• Forum - Structure, Protéine, Haute résolution, Méthodes

Haute résolution

Je voulais savoir quand on dit que la structure d'une protéine a été obtenue à haute résolution ça veut dire quoi On utilise quelles méthodes.  [...] Lorsqu'on parle de structure à haute résolution, c'est la seconde méthode qui est utilisée. Selon la qualité du cristal formé par la protéine en question, sa capacité à réfracter les rayons X sera différente. Plus le cristal est bon, plus la résolution sera haute (1 à 2 angströms), ce qui permet de placer exactement les chaines latérales des acides aminés dans l'espace.  [...]

Cristallisation des proteines

Un echantillon de proteine (qui doit etre tres pur - c'est une etapes difficile) est mis en solution (typiquement, on teste plusieurs centaines de melanges de solvent), et on laisse le solvant s'evaporer.  [...] L'analyse de ces donnees s'appelle la resolution de la structure. Avec un peu de maths et de physique et d'informatique, on deduit a partir de la position relative des taches de diffraction, la position relative des atomes dans le cristal, et a partir de la, on modelise la structure tridimensionnelle de la proteine http.  [...]

[Biologie Moléculaire] Combien d'enzymes différentes dans le vivant ?

Protein Data Bank (banque de données sur les protéines) qui recense les structures secondaires des protéines et des acides nucléiques avec une résolution inférieure ou égale à 4 angströms.  [...] J'observe également que la description d'une protéine ne peut pas rentrer dans les bases de données si la résolution structurelle (structure secondaire) est supérieure à 4 angströms. Je pense notamment à la base de données UniProt. Je ne sais pas la part des labos qui possède l'instrumentation nécessaire (diffraction X, RMN, etc...) pour passer cette limite de 4 angströms.  [...]

[Biologie Moléculaire] TBE et gel de migration

Tu ne coules pas ton gel dans le tampon de migration, donc non, il n'y a pas d'effet de l'un sur l'autre. Les paramètres de concentration de ton gel et ceux de ton tampon vont par contre influencer la migration tous les deux.   [...] Là vous parlez d'un gel de polyacrylamide (pour les protéines ou les acides nucléiques en haute résolution, type séquençage) que l'on migre en tris/glycine, tris/tricine, ou MOPS.  [...]

[Biochimie] Destruction des ponts disulfure

Je cherche à détruire (ou oxyder) les ponts disulfure d'un mélange de protéine, et ce d'une façon que je puisse ensuite ajouter ma sonde fluorescente qui reconnait les thiols (extrémité S-H). Et pour compliquer les choses un peu plus, je ne peux pas avoir plus de 2 étapes, ne peut pas chauffer au delà de 50-60°C, et je préférerai que ma sonde fluorescente reste fluorescente. Oui, un vrai challenge.  [...] Je vais faire des tests de fixations du marqueur fluorescent à des protéines témoins (BSA & lysozyme) la semaine prochaine avec un microscope haute résolution. Je verrai ce que cela me donne avec et sans TCEP. Et je croise les doigts.  [...]

[Biochimie] Problème de taille

J'ai une petite question, en révisant mon cours de caractérisation protéique j'ai trouvé que la cristallographie n'est pas limitée par la taille de l'échantillon contrairement à la RMN qui se limite à des macromolécules de 30KDa, donc j'aimerai comprendre pourquoi l'une est limitée alors que l'autre ne l'est pas.  [...] En effet la cristallographie n'a théoriquement pas de limite taille. On arrive à cristalliser des petites molécules, des macromolécules biologiques (ARN, ADN, protéines), des complexes de macromolécules et même des virus. Cependant résoudre la structure de complexes ou de virus n'est pas chose facile et on est souvent limité par la limite de résolution du fait qu'avec de gros objets on a d'important volume de solvant et donc un empilement cristallin un peu moins périodique.  [...]

extraction et séparations des composants d'une membrane

oui on peut faire cristaliser les protéïnes c'est un chalenge interressant et difficile...l (il y a ça au labo) l'electrophorèse c'est surtout pour les séparer, les ponctionner et les analyser. (en masse haute résolution par exemple, c'est ce qui est fait au labo).  [...] L'éléctrophorèse va effectivement permettre de séparer les protéines (ne marche que pour les molécules chargées), ca pourrait peut etre marcher pour séparer les lipides non chargés des protéines mais ca a l'air difficile à mettre en oeuvre car on la pratique sur un gel avec de petites quantités non Or je recherche un méthode capable de fournir au moins 1 ml de solution de lipides (si ce n'est plus).  [...]

[Biochimie] PDB et Cristallographie

Il peut y avoir des zones dans la structure des protéines qui sont très dynamiques. Cela peut engendrer la formation d'un cristal de plusieurs conformères. La base de la résolution cristallographique étant la répétitivité de la même structure, s'il y a des variations à un endroit, la résolution sera donc impossible pour cette zone.  [...] Pour compléter ce que dit LXR, il faudrait une résolution d'environ 0,5 A pour voir les atomes d'hydrogène or les meilleures résolutions obtenues pour des protéines sont d'environ seulement 1 A. Les hydrogènes présents dans les structures sont donc rajoutés, il est possible de calculer leurs positions si on connait l'emplacement des autres atomes.  [...]

[Biochimie] MALDI TOF et LIFT TOF

malgré toutes mes recherches le terme LIFT reste indefini, il semblerais que se soit une technique pour sequencer les proteines inconnues pourriez vous me fournir quelques pistes sur la methode employée a cette fin.  [...] DETECTEUR. TOF time of fligh. sépare les proteines en fonction de leurs vitesses jusqu'au détecteur (Les ions de masse plus faible se déplace plus vite que ceux de masse plus grande). C'est un détecteur dit de haute résolution (donne des masses avec 3 ou 4 chiffres après la virgule).  [...]

Imagerie médicale et voûte crânienne.

Je reviens juste sur votre position quant à l'écho haute résolution et la non-visibilité de l'épiderme.Il semblerait qu'on voit le derme et haut de l'hypoderme selon https.//www.google.fr/urlq=https.//...pKWKn_vl29B3Rw.  [...] Il est inutile d'en parler des heures car il existe ce qu'on appelle des études scientifiques qui regroupent l'observation selon des méthodes rigoureusement établies (pas sur des croyances) de dizaines de milliers de patients qui permettent de se faire une idée bien plus précise sur l'effet de ces traitement que ce que croit avoir compris une seule personne de son ressenti tout personnel, donc totalement subjectif.  [...]