• Forum - Techniques, Méthodes, ADN, Total

[Microbiologie] environnement

les techniques ARDRA DGGE et RISA sont des méthodes d'empreintes moléculaires sur ADN total, je débute donc je ne comprends pas très bien a quoi cela correspond.  [...] j'ai compris que pour les méthodes RAPD et ERIC on fait un isolement de souches puis on les amplifie par PCR et après on fait un séquencage mais ce que je n'arrive pas à comprendre c'est qu'elle est la différence entre les deux et surtout leurs principes.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction ADN Plasmodium

Je suis doctorant en parasitologie, une partie de mon travail repose sur la PCR de plasmodium. Le problème c'est que j'ai pas trouvé dans la bibliographie un protocole d'extraction d'ADN parasitaire depuis le sang total, j'ai trouvé seulement des méthodes utilisant des kit d'extraction tel que QUIgen.  [...] extraction de l'ADN totatal par l'un de ces deux protocole puis ensuite PCR avec des amorces spécifiques de Plasmodium, ca devrait faire l'affaire.  [...]

Extraction d'ADN bactéries lactiques

Je cherche un bon protocole d'extraction de l'ADN total des bactéries lactiques. je voudrais savoir aussi par quelle technique obtient-on un bon rendement et une bonne qualité d'ADN.  [...] l'ancien protocole (lyse enzymatique) me semble très long, mais est il efficace ou l'utilisation des kits est meilleure.   [...]

[Biologie Moléculaire] Interprétation PCRq en temps réel (SYBER Green)

Une fois la quantité d'ADN contaminant (champignon) déterminée, tu peux donc estimer la proportion d'ADN total contaminer par cette ADN...mais tu peux surtout, avec les données que tu as, déterminer un nombre de copie. Pour ce faire, applique les formules que tu connais surement.  [...] D'autre part, tu soustrais la masse d'ADN de champignon à l'ADN totale pour avoir la masse d'ADN restant, appartenant donc au végétale, et tu calcules le nombre de génome végétal que tu as dans ton échantillon (masse d'ADN végétal/masse du génome du végétal). Tu obtiens n2.  [...]

[Microbiologie] évaluer la diversité

Mon problème est que je suis nulle en statistiques, et donc je ne sais pas si, et le cas échéant comment, évoluer la diversité de mon échantillon, le plupart des tests nécessitant plusieurs échantillons. Quelqu'un pourrait-il m'aider.   [...] J'ai identifié 21 espèces au total, certaines par les deux techniques, d'autres seulement par culture ou par la méthode moléculaire. Le nombre d'isolats ou de clones pour une espèce varie de 19 à 1 (moyenne=9.4).  [...]

Qu'est ce qu'une mycorize ?

Par rapport à la définition technique, c'est peut-être un raccourci, tout comme dire que le mot désigne l'association elle-même, alors qu'elle devrait désigner le résultat de cette association. Mais c'est un raccourci qui est couramment utilisé et qui n'a rien d'abusif. Je ne relève pas ça comme une erreur.  [...] L'ADN total n'a aucun sens. Dans ce type de travaux, on recherche un marqueur précis, unique à l'espèce, afin de l'identifier. Il faut au contraire séparer les génomes et éviter tout amalgame (surtout entre champignon et champignon, ce qui est fréquent).  [...]

chromosomes et ADN:

Bien sûr leurs méthylations différentes font que leurs expressions géniques soient différentes et qu'ils aient par conséquent différentes fonctions. Mais comment se fait-il qu'il y ait une différence physiquement signifficative de taille entre les chromosomes 21 et 2 par exemple.   [...] L'ADN est composé de 4 base différentes. A, T, G et C. Imagine que toi, petit scarabée hammer tu écrives avec tes petits doigts musclés une ligne de environ 3.2 milliards de ces caractères mis à la suite les uns des autres. La probabilité que tu écrives la même chose que ton voisin ou que n'importe qui sur Terre est infime, donc on considère que ta suite de caractères est unique.  [...]

Biologie moléculaire: quantité de plasmide

tu as le nombre total de bactéries, et la quantité d'ADN PAR bactérie.  [...] Ensuite, expérimentalement, on n'est pas capable d'extraire toute cette quantité car il y a des pertes dues à l'extraction elle-même. On te dit que le rendement de l'extraction est de 75%. Combien peux tu alors espérer en récupérer.   [...]

homologie protéome entre les organismes

Je trouves sur internet un peu de data concernant l'homologie entre l'ADN génomique des espèces (nombre total de nucléotides), mais quelqu'un connaîtrait-il une banque qui donnerait directement les % d'homologie au niveau du transcriptôme et au niveau du protéome entre les organismes Par exemple une banque construite par des analyses de l'ADN génomique et des algorithmes de prévision de protéine ou d'ARNm.  [...] .. Et à l'inverse, les homologies inter-especes considérants seulement l'ADN non codant... Et des radios ''homologie codante/homologie non condante''... Il y auraitenviron 20 000 gènes traduits dans H. Sapiens, et au total de l'ordre d'environ 5 millions de séquences peptidiques non redondantes sur Terre selon la méthode ''Towards completion of the Earth's proteome Carolina Perez-Iratxeta1, Gareth Palidwor1 & Miguel A Andrade-Navarro1,2,3'' http.  [...]

[Biologie Moléculaire] Amplification infructueuse

J'utilise 1 microlitre (80ng/microlitre) de template ADN du coup comme ils précisent pas grand chose d'autre peut être que c'est trop pour un volume total de 25, mais comme pour 100 ils disent jusqu'à 20... sans préciser de concentration.  [...] Les petits polyphénols peuvent peut-être dénaturer les enzymes (). Mais en principe ils devraient rester dans la phase organique de l'extraction... Pour les polysaccharides, certains peuvent peut-être agir comme inhibiteurs compétifis (). Cependant en concentrant l'ADN par précipitation, j'imagine qu'on élimine pas mal de ces polymères osidiques avec l'éluant.  [...]