• Forum - Site, Séquence, Acides aminés, Automatique, ADN

cherche site séquences acides aminés

je ne trouve plus l'adresse du site qui me permettrait de trouver la séquence en acides aminés de façon automatique a partir de ma séquence ADN.  [...] Je ne connais pas de site dédié à ça, mais néanmoins je connais Anagène, un logiciel qui fait ce que tu demandes et bien plus.  [...]

[Divers] La Vie sous une forme différente, dans des conditions différentes?

.. Avec le progrès du séquençage (qui a reçu un coup de fouet grâce au projet Génome Humain) de ces génomes, on parvient à extraire de façon automatique ou semi-automatique (dépendant des bases de données), des séquences d'acides aminés correspondants à des protéines (séquences vérifiées par la suite).  [...] En 1972, on connaissait 1770 réactions différentes catalysées par des enzymes (voir le site du NC-IUBMB ). En janvier 2012, on en connaissait 4585 différentes (voir le site de la classification MACiE ). On ne connaît la séquence d'acides aminés des enzymes impliquées que pour 2828 (61,7%) d'entre elles et parmi ces enzymes dont on connaît la séquence, seules 1776 (38,7%) de ces réactions ont également les structures cristallines des enzymes référencées.  [...]

[Génétique] Sequençage d'ADN

Ensuite, le fluorophore est clivé et une nouvelle base est ajoutée, etc... jusqu'à avoir synthétisé tout le brin complémentaire de chaque fragment. Pour chaque paquet, tu auras une séquence de couleur. bleu-vert-jaune-jaune-rouge..., qui sera transformée en séquence nucléotidique GCTTA.  [...] La deuxième phase, est la phase qui permet de séquencer les fragments. Certes l'ADN y est aussi amplifié, mais c'est n'est pas le but. Au début de cette phase, on ajoute seulement un type de primers, des dNTP et la polymérase. Les dNTP ont tous un fluorofore sur leur sucre, qui empêche l'ajout d'un autre nucléotide lors de la réplication.  [...]

extraction phénol chloroforme

Dernier point de comparaison, qui n'engage que moi, quand on fait un protocole manuel, généralement, on sait ce qu'on fait, pourquoi, on reflechit un peu et une erreur peut etre rattrapable. Pour les kits, le protocole consite souvent à faire passer des sauces A B ou C sur une colonne/filtre, cela est (parait) facile et on a vite fait d'intervertir 2 sauces ou de jeter l'ADN.  [...] Personnellement pour mes minipreps j'utilise le kit wizard+ qui marche tres bien et me donne un ADN de qualité sufisante pour faire du sequençage automatique derriere. Le prix est d'environ 1euro par miniprep ce qui n'est pas si cher que ca.  [...]

Traitement de SIDA

Je suis entrain de lire le brevet. Je ne pas encore tout compris, mais en gros. - ils utilisent le champs magnétique et ensuite, ils ont trouvé la fréquence de résonance de virus (certains de ces protéines). En état de résonance le protéine est détruit et le virus - avec.   [...] je suis allez voir le site par curiosité. Je recommande la lecture de la version anglaise plus simple a lire vu le nombre de fautes dans la version francaise (qui semble provenir d'un traduteur automatique).  [...]

[Biologie Moléculaire] Bio-info BLAST

En gros, j'ai des Expressed Sequence Tags moutons (qques centaines), que je voudrais blaster de manière automatique chez l'homme, afin d'avoir en retour, en tableau, une colonne avec le transcrit avec le plus haut score de blast, et une colonne avec le query coverage, et enfin une colonne de max identity.  [...] * avoir installé la banque de données à indexer et le BLAST sur sa machine OU savoir créer un script qui interrogera la banque de données via l'interface web fournie (celle du NCBI en l'occurrence) et qui téléchargera les résultats pour les traiter ensuite.   [...]

Une technique de séquençage simple

J'aurai aussi proposé la méthode de Sanger, ou celle de séquençage automatique, basée sur le même principe mais qui utilise des marqueurs fluorescents au lieu des marqueurs radioactifs.  [...] Cette technique est totalement artificielle, elle ne sert qu'au séquençage des génomes. Toutes ces réaction se font dans des appareils (séquenceur automatique) et ne sont absolument pas lié au vieillissement cellulaire.  [...]

biologie moléculaire;etude de fragments

Et en ce qui concerne mes recherches, mon sujet porte sur l'étude d'un article sur la QF-PCR (quantitative fluorescence polymerase chain reaction) mais je m'intéresse a toutes les techniques de biologie et j'aimerais discuter avec quelqu'un qui utilise un appareil de séquençage et étude de fragment. Merci.  [...] apres la pcr classique en utilisant des sondes fluorescentes on passe le produit de la pcr dans un Séquenceur et l'analyse des pics obtenues(surface) montre si il y'a l'anomalie ou non.  [...]

Quel Logiciel l'alignment Mutiple des séquences ?

Juste une petite question sur les logiciels d'alignement multiples des séquense. Je dois faire des alignements mais, je ne sais pas quel logiciel qui donne le meilleur résultat.. Qu'est ce que vous pouvez me conseiller.  [...] En tout cas il faut toujours inspecter manuellement un alignement automatique. ClustalW est par exemple très mauvais pour résoudre les séquences avec beaucoup d'insertions/délétions et il faut souvent reprendre l'alignement manuellement.  [...]

[Biologie Moléculaire] Microsatellite genemapper

Je dépose ceci sur un séquenceur automatique avec un marqueur de taille fluorescent. Les résultats apparaissent sous forme de pics de fluorenscence en fonction de la taille sur un logiciel qui s'appelle genemapper.  [...] du coup je me suis dis il faut que je connaisse le nombre de répétition de CA donc peut être faire du séquençage directement et la je fais le séquençage et c'est super difficile. enfin si vous voulez je connais exactement le nombre de répétition pour un alléle mais pas pour l'autre alléle car l'hétérozygotie est difficile à voir sur la séquence et j'arrive pas vraiment à compter surtout que certains patients pour certains marqueurs on à un nombre de répétition pas trés différent.  [...]