• Forum - Spots, Analyse, Acides aminés

[Biotechnologie] quantification des protéines

ils ont fait une electrophorese en 2D, ensuite ils ont autoradiographié le gel, ensuite ils disent qu'ils ont excisé les spots et qu'ils ont fait une scintillation liquide puis denombrement. d'autre part, ils disent qu'ils ont excisé d'autres spots et qu'ils ont analysé les acides aminés.  [...] L'autoradiographie permet de reveler les spots sur le gel 2D. Ils decoupent les spot et ils font une scintillation liquide pour quantifier (la radiactivite est proportionelle a la quantite de proteine), puis ils envoient la bande en MS ou edman pour avoir la sequence en AA.  [...]

[Biochimie] coloration nitrate d'argent

Mes spots n'avaient pas tous la même couleur, et c'est vrai que certains étaient gris (et faisaient plus pâles du coup). Je faisais de la MS derrière pour identifier ces spots. je te rassure ce sont bien des protéines.  [...] Comment se fait-il que ces spots (ou bandes) prennent une coloration grise ça je ne sais pas. Le nitrate se fixe sur les groupements carboxyliques et soufrés des chaines latérales. Peut être une histoire de composition en acides aminés et de concentration.  [...]

[immunologie] Réaction antigène-anticorps

Chip (et non ship) est le terme anglais pour puce. Il existe des puces à ADN pour étudier les hybridations, des puces à protéines pour les interactions protéiques dont par exemple les interactions Ag/Ac. Sur une surface fonctionnalisée, l'Ag (pour cribler des Ac) ou des Ac pour indentifier des Ag sont liés chimiquement.   [...] Sur cette surface fonctionnalisée est ensuite envoyé l'échantillon à tester. Suivant le marquage (fluorescent souvent) et à l'aide d'une caméra de détection et d'un logiciel d'analyse d'image, il est possible de visualiser les spots qui réagissent...plusieurs milliers de spots peuvent être déposés sur une lame.  [...]

Electrophorèse sds-page de la MMP2

Après avoir fait une transfection ce cellules, j'ai récupéré des surnageants contenant mes protéines proMMP2 et deltaproMMP2. J'ai analysé mes protéines sur un zymogramme contenant de la gélatine (substrat préférentielles de mes protéases) et j'ai pu observer leur activité grâce à des spots de digestion sur mon gel coloré au bleu de Coomassie.  [...] D'autre part j'ai fait une électrophorèse sur gel SDS-PAGE sans gélatine coloré également au bleu de Coomassie, mais cette fois ci je n'ai observée aucune bande de migration. Je ne parviens pas à expliquer pourquoi je n'ai pas pu observer le migration de mes protéines.   [...]

DNAchip

-Puis on ajoute les cDNA sur les sondes afin qu'ils s'hybrident avec leur sonde complémentaire. c'est à cette étape que j'ai un problème (en supposant dejà que les étapes que j'ai décrites précédemment soient bonnes). Faut-il faire une puce pour le malade et le sujet sain puis superposition des résultats par traitement info pour avoir des spots jaunes et de ttes les couleurs ou bien on ajoute sur la même puce les cDNA des 2 personnes.  [...] On applique un grille et les signaux sont quantifiés par un logiciel. On analyse alors des tableaux de données. On applique ce qu'on appelle une normalisation. Là ça devient compliqué, mais on considère que la majorité des spots ne seront pas différentiellement exprimés, et, en gros, tous les spots qui s'éloignent significativement du nuage de points sont considérés comme différentiellement exprimés.  [...]

[Identification] Identification d'une protéine sérique

Un marqueur de poids moléculaire ne constitue pas en soi une preuve d'identification, mais constitue tout au plus une très bonne indication. On peut refaire l'analyse en conditions réductrice (+ DTT) et non-réductrice (sans DTT) afin de différencier et identifier les chaînes lourdes (50 kDa) et légères (25 kDa) des immunoglobulines G par exemple ( http.  [...] Si on n'a pas accès à un labo de protéomique digne de ce nom et sans devoir investir dans des procédures longues et coûteuses, il serait utile de procéder à une analyse plus précise des protéines sériques par gel 2D SDS-PAGE et de comparer visuellement les cartes des spots obtenus face aux cartes de référence déjà établies ( http.//world-2dpage.expasy.org/swiss-2dpage/ ).  [...]

[Divers] analyse d'image

Je cherche un software qui ferait ca automatiquement (autre que Nucleus) ou alors un software qui me permettrait de selectionner grace a une baguette magique mes spots (ADN ou cell), puis de les analyser par la suite.  [...] J'ai déjà fait quelque chose de similaire avec un logiciel Biorad (pour des spots de microarray) dont j'ai oublié le nom. désolé.  [...]

[Identification] résultats de spectrométrie de masse

j'ai donc réalisé des gels bidi que j'ai prélevé et que j'ai fait analyser au spectro, pour plusieurs spots, je me retrouve avec plusieurs protéines identifiées, mais je souhaiterais en discriminer quelques unes. dans un premier temps j'aimerais savoir quels est le score minimun à considerer quand on interroge une banque de donnée.  [...] 2) Une protéine peut présenter des motifs d'acides aminés caractéristiques qu'on retrouve chez d'autres protéines. On peut même former des familles en se basant sur ces similitudes de séquence. La signature d'une famille est la conservation de différents motifs spécifiques (avec quelques variantes) positionnés dans le même ordre et à des distances similaires d'une séquence à l'autre.  [...]

Les puces à protéines

Du coup, pour les cancers, si on fait une comparaison entre les spots protéiques extirpés d'une cellule cancéreuse avec ceux d'une cellule saine, on pourra comparer les quantités des protéines présentes et celles qui st surexprimés ou sous-exprimés par la coloration seront celles à étudier pour le cancer.  [...] Mais là ou je comprend pas c'est que si je suis ce raisonnement alors il y a des spots protéiques initiaux identiques alors que moi je crois que tous les spots correspondent à des protéines différents (autrement dit 1 protéine spécifique à 1 spot).  [...]

[Immunologie] Test Elispot

Est ce que plus il y a de spots plus il y a de cellules secrétrices d'Ig, ayant mis des anticorps anti Ig (je me demande si c bien clair.).  [...] Non, plus il y a de spots, plus il y a de cytokines produites par tes lymphocytes. Ici, tu as mis un Ac anti-IL2 donc la cytokine en question est l'IL2.  [...]