• Forum - Sites, Restrictions, Enzyme

Clivage par TaqI et HhaI

Si 2 sites de restrictions sont successifs, alors l'enzyme de restriction ne va pouvoir cliver qu'un site (au hasard..) entre les 2.  [...] Je souhaiterai savoir quel est l'intervalle min entre 2 sites de restrictions pour que l'enzyme coupe au niveau des 2 sites.  [...]

[Biologie Moléculaire] TP digestion ADN par enzymes de restriction par électrophorèse sur gel d'agarose

J'ai fais une extraction d'ADN puis je l'ai mis en présence d'enzyme de restriction ( c'est le TP basique avec les enzymes BamHI, EcoRI, HindIII) c'est de l'ADN de phage lambda cependant comment savoir si l'ADN a été digéré par élélectrophorèse sur gel d'agarose car j'observe plusieurs fragments mais je comprends pas trop si quelqu'un peut m'éclairer merci infiniment.  [...] Et ensuite en comparant les profils de restrictions de chaque enzyme et des combinaisons de plusieurs enzyme tu peux déduire comment les sites de restrictions se trouvent les uns par rapport aux autres sur ton ADN de phage du départ.  [...]

[Microbiologie] Taille de plasmide

Pour avoir la correspondance avec ton nombre de paires de bases (en bp, en kilobases (kb) ou en mégabases (kb)) et ensuite avec la taille de ton plasmide, il faut connaître le poids d'une paire de bases de ta molécule d'ADN. Il me semble qu'1pb correspond environ à 650-660Da.   [...] j-ai les enzyme de restriction BamHI,EcoRI et PstI,COMMENT SAVOIR ESQ CES ENZYMES ONT DES SITES DE RESTRICTIONS POUR LE PLASMIDE pGEM-T ET SI C-EST OUI COMBIEN DE SITE SVP DES REPENCES SONT LES BIENVENUE.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problèmes: Recombinaison d'un plasmide

Une fois ta PCR faite, tu digères tes fragments avec les 2 enzymes et pareils avec ton plasmide. Quand tu choisis tes sites il faut que tu vérifies l'ordre dans lequel les sites de restriction sont présents sur le plasmide. Dans notre cas, il faut que EcoR1 soit avant HindIII et le tout après le promoteur déjà présent sur le plasmide (sinon ton insertion se fera à l envers). Donc il faut que ton plasmide ait.  [...] Oui c'est ça. Par convention on utilise N pour signifier que cela peut-être n'importe quelle base. Ici j'ai mis 4N à côté des sites de restrictions mais cela peut varier suivant l'enzyme que tu utilises. Dans ton cas, ce n'est pas important je pense.  [...]

Problème lors de ligation

J'ai un plasmide pcDNA3 contenant un insert qui est situé entre deux sites de restrictions Xho I, je digère ce plasmide avec l'enzyme Xho I puis je fais migrer dans un gel TAE 1% avant de récupérer mon insert et mon plasmide ouvert ( grâce à un kit wizard).  [...] Je précise que j'ai vérifié qu'il n'y avais pas de conta dans la BSA ou le tampon on l'enzyme en réalisant un digestion sur un autre vecteur ou cela fonctionne.  [...]

TP biochimie: introduction aux méthodes utilisées en génie génétique

Après pour la carte plasmidique si tu sais par quelle enzyme tu fragmentes tes séquences je penses que tu peux retrouver la taille des fragments. Car si la carte plasmidique est comme une carte de génome généralement tu as des sites de restrictions dessus.  [...] ok alors sur tes 3 plasmides tu as un ou plusieurs sites de restriction à EcoRI c'est un site que va reconnaître ton enzyme EcoRI et va donc couper ton ADN plasmidique à cette endroit précisément. Tu connais la taille de tes plasmides en pb et tu sais sur quel pb se situe le site de restriction.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction de l'ADN et digestion enzymatique

Je suis actuellement en train de rédiger mon compte rendu de TP concernant une extraction d'ADN et une digestion enzymatique par 3 enzymes (EcoRI, BamHI et HindIII), en faisant le TP, notre professeur ne nous a pas vraiment expliqué, je dirais même qu'il n'a donner aucune information.  [...] Le but de ce TP est faire une carte de restriction et sur une pGlo carte j'ai pu identifier les sites de restrictions de chaque enzyme et faire la carte de restriction mais la chose qui me pose problème, c'est de tracer la courbe étalon à partir des deux électrophorèses.  [...]

[Biologie végétale] Compréhension d'un article sur les OGMs

Pour moi, pour générer un OGM, on devait ajouter ou utiliser des sites de restrictions déjà présent et cliver ces derniers par une enzyme de restriction (ER) d'une part dans le gène d'intérêt que l'on veut ajouter dans l'OGM et d'autre part dans le plasmide ou vecteur qui transportera ce gène d'intérêt.  [...] Et donc, une fois obtenu notre gène d'intérêt en surproduction et purifié, c'est celui là qu'on est censé reprendre en 2.4 pour la suite de l'analyse, sinon le 2.2 aurait été inutile Ensuite on reprend donc la séquence qu'on amplifie de nouveau en PCR pour y introduire de nouveaux sites de restriction et recréer un vecteur qui sera cette fois inséré dans le tabac par la technique leaf disk (si j'ai bien compris).  [...]

[Biochimie] Structure palindromique

En ce qui concerne les enzymes de restriction, elles reconnaissent les sites de restrictions. Ces sites ont une structure palindromique.  [...] On m'a dit en cours que c'était ton premier exemple que les enzyme de restriction reconnaissent. Ils se lient donc sur un brin ou sur l'autre sans distinction.  [...]

[Biologie Moléculaire] problème de primers

Une autre explication possible serait que vous ayez designé vos amorces sur une souche, puis testé vos amorces sur une autre. Parfois on ne peut pas faire autrement je suis totalement d'accord, mais on peut jouer de malchance et tomber sur une souche ayant des mutations dans l'une des deux zones.   [...] jongler. une fois que tu as cloné des sous-fragments il faut les réassocier c'est à dire trouver un jeu d'enzymes de restrictions adéquat (sites uniques).  [...]