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[Biotechnologie] Terminateur de transcription

a) les sites Nut, qui une fois transcrits sont des sites de liaisons pour une hélicase (la fameuse Rho) qui migre sur l'ARN, rattrape l'ARN pol et dissocie le complexe ADN..ARN, si bien que l'ARN pol aussi est élaguée de l'ADN. Les sites Nut sont suivie de sites de pauses (des tiges-boucles) ce qui favorise Rho.  [...] b) La transcription de certains gènes s'achèvent par terminaison intrinsèque (Rho-indépendante) au passage d'une région palindromique structurée en tige-boucle immédiatement suivie d'une série de T. C'est un peu complexe mais en gros c'est la différence de stabilité entre la tige boucle ARN et le polyU qui conduit à dissocier le complexe.  [...]

[Biologie Moléculaire] siRNA, shRNA ??

Bonjour, Je ne dirai pas que le shRNA est le plasmide, c'est l'ARN en structure tige-boucle, qui peut être transcrit à partir d'une séquence intégrée dans un plasmide. Cette structure tige-boucle est reconnue par Dicer qui coupe la boucle, ce qui donne un petit ARN double brin comme un siRNA.  [...] Bien sûr mais la pression de sélection ne permet que de sélectionner les plasmides intégrés et les plasmides épisomaux répliqués. Dans ce dernier cas, il leur faut une origine de réplication exploitable par la cellule transfectée, comme par exemple un plasmide contenant l'origine de SV40 avec les cellules COS-7 qui possèdent l'antigène T nécessaire pour répliquer les plasmides contenant cette origine.  [...]

short hairpin RNA

Je suis pas un specialiste des shRNAs mais apres une recherche rapide sur le net il semble que le mecanisme d'action soit identique aux siRNA. La difference est dans la structure secondaire de l arn. Le shRNA est un arn simple brin qui forme une tige boucle(comme tu peux voir ici.  [...] qui est une structure tres bien exporte du noyau (reconnu par une exportine). Une fois dans le cytoplasme la tige boucle est reconnue et clivée par une RNAse (dicer) qui enleve la boucle et la tu te retrouve avec un arn double brin (un siRNA en gros) avec une sequence complementaire a sa cible.  [...]

[Biologie Moléculaire] Transcription chez les Procaryotes (terminaisons)

Pour essayer de se représenter le mécanisme, quand le complexe d'élongation commence à s'approcher de ce type de séquence, la protéine rho vient se lier à l'extrémité 5' de l'ARN en cours d'élongation. Rho progresse sur cet ARN en même temps que le complexe d'élongation progresse aussi.  [...] _ Terminaison rho indépendante. l'ARN forme une épingle à cheveux au niveau du site de terminaison. Quand cette tige-boucle débarque dans le complexe d'élongation, celui-ci est désorganisé et se détache. Donc pas besoin de facteur extérieur car l'ARN lui-même porte le signal de la terminaison.  [...]

[Biologie Moléculaire] Les différents types d'ARN

.. Mais chez les mammifères les ARNs longs double brins sont reconnus comme viraux déclenchent une réponse de type interféron. Donc quand on transfècte des siRNAs en labo, on ls transfecte directement sous forme de petits ARNs. De plus, les siRNAs présentent une séquence parfaitement complémentaire à l'ARNm cible et entrainent le clivage et la dégradation de l'ARNm.   [...] - les micro-ARNs sont codés dans le génôme. Ils sont transcrits sous forme de pri-miRNAs, maturés par Drosha dans le noyau en pre-miRNA (structure en tige boucle), transportés dans le cytoplasme et clivés par Dicer qui enlève la boucle pour générer le petit ARN double-brin, mais qui contrairement au siRNA, présente des mésappariements.  [...]

[Biologie Moléculaire] Transcription chez E.coli (initiation et terminaison)

3) Concernant la terminaison, je ne comprends pas comment fonctionne le terminateur rhô dépendant. On nous a dit que c'était une tige-boucle avec peu de GC donc faible. Pourquoi la protéine agit dans ce cas et pas dans le cas d'une tige-boucle forte Comment la protéine rhô sait quand il y a une tige-boucle faible et donc quand il faut agir.  [...] Pour un terminateur fort, la tige-boucle créée par l'enchaînement de GC ralentie fortement l'ARN polymérase, elle se détache alors spontanément de l'ADN.  [...]

[Biochimie] Arn

Elles sont nombreuses mais elles sont liés à l'appariement entre elles des bases d'un même brin (l'ARN est simple-brin) et il s'agit de tige-boucle ou de structure plus complexes (cf les ARNt).  [...] On parle ainsi de conformation en double hélice influençant la stabilité de l'ARN et présentant des motifs reproductibles et caractéristiques (type épingle à cheveux, boucles interne/externe) ayant également une influence sur la fonction des ces ARN.  [...]

Les codons stops

Il y a la terminaison directe dit aussi rho-indépendante. Elle a lieu après deux séquences riches en CG en miroir qui vont former une structure tige-boucle juste avant une séquence poly-U au niveau de laquelle l'ARN polymérase bactérienne va se bloquer et se détacher de l'ADN.  [...] L'autre fait intervenir une hélicase spéciale appelée facteur rho. Cette protéine migre le long de l'ARN en cours de polymérisation, rattrape l'ARN polymérase et le détache de l'ADN. Je n'en sais pas plus sur ce mécanisme.  [...]

division de l'ADN

Quant à l'arrêt de la production d'ARN, chez les procaryote, cela se fait par la formation d'une tige boucle solide. Lorsque l'ARNpol ressent cette formation, elle s'arrete.  [...] L'ARN polymérase ouvre une boucle de réplication, c'est à dire qu'elle déroule simplement une partie de l'ADN. l'endroit qu'elle réplique.  [...]

cadres de lecture et codon start

Le changement de cadre de lecture peut avoir lieu au cours de la traduction, par repositionnement du ribosome (frameshift). Celui-ci peut glisser d'une base en amont ou en aval au niveau d'une séquence répétée (-. pas de problème d'appariement) ou bien lorsqu'il bute sur une structure secondaire de l'ARN (tige-boucle).  [...] Mais tu as raison, il y a bien 6 cadres de lecture théoriquement possibles sur un double brin d'ADN, 3 sur un ARNm. Mais ces capacités de codage sont rarement (jamais ) toutes utilisées. (en tous cas dans les génomes les plus évolués, où la fraction codante est très réduite – la compaction maximale est atteinte chez les virus, avec plusieurs cadres de lecture chevauchants).   [...]