• Forum - Sonde, Fragments, ADN

[bio mol] pUC et LacZ

si on connais la protéine synthétisé, on la digère avec une protéase puis séquencage aa ce qui permet de retrouver le fragment d'adn et donc le clone.  [...] - si ton insert se trouve dans un fragment d'ADN bordé de sites reconnus par les mêmes enzymes, tu vas pouvoir isoler ce fragment de ton ADN de départ (par restriction) et le coller (ligaturer) dans ton vecteur.  [...]

[Biologie Moléculaire] révélation RFLP

SI c'est une simple RFLP, je ne vois pas l'intérêt de la sonde. Une fois la digestion par l'enzyme effectuée, une simple migration sur gel d'agarose avec un argent marquant l'ADN devrait suffire à visualiser les fragments et à donner une bonne idée de leur taille.  [...] En fait, tout dépend de ce que tu veux faire avec ta RFLP, si c'est visualiser une différence de nombre de fragments ou de taille de fragment (différence de taille de l'ordre de quelques dizaines de paires de base, en-dessous ça devient peut-être plus délicat) ce que j'énonce doit fonctionner.  [...]

Carte de restriction

Tu ne le mentionnes pas mais tu ne fais pas simplement une électrophorese, si Y'a un southern blot normalement dans ton histoire (c'est un détail important...), non Parce que tu nous parles de bandes que tu vois en électrophorèse et du coup je ne vois pas en quoi ta sonde est utile.  [...] En gros (sauf dans des cas particuliers qui ne te concerne pas je pense), une electrophorese classique te permet de visualiser tous les fragment d'ADN (ta sonde ne sert à rien car elle ne se fixe sur rien). Un Southern blot te permet grâce à une sonde de visualiser uniquement des fragments ayant une séquence complémentaire à ta sonde (là, ta sonde est utile).  [...]

prédire digestion ADN DNAse1?

Je suis en essai d'un protocole de marquage de sonde. Pour ce faire, je dois digérer mon ADN Bac avec de la DNase 1. La seule information que j'ai c'est qu'il est suggéré d'utiliser 6ul de DNase 1 pour 1ug de BAC DNA de 100kb pendant 2 heures à 15 degrés C pour obtenir des fragments entre 300 et 700 bp).  [...] Pour optimiser l experience, tu peux fixer la quantite d ADN a digerer et utiliser differentes quantites de DNAse et differents temps de digestion et regarder ensuite quelle est la meilleur condition.  [...]

Banque d'ADN

Les banques d'ADNg ne permettent pas d'isoler de gènes en particulier, mais plutôt des fragments d'ADN, qu'on doit par la suite cribler.  [...] Maintenant, pour savoir si le gène X est présent dans cette banque et j'utilise une sonde ADN complémentaire au gène. Or, elle ne s'hybridera pas dans cette banque car le gène n'est présent que sous la forme de fragments.  [...]

[Biologie Moléculaire] Southern blot !!!

On veut donc que ce soit l'ADN de sperme de saumon, et non notre sonde, qui se fixe non spécifiquement à notre membrane, d'où cet ajout en quantité saturante.  [...] je ne crois pas que l'adn de saumon soit en quantité saturante. Il ne faut pas oublier que ton fragment d'intérêt a migré sur un gel, et est donc concentré sur une petite surface, ce qui n'est pas le cas de l'adn de sperme. Je seche un peu quand même parce que c'est plus vraiment une technique d'actualité.  [...]

sonde et enzyme de restriction

Bonsoir je me permets de demander une précision, a quoi sert la sonde dans l'interprétation du nombre de bandes sur le gel Après la digestion on garde du double brin, non Pourquoi la sonde s'hybridrait sur un fragment ou même les 2 Pour moi, même si la conclusion est identique, l'explication est différente.  [...] Si on coupe au milieu du fragment on a 2 ADN de même taille donc 1 seul bande après electrophorese et la sonde ne s'hybride à rien. Par contre si après l'electrophorese on fait un Southern, là la sonde intervient, elle s'hybride et allume les 2 fragments de même taille (donc 1 seule bande).  [...]

[Biochimie] Différence entre puce à ADN et sonde à ADN !

Une sonde à ADN est un fragment de nucléotides marqué (par un composé fluorescent, un radio-isotope ou une enzyme) que l'on utilise pour hybrider et détecter des séquences homologues, c'est-à-dire complémentaires.  [...] Une puce à ADN est un ensemble de sondes à ADN fixées en rangées ordonnées sur une petite surface.  [...]

[Biologie Moléculaire] Mutations et Southern Blot

Le southern est effectué pour analyser une partie du génome et ses modifications éventuelles. Il est fait avec de l'ADN génomique que l'on a fait digérer par EcoR1, et on a hybridation avec une sonde radioactive synthétisée par l'ADNc et on compare les distances de migration avec des fragments de tailles connues qui servent de marqueurs de taille.  [...] - l'EP me gène. Même s'il n'a pas de site EcoRI il peut perturber le site d'hybridation de ta sonde non Dans ce cas là tu auras un résultat négatif, qui se confond avec le résultat de la délétion du gène.  [...]

[Biologie Cellulaire] recherche recette de Loading Buffer et Protocols de RT-PCR semi quantitative

en effet tu peux a partir d'un thermocycleur quantifier tes ADNc. Sans vouloir faire de pub, certains fournisseurs proposent des thermocycleurs qui analysent a chaque cycle la fluorescence dans les puits. (Ce sont des thermocycleurs pour des plaques de 96 puits en general).   [...] Les possibilités de fluorescence sont le SYBR GREEN ou les sondes FAM-TAMRA. Le sybr green est un intercalent de l'ADN. Les sondes FAM-TAMRA sont des sondes avec un fluorescent et un agent quienscent (de part et d'autres de la sonde). lors de ta PCR les amorces vont amplifier ton fragment et la sonde presente entre des deux amorces va etre degradée ainsi le fluorescent est libéré et quantifié.  [...]