• Forum - Structure, Traduction, Protéine, Boucle

opéron tryptophane

L'opéron est constitué d'un gène régulateur, d'un promoteur, d'un opérateur, d'une séquence leader atténuateur et de gènes de structure. Il y a sythèse des ARNm des gènes de structure puis traduction en protéine quand il n'y a pas ou peu de trytophane dans le mileu car il y a formation d'une boucle (par les séquences palindromiques) qui n'empêche pas la pogression de la polymérase.  [...] Quand il y a du tryptophane, la boucle se forme juste avant une séquence de poly U et empêche la progression de la polymérase, il n'y a pas transcription des gènes de structure.  [...]

a propos d'immuno, et de proteines...

Deuxième question. La structure tertiaire d'une proteine, est elle due à des liaisons covalentes entre des acides aminés souvent normalement éloignés les uns des autres.  [...] Concernant la structure tertiaire des protéines, ne surtout pas oublier les interactions hydrophobes, qui sont les premières impliquées dans la conformation native, les liaisons covalentes nécessitant une intervention enzymatique.  [...]

cadres de lecture et codon start

Le changement de cadre de lecture peut avoir lieu au cours de la traduction, par repositionnement du ribosome (frameshift). Celui-ci peut glisser d'une base en amont ou en aval au niveau d'une séquence répétée (-. pas de problème d'appariement) ou bien lorsqu'il bute sur une structure secondaire de l'ARN (tige-boucle).  [...] Mais la traduction peut commencer au n-ième AUG, en ignorant les n-1 précédents masqués dans une structure secondaire ( entrée interne du ribosome ou IRES ).  [...]

génes homéotiques , homéoboite

POur moi l'homéoboite correspond à une région d'un gène codant pour une partie spécifique d'une protéine (de type facteur de transcription) = l'homéodomaine. L'homéodomaine d'une 60n d'acides aminés a une structure spécifique de type hélice-boucle-hélice qui se lie aux régions promotrices d'autres gènes et permet a la protéine qui l'a posséde de jouer le rôle de facteur de transcription.  [...] Donc toutes les proteines à homeodomaine ont le même motif de liaison à l'ADN (ou presque) mais autour il y a plein d'autres choses qui peuvent varier.  [...]

Structure et inhibition du récepteur à l'histamine

J'en viens maintenant à ma question. Comment se passe l'inactivation du récepteur à l'histamine Est ce que la cimétidine agit directement ou est ce qu'elle fait appel à d'autres facteurs Est ce que le récepteur à l'histamine est un récepteur couplé aux protéines G Quelle est la structure de ce récepteur.  [...] J'ai regardé la structure de l'histamine humaine. C'est une protéine avec 7 domaines transmembranaires, la partie Nt est certainement extra cellulaire et la Ct serait donc intra cellulaire. Ce qui est surprenant c'est la longueur de la troisième boucle intacellulaire, ce qui me fait penser à un récepteur couplé aux protéines G mais je n'en sais rien.  [...]

Petits ARN en tout genre...

Il me semble qu'ils ont une structure en tige-boucle, ou épingle à cheveux, dont la structure doit être reconnaissable par bioinfo.  [...] On pourrait utiliser les structures en épingle à cheveux, mais cela ne correspond pas à tous, en effet. Je me demande si ce n'est pas d'ailleurs ce qu'utilise le Sanger Center pour son atlas.  [...]

ADN

These artificial DNA enzymes or `deoxyribozymes' generate large chemical rate enhancements and demonstrate precise substrate recognition, much like their protein and RNA counterparts. Recent studies with these prototypic deoxyribozymes indicate that DNA has a substantial untapped potential for intricate structure formation that could be exploited in novel chemical and biological catalysis.  [...] Mon propos n'etait pas la, mais dans le fait que l'ADN n'est pas toujours double brin, et lorsqu'il est sous forme simple brin il peut adopter des structure en tige boucle, en pseudonoeud, etc... je crois aussi me souvenit qu'il existe une structure secondaire particulière en forme de croix (ou chaque branche serait constituée par une tige boucle).  [...]

[Biologie Moléculaire] siRNA, shRNA ??

Donc l'action d'un siRNA est forcément transitoire, tandis qu'avec le shRNA, si tu maintiens une pression de sélection, le plasmide sera exprimé de façon permanente et donc le silencing durera... De plus, si tu as un promoteur particulier, ça te permet d'avoir un silencing inductible.   [...] Bonjour, Je ne dirai pas que le shRNA est le plasmide, c'est l'ARN en structure tige-boucle, qui peut être transcrit à partir d'une séquence intégrée dans un plasmide. Cette structure tige-boucle est reconnue par Dicer qui coupe la boucle, ce qui donne un petit ARN double brin comme un siRNA.  [...]

short hairpin RNA

Je suis pas un specialiste des shRNAs mais apres une recherche rapide sur le net il semble que le mecanisme d'action soit identique aux siRNA. La difference est dans la structure secondaire de l arn. Le shRNA est un arn simple brin qui forme une tige boucle(comme tu peux voir ici.  [...] qui est une structure tres bien exporte du noyau (reconnu par une exportine). Une fois dans le cytoplasme la tige boucle est reconnue et clivée par une RNAse (dicer) qui enleve la boucle et la tu te retrouve avec un arn double brin (un siRNA en gros) avec une sequence complementaire a sa cible.  [...]

[Biochimie] Questions à propos de l'activité enzymatique (1èreS)

Conformation est utilisee pour signifier la structure 3D grossierement, cad tout ce qui est repliement dans l'espace, interactions resultantes (l'acide amine 335 peut etablir des interactions dues a ses proprietes biochimiques avec l'acide amine 22, par exemple), la presence ou non de plusieurs sous-unites formant la proteine fonctionnelle, bref.  [...] Comme il le précise en théorie rien n'est définitif. Pour ce qui est de la capacité d'un facteur à lier l'ADN, nous sommes dans un cas particulier. En effet, les protéines lient l'ADN grâce à des motifs en doigt de zinc. Ce sont des régions riches en cystéine qui, par regroupement de 4 cystéine ou 2 cystéines/2 histidines stabilisées par un ion Zn2+ permettent la formation d'une structure en boucle qui peut interagir avec le sillon majeur de l'ADN.  [...]