• Forum - Stage, Séquences, Bactérie

métagénomique, bio informatique et electrophorese DGGE

Je m'explique.. Nous avons réalisé une PCR sur nos échantillons de terre avec des amorces trouvé dans une revu scientifique correspondant en tout point à notre sujet, le problème étant qu'en attendant de pouvoir faire la DGGE ma maitre de stage m'a demandé de vérifier grace au site du NCBI et en faisant un blast que les séquences d'amorce matchaient bien avec les séquence ARNr 16s de bactérie présente généralement dans le sable et suceptible de sortir lors de la DGGE et d'en déduire leur taille. Cependant aucune ne matche correctement.  [...] Je viens de blaster à nouveau mes amorces contre des séquences de bacteries et je les ai enfin trouvé. Mais j'ai toujours un problème car maintenant que ça onctionne je ne comprends pas pourquoi. En effet pour trouver un résultat cohérent j'ai mis les deux amorces dans le sens 5'-3'.  [...]

VNTR : Mécanismes ?

Je suis actuellement en stage et je travaille sur les séquences répétées en tandem. (VNTR).  [...] Par exemple dans le cas des expansions de triplets (dans le gène de la hugtinghtine notamment), la polymerase peur déraper en avant comme en arrière et changer la longueur de ces séquences répétées. Il yt a notamment des stuctures locales de l'ADN (boucles) dues à ces motifs répétées.  [...]

[Microbiologie] Validation de méthode de dénombrements

Bonjour, je suis en stage dans un laboratoire de microbiologie alimentaire et ils veulent modifier leur méthode de dénombrements de bactérie.  [...] Je n'en suis pas sûre. Tout dépend si on dénombre une flore totale ou uniquement un type donné de bactéries, en relation avec un caractère positif/négatif vis-à-vis d'une souche particulière peut-être.  [...]

utilisation des résistances aux antibiotiques

Juste une petite autre question sur le sujet. Je suis actuellement en stage et mon travail consiste a integrer un gene dans une bacterie, pour en modifier une voie metabolique. Ces bacteries ont pour but d'etre integrées dans des fermenteur fromager au lait cru, et donc avec un nombre de souches bacteriennes differentes tres elevee (y compris une faune pathogene).  [...] si quelqu un pouvait m expliquer les risques d utiliser ces bacteries en industrie, ca serait sympa, histoire de savoir pour mon stage.  [...]

[Biologie Moléculaire] Design primers pour PCR sur cDNA

je suis actuellement en stage de fin d'études, et je travaille sur des gènes de soja. J'ai des gènes potentiellement impliqués dans la synthèse d'une substance (3 candidats, qui ont des séquences très similaires). Je souhaite vérifier leur expression dans plusieurs organes de la plante, à différents stades.  [...] 400bp pour une PCR classique c'est rien du tout. Si tu veux être sûr de ton produit de PCR pour pouvoir le séquencer, utilise une Taq haute fidélité histoire de limiter les erreurs de réplication.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR qui veut pas marcher

Bonjour, je suis actuellement en stage dans un labo de recherche. Mon objectif est de mettre en place un protocole de PCR pour faire du typage bactérien. Pour sa, je dois amplifier des microsatellites spécifiques de cette bactérie. En 1er je dois déterminer la dilution limite à laquelle on ne peut plus observer d'amplification sur gel (les dilutions sont du 1/10 au 1/10 000).  [...] D'accord avec Flyingbike. Sans parler des rectifications qui arrivent parfois, désolé, on s'est trompé en recopiant la séquence.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème de culture de bactéries

Comme je l'ai dite de nombreuse PCR sont faites tous les jours avec ces bacteries donc si elles avaient un probleme il serait generalisé.Ensuitenon je n'ai strictement aucune bacteries quand je dépose mes bacteries ligué.Par contre si je les depose directement oui,elle marchent.  [...] Donc d'apres mon maitre de stage,dans l'insert,on a peut être pris un site pathogène pour toutes bacteries ou nonigable.On attend nos nouvelle amorces.Je vous tient au courant.  [...]

[Biologie Moléculaire] séquenceur

Le séquenceur est avant-tout un automate qui fait lui-même les étapes de séquençage qui avant étaient fait à la main. Il faut d'abord bien comprendre comment on fait un séquençage (méthode de Sanger), ensuite se renseigner sur la façon dont le process a été automatisé.  [...] le séquenceur ne fait rien d'autre qu'un gel très résolutif et lire la fluorescence des bases qui migrent.1 base = 1 groupe fluorescent (ou fluorochrome) différent.  [...]

Stages de master en biologie

[Je me permets de poser ma question ici parce que la rubrique stage me parait moins fréquentée et que ma question concerne de manière spécifique les études de bio...].  [...] J'avais aussi fais des stages durant les vacances. Ca compte pas dans le cursus mais ca te fait rencontrer des gens, ca te donne de l'experience, et ca nourrit le CV. Faut jamais oublier de lui filer du bon à manger à celui ci. Dés que l'on peut.  [...]

Stage M1

En M1, tu as encore tout le temps de te spécialiser (ce que tu feras en M2, voire thèse). La diversité des stages que tu peux faire augmente ta richesse culturelle et c'est une qualité requise si tu veux faire de la recherche. Avec une thématique en rupture avec celle de ton stage précédent, tu vas devoir t'adapter aux nouvelles connaissances abordées au cours de ton nouveau stage et tu vas élargir ton champ de compétence.  [...] Cette petite réponse car je suis tout à fait d'accord avec les précédentes réponses. J'ai globalement eu le même parcours que toi. deux stages en licence et mon stage de M1, que je viens de terminer. J'ai réalisé mes trois stages dans le domaine des neurosciences mais sur des thématiques bien distinctes.  [...]