• Forum - Sonde, ADN, Fragment, Marque

[Biologie Moléculaire] ARN antisens à partir d'un fragment de gène

1) on fait une sonde ARN sens via une transcription localisée sur le fragment, à partir du brin matriciel non codant mais transcrit (pour peu qu'on arrive à limiter la transcription au fragment et pas au delà en aval).  [...] 2) on utilise une ARN polymérase sur la sonde sens néosynthétisée, en présence de dATP, dGTP, dUTP et dCTP* radioactif, pour synthétiser un brin anti sens complémentaire au brin arn sens, donc identique au brin non codant d'ADN (mais avec U au lieu de T), donc complémentaire au fragment ADN (et le brin anti sens sera marqué radioactivement via dCTP*).  [...]

Genes dans l'ADN

Ces séquences peuvent servir à retrouver le gène dans le génome. Le plus rapide c'est d'utiliser une RT-PCR à partir d'un homogénat de tissu qui l'exprime en protéine. On obtient alors un fragment de gène qui peut s'exprimer même chez une bactérie.  [...] on peut aussi utiliser - lorsqu'on connait le gène à trouver - un court fragment de ce gène (repérable grace à un marqueur radioactif) que l'on fait incuber avec l'ADN total de l'individu chez qui on cherche le gène. ce fragment, appelé sonde, se fixera de façon spécifique au gène à repérer et le révèlera grace à son marquage radioactif.  [...]

Sequence 5' pour un ADNc en Southern Blot

j'explique si la deuxiéme sonde utilisée est marqué à son extrémité 5' et puisqu'elle s'hybride avec le fragment 1.1 adnc et 4.1 dans l'adng.....je pense que la séquence du fragment 1.1 est comprise dans le frg 4.1 et donc ce dernier contient une partie exonique de 1.  [...] Je mettrais juste une précision. Rien ne prouve que ce fragment de 4.1 ne contient qu'un exon, ni qu'il contient uniquement la partie exonique reprise dans le fragment 1.1. Cela dépend de la sonde choisie.  [...]

[Biochimie] PCR & Southern Blot

PCR et Southern ne sont pas utiliser dans le même but mais ils peuvent être fait de façon complémentaire. Pour ce qui est de la révélation lors du southern effectivement la sonde doit être marqué (pas obligatoirement par radioactivité d'ailleurs). Pour la PCR les fragment amplifié sont visualiser après migration sur gel d'agarose contenant du BET (bromure d'ethidium), c'est une molecule qui s'intercale entre les base de l'ADN qui devient fluorescent sous UV.  [...] Si, si tu le fais migrer en même temps qu'un marqueur de poids moléculaire = mélange de fragments d'ADN de taille connue (cela peut être un ADN de ta collection digéré par des enzymes à ta convenance).  [...]

[Biologie Moléculaire] marquage de sonde à la DIG

j'ai préparé une sonde ADN marquée aux dUTP-DIG en utilisant la technique de random priming (avec des hexamers) avec le fragment de Klenow.  [...] Je me demandait pourquoi le fragment de Klenow et d'autre part est ce qu'il aurait été possible de fabriqué cette sonde par PCR avec une Taq polymérase classique.  [...]

[Biologie Moléculaire] l'hybridation d'une sonde

Une sonde est une séquence d'acides nucléiques qui est complémentaire à un brin d'ADN mono-caténaire que tu souhaites marquer. C'est à dire que les bases nucléiques de la sonde et celle de ton ADN d'intérêt sont complémentaires. (par exemple, chaque fois qu'il y aura un C dans ton ADN, il y aura un G dans ta sonde, et inversement...).  [...] Cependant, si tu as marqué la sonde sonde, par exemple à l'aide d'une molécule fluorescente, tu peux alors la visualiser (avec un microscope à fluorescence par exemple). Par ailleurs, étant donné que la sonde est fixée sur ton ADN d'intérêt, le fait de visualiser ta sonde te permet de visualiser ton ADN.  [...]

dot blot- southern blot

Le southern est une technique de mise en évidence d'une séquence d'ADN. Il suffit de faire migrer l'ADN sur gel d'agarose, ensuite on fait une migration sur membrane, puis une révélation avec une sonde marqué.  [...] Cette technique a été mis au point par monsieur Southern, par la suite, pour la recherche des ARN et des protéines, le northern et southern ont été mis au point, et le nom est donc une blague par rapport au nom de Southern.   [...]

[Biologie Moléculaire] Marqueurs dominants et codominants

quelque que soit la forme allélique tous les allèles sont visible pour que la sonde s'hybride à l'ADN de l'individu étudié on pourra donc distinguer l'hétérozygote de l'homozygote ce type de marqueur est dit codominant.  [...] on sait qu'une sonde s'hybride avec le fragment d'ADN possédant une séquence complémentaire à la sienne, par établissement des ponts hydrogène. (dans le cas des RFLP par exemple) comment est ce que certains allèles sont visible et d'autre non.  [...]

[Biologie Cellulaire] recherche recette de Loading Buffer et Protocols de RT-PCR semi quantitative

- Dans mon labo, Nous utilisons pour les Semi-quantitativ RT-PCR, le marquage classique avec l' Ethydium Bromide avec, après une petite photo une analyse tout aussi classique. mais j'aimerais peut etre passer à la fluorescence (Style FAM ou autres..) pour augmenter la précision.  [...] Les possibilités de fluorescence sont le SYBR GREEN ou les sondes FAM-TAMRA. Le sybr green est un intercalent de l'ADN. Les sondes FAM-TAMRA sont des sondes avec un fluorescent et un agent quienscent (de part et d'autres de la sonde). lors de ta PCR les amorces vont amplifier ton fragment et la sonde presente entre des deux amorces va etre degradée ainsi le fluorescent est libéré et quantifié.  [...]

[Biologie Moléculaire] Clonage

On a coupé l'ADNg avec BamHI et le sous fragment BamHI-BamHI qui confere la thermoresistance a des levures Ts ura- a été sous-cloné au site unique BamHI du vecteur YIp(sans origine de replication) qui contient le gene URA+ comme marqueur de selection.On recupere deux transformants URA3+,Tr1 et TR2,dont on extrait l'ADN.  [...] Cet ADN est digéré par BglII(le plasmide YIp ne contient pas le site BglII et le sousfragment BamHI-BamHI contient un site BglII).L'ADN digéré est analysé par Southern en utilisant comme sonde radioactive le fragment BanHI-BamHI d'une part et le plasmide YIp sans insert d'autre part.Voila les resultats de l'autoradiographie.  [...]