• Forum - Structure, Séquence, ADN

Adn

La structure primaire d'une séquence d'ADN est généralement donnée en 5' -. 3' et en simple brin, par souci de simplicité, étant donné que le second brin est complémentaire. Mais ce n'est pas toujours le cas et tu peux croiser des structures primaires par paires de bases (littéralement avec les sections des deux brins complémentaires).  [...] La structure primaire, si tu veux, correspond à la séquence en acides nucléiques. La structure secondaire et tertiaire se réfèrent à la double hélice et ses conformations (ADN-Z, ADN-B, sur-enroulements, etc...).  [...]

[Biologie Moléculaire] Liaison spécifique d'un protéine à l'ADN

Il s'agit d'une structure 3D où vient se nicher l'ADN assez souvent. Cela résoudrait ton problème de variabilité au sein de la séquence TATA-box, Didie.  [...] C'est une histoire de configuration spatial de la proteine (structure quaternaire) et de la disposition dans l'espace de la séquence d'ADN qui est n'est pas linéaire ainsi la tata box qui est en amont est pourtant proche spacialement parlent du site d'initiation.  [...]

[Génétique] Quelques questions diverses

3 pour les liaisons entre G et C), il est plus aisé de séparer les deux brins dans une telle région (et plus intelligent énergétiquement parlant pour la cellule). Ensuite, tu peux toujours jeter un coup d'oeil aux séquences consensus des ORI chez les Bactéries (il n'y en a pas chez les Eucaryotes, ou en tout cas, pas vraiment).  [...] Les ORI eucaryotes ne présentent pas de séquence consensus clairement identifiée. Il semblerait que plus de la séquence, ce soit la structure de l'ADN à ce niveau qui soit important. Reste que ce sont tout de même des séquences AT riches, effectivement distinctes des TATA box.  [...]

Un marquage particulier de l'ADN

Cette incorporation de BrdU à une conséquence observable si on traite les chromosomes mitotiques par le colorant du giemsa. les chromatides sont tres peu colorées si leur ADN a incorporé le BrdU sur les deux brins. En revanche, elles sont normalement colorées si un seul brin de leur ADN a incorporé de la BrdU.  [...] 1) En utilisant vos connaissances, shématisez la structure d'une portion de molécule d'ADN au début de l'expérience( choisissez arbitrairement une séquence de 10 paires de bases).  [...]

[Biochimie] Rechercher sites de restriction

J aimerais savoir si il est possible de trouver un programme dans lequel on copie une sequence d adn et une ou plusieur enzymes et qu on puisse observer la decoupe de l adn au niveau de la structure primaire eventuellement en 3D ou en video.  [...] J'ai trouvé le programme dans lequel j'entre une sequence et je choisis une enzyme puis je récupère ma sequence avec des espaces aux niveau des sites de restrictions correspondant a l'enzyme choisie.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème de PCR

sinon nous avons essayer des témoins positifs. un plasmide comprenant la s quence que nous cherchons et sa fonctionne mais avec de l'ADNc qui fonctionner cette été sa ne fonctionne plus alors que les 2 sont faits en meme temps avec le meme mix.   [...] Votre séquence est elle riche en GC, en structure secondaire car en plus de la taille de l'amplicon, cela peut aussi expliquer le fait que les enzymes décrochent de l'ADN.  [...]

[Biologie Moléculaire] Facteurs de transcription

Au niveau de la structure 3D du facteur de transcription on peut comprendre que deux facteurs de transcription peuvent être différents car pas la même séquence primaire d'acides aminés mais au niveau de l'ADN vu que sur tous les gènes c'est la même séquence du promoteur (boite TATA) je ne vois pas comment se fait la spécificité.  [...] Tes facteurs de transcriptions peuvent effectivement etre différent, mais parfois c'est même la fixation d'une proteine ou d'un peptide qui va changer la conformation et l'affinité du complexe et va permettre de reconnaitre telle ou telle séquence promotrice.  [...]

enzymes acides aminées

perso je parlerai plus de l'arrangement tridimensionnel de l'enzyme qui est conditionné par sa sequence en AA. Cet arrangement qui permet de creer des centres actifs et de positionner au mieux le site actif (feuillets beta, helice alpha...).  [...] En deuxieme partie j'aurais pris un ex vu en cours ou en TP, et montrer comment une mutation peut avoir des consequences sur la sequence en AA (mais pas s'attarder sur l'ADN et tout parce que c'est pas le sujet), mais surtout comment le changement de cette sequence en AA a des consequences sur sa structure et donc son fonctionnement.  [...]

[Biologie Cellulaire] Domaine de liaison à l'ADN

Comment une protéine spécifique peut elle reconnaitre une séquence de paires de bases si celles ci ne sont pas directement accessibles ( puisque l'ADN ne présente pas les bases à l'extérieur de sa structure ).  [...] Ah...c'est un autre sujet mais il pose toujours la question de la spécificité d'action. J'aimerais bien que tu m'en dise plus là dessus, puisque la protéine qui déloge les bons histones doit forcément reconnaitre une séquence spécifique d'ADN qui est cachée par les histones.  [...]

Problème RT-PCR sur cDNA

Par la façon dont tu exposes ton problème, j'ai l'impression que tu ne connais pas la structure exacte intron/exon de ton gène... J'imagine que c'est pour ça que tu séquences le cDNA. Une chose est sûre. entre les prédictions des sites d'épissages et une preuve biologique (ADNc séquencé), c'est la preuve biologique qui gagne.  [...] Conclusion, soit tu as une erreur de prédiction de la structure intron/exon de ton gène, soit tu as un epissage alternatif, soit tu as séquencé de l'ADN génomique (contamination de ta prep' d'ARN) -. As-tu fait un traitement à la DNase.  [...]