• Forum - Vecteur, Fragment, Bac

[Biologie Moléculaire] compatibilité OriS et Ori de PMB1 dans un même plasmide?

Avec ce vecteur je vais cloner des grand fragment de type YAC et BAC, je me demandais si la présence de OriS et de l'origine de réplication de PMB1 pouvait poser des problèmes dans la transmission du plasmide aux bactéries filles, des pb de recombinaison ou autre.  [...] le but c'était de faire des recombinaisons chez la levure et de pouvoir électroporer directement le YAC dans les bactéries. Le vecteur possède 2 ori procaryotes car je l'ai construit en ligant des fragments de deux vecteurs différents (et je croyais avoir supprimé une des 2 oris mais après séquençage elles y sont toutes les deux).  [...]

[Biologie Moléculaire] Principe des banque génomique/cDNA

On ne parle pas de dégradation par des enzymes de restriction, mais de digestion. La différence est quand même notable. avec le terme dégradation je signifie le fait que je pars d'une macromolécule (ADN) pour me retrouver avec des nucléotides à la fin. Alors que le terme digestion signifie que je vais couper à certains endroits pour me retrouver avec des fragments de tailles différentes.  [...] On est d'accord qu'on cherche à assembler des petits bouts qui vont constituer un gros bout (des fragments de tailles différentes faisant partie d'un gène). Donc, peux-tu déduire de cette idée l'importance des bouts chevauchants.  [...]

Génétique

2) On insère dans un vecteur identique (BAC) chaque fragment pour un faire des clones.  [...] 3eme étape. tu séquences chaque BAC en faisant des sous clonages pour avoir des fragments séquençables. en général, sous clonage de façon à avoir des fragments chevauchants.  [...]

[Biologie Moléculaire] Quel vecteur pour quel type d'insert?

Pour cloner de l'ADN quelle type de vecteur je dois utiliser un cosmide, BAC ou YAC.  [...] Je ne comprends pas pourquoi les bactériophages ne sont pas des vecteurs navettes (çà aurait un rapport avec la capside mais j'en sais pas plus).  [...]

[Génétique] marche sur le chromosome

J'aurais aimé savoir si quelqu'un pourrait m'expliquer en quoi consiste et comment on effectue la marche sur le chromosome lors du clonage positionnel. J'ai trouvé des choses sur le net mais je ne comprends toujours pas comment on procède.   [...] Dites moi si j'ai bien compris. on cherche à mettre bout à bout des fragments d'adn ( BAC, YAC..) jusqu'au moment de trouver un fragment qui contiennent les 2 marqueurs chromosomiques et le gène muté. On peut donc de cette manière restreindre la partie contenant le gene à un BAC ou YAC ce qui facilitera la prochaine étape du clonage positionel.  [...]

[Biologie Moléculaire] Promoteur banque BAC

J'aimerai globalement connaitre la démarche pour récupérer une séquence promotrice d'une banque BAC pour ensuite le cloner dans un vecteur rapporteur et étudier ce promoteur.  [...] Ainsi tu as des bactéries sur la membrane de nitrocellulose. Ensuite, tu réalise une hybridation de sondes chaudes spécifiques de ton promoteur, tu révèles en autoradiographie et tu vois quelles colonies sont marquées. Pour être sûr que ton promoteur est entier, tu peux éventuellement faire deux répliques.   [...]

[Biotechnologie] Concrètement c'est quoi une banque d'ADN

Une banque d'ADN est exactement ce que tu dis, un enorme mélange de fragments d'ADN aléatoire représentant un génome d'un organisme donné. En general on suppose qu'il y a tous les genes de l'organismes concerné quand la taille cumulée des fragments de la banques est egal a au moins 5 fois la taille du génome.  [...] A noter qu'il existe des banques d'ADN, mais que celles ci tentent de plus en plus a disparaitre au profit des banques d'ADNc, pour lequel l'ADNc est un plus petit fragment et DONC pas besoin de le coupé en petit bout pour le conserver.  [...]

qu'est-ce qu'un BAC (chromosome artificiel bactérien) ?

Pour revenir au chromosome painting (bonjour les techniques de 20 ans d'âge ) ou les premiers séquençages il faut simplement retenir qu'à l'époque les techniques étaient moins efficaces et nécessitaient beaucoup de copies d'un même gène pour pouvoir réaliser les analyses.   [...] Si on voulait analyser un génome, on le découpait, on plaçait chaque fragment en BAC puis on plaçait chaque BAC dans une bactérie différente. Ainsi on pouvait avoir un nombre de copie infini de chaque fragment et travailler dessus à son rythme. Le passage de gène/génome en BAC était souvent une condition de départ d'une étude génétique.  [...]

les vecteurs YAC et BAC

Les YAC (Yeast Artificial Chromosomes) sont des vecteurs pour cellules eucaryotes. Leur mise au point est due aux travaux de BURKE et al. (1987). Ils permettent de cloner de très grands fragments d'ADN (100 à 2000 kb) dans les cellules de la levure Saccharomyces cerevisiae.  [...] Les BAC (Chromosome Artificiel de Bactérie) sont des vecteurs servant à cloner de grands fragments d'ADN (100 à 300 kb) dans les cellules d'E.coli.  [...]

Isoler une région d'un génome à partir d'un BAC

Tu peux utiliser la méthode du finger print. tu fragmentes, tu clones dans les BAC et ensuite tu fais une restriction avec une enzyme et tu compare les profils de restriction de tous tes BAC avec un BAC de référence... Tu peux également utiliser la méthode des STS.  [...] Bon alors si j'ai bien compris (parce que j'ai tout lû Freud, les initiés comprendront...), en fait tu veux repérer une séquence parmis une banque de BAC C'est ça Donc en fait ta question c'est comment détecter spécifiquement ton gène dans ta banque Si c'est ça, tu peux contruire, par exemple, 3 couples de primers qui encadrent (pour chaque couple) 3 petites régions sur la zone que tu veux détecter.  [...]