• Forum - Tampon, Réaction, Différent, Migration

[Biologie Moléculaire] Profil PCR/RAPD

je viens de procéder à une amplification PCR avec deux amorces différentes, pour chaque amorce j'ai utilisé un tampon de réaction différent juste pour voir ce que ça donnait lors de la migration (l'un coloré l'autre transparent).  [...] 1-les échantillons avec le tampon de réaction transparent auquel j'ai ajouté un tampon de charge n'ont rien donné= aucune bande, rien, nada.  [...]

[Biochimie] Electrophorèse : volts, ampères ou watts?

Concrètement qu'en est-il Pour une électrophorèse que dois-je regarder comme valeur Car d'un tampon de migration à l'autre, la conductivité change et un même nombre de volt donnera un nombre d'ampère fort différent.  [...] J'ai donc réglé la migration en ampère (par rapport à un autre protocole qui préconisait 90mA). En regardant le nombre de volt équivalent à 90mA j'avais 7 Volts. Malgré ça la migration a très bien fonctionné.  [...]

les gels de compression et de sépartion

Pourquoi utilise-t-on un tampon tris avec des pH différents pour les gels de compression et de séparation en western blot.  [...] La différence de pH permet une vitesse de migration différente, une migration plus lente permet l'entrée dans le gel et la concentration des protéines. L'effet est lié au pI de la glycine du tampon de migration.  [...]

[Biologie Moléculaire] Bandes d'électrophorèse disparaissant ...

Qques infos qui vous aideront peut-etre à comprendre. on utilise des réactifs Promega pour faire une PCR, de l'eau ultra-pure pour les mixes, le tampon de migration, le tampon de charge et le gel. Ce sont des gels d'agarose à 1 ou 2%. Tampon de migration = TBE 0,5X.  [...] Pr l'histoire de halo. en fait, on utilise un tampon de charge qui contient trois colorants. xylene cyanol, bleu de bromophenol et orange G (Promega), les trois migrants environ à 4000, 300 et 50pb environ, respectivement. Quand on révèle sous UV, les taches correspondant aux colorants sur le gel sont sombres et ne genent en général pas la révélation, elles masquent légèrement ms rien de grave.  [...]

[Biologie Moléculaire] western blot flou

C'est bizzare. Quand je fais un petit gel à 10 %, il migre à 100 V 2 H maxi. Le problème vient peut-être du tampon trop faible en ions (vérifie les concentrations ainsi que les réactifs stocks) et peut-être aussi de ta cuve. Si les bandes sont floues c'est plus un problème de migration que de transfert je pense.  [...] de toute manière dés lundi j'ai prévu de refaire toutes les solutions on ne sait jamais. ce sont des solutions stocks préparéés à chaque fois par un membre du labo donc on ne sait jamais surtout qu'on vient de me signaler un doute sur le tampon de migration préparé par 2 personnes différentes (donc y a déjà un doute).  [...]

[Biochimie] Effet glycérol sur protéine (SOD)

J'ai effectué une migration de superoxide dismutase (SOD) provenant de différentes plantes... J'ai ajouté un tampon de sulubilistation modifié (plus de glycérol que le TS classique) dans deux puits contenant de la SOD de tabac, et je remarque une bande de migration beaucoup plus lourde dans ces deux puits, cela peut-il être lié au fait que le glycérol compact, voir cristallise la SOD.  [...] Les puits concernés sont les numéros 6 et 7 (sur l'image mise en lien avec le sujet) sachant que le puits noir à l'extreme gauche contient du kaleidoscope à 15€ les 10µl et qui ressort en noir, dû au MBT qui colore le gel s'il n'y à pas d'activité au niveau de la SOD.   [...]

[Biochimie] Chromatographie d'exclusion

Conseil. le gel c'est des petit billes, elle coulent mais au moindre mouvement de l'eau elles bougerons. Donc pour éviter ça au maximum pendant la migration (après le dépos) met 3 ou 4 cm de tampon en réserve au dessus du gel. Comme ça quand tu en rajoutera ça brassera moins le gel que si le niveau de tampon est a raz (tu me suis).  [...] Pour résumer tu ouvre le robinet pour faire descendre le niveau du tampon a raz le gel quand tu va faire ton dépôt et quand tu fait ta migration.  [...]

[Biologie Moléculaire] Electrophorèse (ADN sur Agarose) et Bromure d'éthidium

Si on veut éviter que ça arrive, on peut rajouter du BEt dans le tampon de migration dans lequel baigne le gel. Du BEt du tampon va pénétrer dans le gel par simple diffusion, et il pourra remplacer celui qui va partir du bas du gel.  [...] Si tu n'arrives pas à bien voir tes bandes dans le bas du gel (ou même dans tout le gel si tu n'as pas mis assez de BEt voire si tu l'as oublié ), tu peux le mettre dans une cuve avec du tampon de migration et du BEt. Mets le tout sous agitation pour que le BEt diffuse plus facilement.  [...]

[Biochimie] Migration Western Blot

Je viens de refaire un gel avec des tampons d'une collègue ainsi que son tampon de charge qui fonctionnent très bien ensemble. Mais visiblement dans mes mains non. J'ai toujours un front de migration flou et des bandes de protéines pas très nettes... *PAN*.  [...] As tu essayé de faire un nouveau tampon de chargement le tampon de chargement joue une rôle important dans la migration. Peut être que les petites protéines sont présentes en très faibles quantité ce qui fait qu'on ne les voit pas sur la fin de gel (explication au bol, je précise).  [...]

Sds-page

Je me demande si le SDS à un rôle différent selon sa concentration, ou son utilisation (en tampon ou en gel). Est -il possible qu'en plus de charger négativement les protéines, il les dénature plus ou moins suivant ces critères.  [...] Oui je sais, on peut aussi utiliser du DTT qui est non hépatotoxique et inodore pour les dénaturer. Mais je me demande pourquoi on utilise du SDS dans le tampon ET dans les gels. Ne pourions nous pas mettre du SDS en plus forte concentration dans le tampon et attribuer la charge du gel de concentration et du gel de migration simplement avec des solutions de Lower buffer et Upper buffer sans SDS (Trizma base + Acide chlorhydrique pour ajuster le pH souhaité).  [...]