire la structure II(hélice alpha, feuillet beta..) ou III (repliement ) d'une protéine à partir d'une séquence d'acides aminés (structure I).  [...] Oui, en connaissant les propriétés physico-chimiques des acides aminés on peut, pour peu qu'on ait les connaissances adéquates, prédire de quelle manière va s'agencer la suite d'AA's dans l'espace. Hydrophobicité, Hydrophilicité, etc sont des exemples de propriétés sur lesquelles on peut se baser.  [...]

[Biochimie] Conséquence de changement d'acide aminé.

Modifier par exemple une lysine en une arginine ou une alanine en valine a généralement beaucoup moins d'effet car ces acides aminés possèdent des fonctions biochimiques proches.  [...] Il est important de comprendre également que le repliement d'une protéine défini son activité. Le repliement se déroule notamment en fonction des propriétés physico-chimiques des acides aminés (structure primaire). Toute modification de cette structure primaire peut théoriquement influencer la structure secondaire, puis tertiaire.  [...]

Mutations silencieuses

stricto sensus une mutation silencieuse est une mutation qui modifie la sequence nucleotidique sans changer la sequence en acide aminé. Maintenant certains acides aminés ont des propriétés physico-chimiques similaires. Donc remplacer une ileu par une leu, peut ne pas avoir de grande consequence physiologiques.  [...] Comme l'a dit Yoyo, un remplacement d'un acide aminé par un autre ayant des propriétés physico-chimiques similaires est la plupart du temps silencieux, par exemple Ile par Leu, silencieux en ce qui concerne le repliement de la protéine. Mais cette même mutation peut vachement affecter l'activité de la protéine si elle se trouve, par exemple, dans le site de reconnaissance du substrat d'une enzyme.  [...]

[Divers] [Concours] Les "capes SVT", et les autres aussi intéressés par la bio.... c'est ici! - Page 3

Je pense que c'est un peu tout ça et en plus connaître les formules et/ou les propriétés des constituants chimiques fondamentaux. Par exemple, pour les protéines, il est bon de connaître les différents types d'acides aminés (hydrophobes, acides, basiques.  [...] .), leurs structures, la liaison peptidique, le type de propriétés qu'ils confèrent aux protéines qu'ils constituent...etc. Pour les lipides, il faut connaître la struture des différents lipides, les phospholipides, le cholesterol, les sphingolipides, et par exemple leurs propriétés amphiphiles par rapport à la structure en mosaïque fluide des membranes.  [...]

Peptides

D'après leur composition en acides aminés, comment pourriez-vous qualifier en termes de propriétés physico-chimiques (en deux mots maximum) chacun de ces peptides.  [...] Bon j'avoue que je ne saisi pas tout non plus mais ce que tu peux faire (et je pense que c'est en fait ce qui est attendu) c'est donner les propriétés remarquables de chaque aa.  [...]

Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ? - Page 9

Tout ce qui ne participe pas à la complexification des réactions chimiques, par exemple, de l'acétate aux acides aminés, s'échappe de l'évent. C'est permis par le simple fait que dans l'évent, tout est produit à partir de molécules très simples, donc très petites (H2O, H2, CH4, NH3, NO, etc.  [...] Pour moi, l'idée que la vie serait apparue grâce à une pluie d'acides aminés venus de l'espace est du même acabit. La théorie de Russell a au moins le mérite de proposer des solutions moins fortuites, qui se servent toutes des propriétés physico-chimiques disponibles au niveau du système hydrothermal, apportant parfois des solutions contre-intuitives qui se révèlent tout à fait plausibles à la fois théoriquement (pour reprendre les travaux de Soren Toxvaerd), mais aussi expérimentalement (dans le cas des travaux de Dieter Braun).  [...]

[Zoologie] Abeille reine et ouvrière

La composition chimique de la gelée royale ressemble assez à celle du pollen, avec des protides intégrant des acides aminés en quantité, quelques lipides, dont un acide gras qui possède des propriétés antibactériennes, antifongiques et antigenninatives.  [...] De fait les ouvrières sont par définitions des femelles et chez certaines espèces (eusociales) elles peuvent même pondre (uniquement des oeufs haploïdes). Mais des mécanismes existent qui limitent cette reproduction des ouvrières, comme le fait que la reine puisse dévorer certains oeufs.   [...]