• Forum - Technique, Séquençage, ADN

CGHarray Anomalie en mosaïque

On dit aussi que le séquencage de Sanger permet l'étude des variations ponctuelles connues et nouvelles et ne se limite qu'aux exons. Au départ c'est pas censé être une technique pour connaitre les séquences d'ADN possibles Pourquoi les introns ne sont pas possibles.  [...] Je ne me lancerai pas dans une explication plus poussée avant d'avoir relu mon rapport ^^. J'avais fait une bonne introduction sur la technique de CGH-array, donc n'hésite pas si tu souhaites que je te l'envois. Par contre, j'ai quelques doutes au sujet du maximum de 20%, je dirais plutôt minimum, soit un minimum de 20% de cellules qui présentent l'anomalie déséquilibrée. Quasi-certain.  [...]

Condition Rnase-free ...

C'est une technique de réplication exponentielle de fragments courts (centaines ou milliers de base) d'ADN. Chaque nouveau double brin servant de matrice à un nouveau cycle de copie. au bout d'un moment on a des quantités énormes d'un même brin, ce qui est fondamental pour pouvoir faire du séquençage, etc.  [...] Pour ce qui est des conditions RNAse free. demaniere rigoureuse, il faudrait traiter toute vaisselle au DEPC, agent chimique modifiant irreversiblement les protéines. Puis autoclavage. En effet les sterilisation habituelles (autoclaves) ne permettent pas de se debarasser des RNAse (principalement le RNAse A) qui sont des enzymes extremement stables et tres actives.   [...]

[Biologie Moléculaire] Meilleure technique d'extraction ?

J'utilisais la puce GeneChip CustomID multipathogènes d'Affymetrix. Enfin, la 1re génération, pendant que j'étais là, on finissait la 2nde et on a commencé à la tester. C'est une puce de re-séquençage, pas d'expression.  [...] Je serais très intéréssée par ta méthode de déplétion des ADN génomique. J'ai besoin de cette technique afin de pouvoir faire du séquençage seulement sur des pathogénes sans avoir des séquences parasites ADN génomique.  [...]

[Biologie Moléculaire] the Genome walking method

la marche sur le chromosome est une technique permettant le séquençage des régions amont et aval d'une séquence connue d'ADN.  [...] La première étapes consiste a construire une banque de fragment tagé (restriction et ligation du tag). Et après y a une PCR et une nested a faire, avec une amorce spécifique de ta séquence connu et une amorce spécifique du tag.  [...]

[Génétique] principe des études moléculaires

Je vais essayer d'amorcer le problème, quelqu'un pourra toujours me compléter ensuite. En effet pour connaitre avec précision une mutation, on peut réaliser une PCR avec des amorces encadrant la région considérée, puis faire un séquençage. Toutefois, le séquençage n'est pas absolument nécessaire et beaucoup d'autres techniques permettent de détecter une mutation en s'en passant.  [...] Grâce à ce séquençage on peut prendre une nouvelle amorce qui se situe en 3' du séquençage précédent, et refaire un séquençage, et ainsi de suite. On peut ainsi recouvrir toute la région inconnue et donc connaitre sa séquence. Pas de PCR pour cette technique, juste de l'ADN génomique en quantité suffisante pour que ce soit détectable par le séquenceur.  [...]

Approche métagénomique ?

J'ai cru comprendre que c'était une technique pour faire une culture de bactéries qui sont peu cultivables habituellement. On prend ainsi leur bagage génétique qu'on implante dans une bactérie e-coli et ensuite on étudie la croissance de cette bactérie.  [...] Il n'y a pas de culture stricto-sensus. Tu extrait l'ADN d'une communauté d'organisme totale issue d'un environement donné. Tu clones dans E. coli des morceaux d'ADN aléatoirement dans cette soupe d'ADN. Et tu séquences. Soit aléatoirement, soit tu passes par une étape de criblage des clones (par exemple pour ne séquencer que les clones contenant un inser ADNr).  [...]

[Biochimie] RNA seq

Alors pour replacer le vocabulaire adéquat, conversion de l'ARNm en ADNc, ça s'appelle une RT-PCR (RT pour reverse transcriptase). Cette technique suivie de séquençage sert à étudier l'expression des gènes d'une cellule donnée.  [...] desolé je reviens a l'attaque pourquoi utiliser le rna seq et pas le système ion torrent ou encore le pyrosequencage Desolé haha peut etre je suis complètement a l'ouest c'est juste cette méthode me chiffonne dans le sens ou le résultat peut s'obtenir via d'autres méthodes enfin si je me trompe pas alors qu'est ce qu'elle a de particulier.  [...]

[Biochimie] Medecine légale/Identification ADN

Mes souvenirs sur la technique PCR datant des années 1990, je pensais qu'il s'agissait de quelques jours, ce qui est contradictoire avec les informations fournies.  [...] Enfin existe-t-il d'autres techniques génétique plus rapides que le séquençage (i.e.. numérisation 'échantillons l'ADN) permettant d'identifier un individu. utilisation de réactions d'anticorps spécifiques (je n'y connais rien...j'imagine) ou autres.  [...]

[Biologie Moléculaire] le séquençage??? une petite question

vous savez que le séquençage de l'ADN consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides d'un fragment d'ADN donné.  [...] Par exemple, si le milieu réactionnel contient une faible proportion de didésoxyribonucléotide à Guanine (ddGTP), on obtiendra à la fin des réactions un ensemble de brins d'ADN de tailles variés, selon l'endroit où un ddGTP se sera inséré et que la réaction aura ainsi été stoppée (ce qui correpond, du fait de la complémentarité des bases, à la présence d'une Cytosine dans le brin d'ADN séquencé).  [...]

[Identification] taxonomie moléculaire

Piwi, soit magnanime avec moi J'ai vu taxonomie moléculaire et j'ai pensé à la classification fondé sur le 16S. Enfin, non, ce n'est pas une technique de biologie moléculaire, le 16S C'est le séquençage à la base qui est une technique de bio mol.  [...] Ben il s'agit quand même d'en séquencer quelques fragment censé être caractéristique d'une espèce (pour certains genre bactériens).  [...]