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[Biochimie] Calculer la taille d'un fragment dans une carte de restriction

Dans ce cas, je reconstuirai le plasmide avec l'insert en indiquant les endroits possibles pour les différents sites de coupure. Ainsi tu pourras connaitre avec précision la coupure avec les deux.  [...] Du puits 2, tu vois que t'as deux sites de coupure ClaI dans ton plasmide + insert. Hors le plasmide seul n'en a qu'un. Conclusion, ton insert a aussi un site de coupure ClaI. Tu peux donc donner une position possible à ce site dans ton insert. Tu fais pareil avec PstI et ainsi tu pourras savoir la taille des différents fragments.  [...]

plasmide et BAMH1

Tu as un plasmide recombinant donc il possède le gène. Une fois qu'on l'a, on met l'enzyme Bam H I. Sur le plasmide recombinant il y a donc 3 sites de restriction Bam HI. celui du plasmide seul et les 2 du gène qui est dans le plasmide. Donc trois coupures.  [...] Il suffit maintenant de se rappeler que le plasmide est circulaire. Tu as un cercle (et pas une droite sinon ça fait 4 fragments) que tu coupes 3 fois =. tu obtiens trois fragments. un issu à 100% du gène inséré et les deux autres qui contiennent un bout du plasmide et un bout du gène inséré.  [...]

plasmide -digestion par enzymes de restriction

Il faut que tu regardes si tu as un sites ou plusieurs sites pour tes deux enzymes pour connaître le nombre de coupures potentielles dans le plasmide.  [...] Si tu digères XhoI/NcoI, la région entre 158 et 217 ne sera plus dans le plasmide. Comme tu connais les sites de coupure, tu peux ainsi deviner les extrémités du plasmides que ce soit en 5' et en 3'.  [...]

Enzyme de restriction

Et est ce qu'elle coupe l'ADN etrangé avec son site de restriction = son propre ADN.  [...] Je crois qu'il y a confusion. Comment vois-tu une enzyme de restriction Quelle action de l'enzyme de restriction regardes-t-on lorsqu'on effectue la carte de restriction d'un plasmide Pour information, ce qui est représenté sur une carte de restriction ce sont les sites de coupure par des enzymes de restriction, et non pas les enzymes de restriction elles-mêmes.  [...]

[Biochimie] Dégradation tag et protéase

Par exemple, dans la série des pGEX (plasmide GST), les plasmides pGEX T introduisent le site de coupure par la thrombine, les plasmides pGEX X introduisent le site de coupure par le facteur Xa et les plasmides pGEX P introduisent un site de coupure par la protéase presission (ca doit être une enzyme propriétaire ça).  [...] Pourquoi te compliquer a faire des fusions quand il suffit de controler l'expression de sspB sspB s'exprime vite et tres bien avec le plasmide decrit dans le papier mol. cel.  [...]

[Biochimie] Restriction bizarre

Je dirais donc que dans le puits 1 il y a les formes superenroulée (bande du bas) et circulaire relâchée (bande du haut) du plasmide. Avec BgIII il y a 2 coupures vu qu'on observe deux morceaux d'ADN, et avec PvuII il n'y a qu'une coupure et on obtient la forme linéaire du plasmide.  [...] ou bien vu que l'echantillon 4 ne semble exister qu'en forme linéaire, il est possible qu'avec PvuII, il n'y ai pas de coupure (si la coupure pour donner la forme linéaire a été faite au niveau du site de restriction que reconnait PvuII), ou alors 2 fragments et donc 2 bandes qui migrent plus loin que la simple forme linéaire du plasmide.  [...]

[Biochimie] Rechercher sites de restriction

Déjà connais-tu des programmes online permettant de trouver les sites des enzymes de restriction connues sur une séquence donnée Quelle peut être l'utilité du programme que tu décris, s'il existe (ce qui m'étonnerait beaucoup).  [...] En revanche, tu peux trouver une bonne vidéo montrant la coupure d'un plasmide par une enzyme de restriction, puis le collage par une DNA ligase des deux extrémités d'un insert dans ce plasmide clivé. http.//www.youtube.com/watchv=aA5fyWJh5S0. Si tu maitrises les logiciels vidéos, tu peux extraire uniquement la coupure par l'enzyme pour ton projet.  [...]

[Génétique] Intégration ADNc

Maintenant si tu coupes les deux bouts avec la même enzyme, tu auras des deux côtés les mêmes sites donc ton brin pourra s'insérer dans n'importe quel sens. En coupant avec deux enzymes, on a un site spécifique pour chacun des bouts, on peut donc décider dans quel sens sera intégré le morceau d'ADN dans le plasmide.  [...] Même si tu peux aussi couper ton plasmide avec une ou 2 autres enzymes qui génèrent des extremités cohésives compatibles avec celles de ton insert. C'est-à-dire que tu peux avoir un site de restriction reconnu par une enzyme différente mais une fois la coupure faite, l'extremité genérée est compatible avec celle de ton enzyme.  [...]

[Biologie Moléculaire] Enzyme de restriction

Alors j'ai un plasmide qui fait 5858 paires de base et on nous dit que l'enzyme de restriction EcoR1 coupe a 1,a 948 et a 1582.On me demande de calculer la taille des fragments obtenus apres digestion du plasmide par EcoR1.Je me demande s'il faut soustraire a chaque fois du nombre total de paires de base du plasmide,le nombre de paires de base que coupe EcoR1Sachant que j'obtiens 3 fragments pour ce plasmide si je ne me trompe pas.  [...] L'idée est que tous les fragments ne sont pas nécessairement coupés. Par exemple si le site en position 1 n'est pas coupé alors vous aurez la configuration que je décrivais dans mon précédent message.  [...]

[Génétique] Enzyme de restriction, vecteurs

Le petit chiffre est la position du site de coupure par l'enzyme de restriction. On commence à numéroter les bases arbitraitrement à partir d'une certaine position (ici il semblerait qu'on commence à numéroter à partir du début de la partie codant la résistance à la tétracycline), et on fait le tour du plasmide en numérotant les bases.  [...] Pour compléter on peut dire que les sites présents sur cette carte sont les sites de restriction uniques du plasmide mais il doit en contenir plein d'autre. Tu pourras trouver plus de renseignements sur lifelab plasmid database si tu veux.  [...]