• Forum - Site, Liaison, Substrat

[Biologie Moléculaire] Site actif d'un enzyme.

les substrats chargés négativement ne pourront pas rentrer (répulsion electrostatique). De meme, si le substrat est chargé positivement mais trop gros, il ne pourra pas rentrer. C'est çà la spécificité du site de liaison.  [...] La transformation catalysée par l'enzyme et le substrat utilisé dépendent donc de la nature du site de liaison ET du site de catalyse. En un mot. du site actif.  [...]

Déterminer état de dimérisation d'une protéine

La seule chose qui me vient en tête c'est un titrage calorimétrique isotherme, mais en général c'est plus pour observer la liaison de substrat dans un site de liaison du coup j'ai des doutes.  [...] En gros tu as tes deux protéines liées par liaisons faibles, le plus simple c'est de les lier de manière covalente par XXX (j'ai oublié...) et après tu digère par enzymes et tu analyses par spectro de masse les fragments (MS puis MS/MS pour avoir la séquence) puis à la main ou par bio info tu aligne les sequences et tu peux retrouver quelle partie va ou, c'est pas hyper précis mais au moins tu connait les protagonistes et tu a une idée générale des zones d'interraction ou de non interraction.  [...]

enzymes

Les enzymes allostériques sont souvent sous forme de dimères, trimères, etc (homo ou hétéro). L'activation d'un site allostérique par un effecteur entraîne un changement de conformation des autres sites, situés sur une autre sous-unité. Ce changement favorise la liaison du site actif à son substrat.  [...] Quand on ne parle pas d'allostérie, il n'y a tout simplement pas de ces sites modulateurs.  [...]

Métabolisme du glucose : nb de H, nb de NADH,H+ et nb FADH2 - Page 2

Une analyse cinétique détaillée du transport de monocarboxylate dans les érythrocytes a révélé que MCT1 opérait par un mécanisme ordonné. MCT1 a un site de liaison de substrat ouvert à la matrice extracellulaire qui se lie d'abord à un proton, suivi de l'anion lactate.  [...] - des substrats énergétiques (glucose, glycogène, lipides, lactates,..), cela pour tenter de comprendre et pour tenter d'élucider certains paradoxes observés lors du projet Faster (ça, c'est de la curiosité et de la satisfaction d'avoir peut-être trouvé les explications de ces paradoxes).  [...]

DNAses, pourquoi spécifique aux ADN?

Et dans la formation du complexe enzyme-substrat, il n'y a pas que la structure du site ou se déroule la réaction qui compte (ici la liaison PDE), dans notre exemple la seule présence du groupe hydroxy sur le ribose peut faire la différence.  [...] Comme les jouets pour enfants ou on ne peut pas mettre le carré dans le trou rond, sauf que c'est à un niveau bien plus fin.   [...]

comment agit l ATP??

La réalisation d'une réaction chimique nécessite de passer une certaine barrière énergétique. Typiquement un enzyme lie une ouplusieurs molécule d'ATP et son substrat, va ensuite casser la liaison entre le dernier phosphate et le le second de l'ATP. Libérant ainsi l'énergie nécessaire à la réalisation de la réaction chimique.  [...] 1) Une enzyme se lie à son substrat et de fait change de conformation. un deuxième site de liaison spécifique à l'ATP devient ainsi accessible.  [...]

[Biochimie] enzymologie

non mais un co-facteur retrouve son etats initial tandis que le substrat se transforme en produit et d'ailleur un co-facteur ne se lie pas sur un site actif de liaison avec le substrat donc j pense que c'est tout à fait différent.  [...] Ca je sais bien, mais les cofacteurs peuvent se lier sur un site tellement proche qu'un échange est possible avec le substrat. Après je ne saispas pour la question que tu as posé... mais le cofacteur peut ne pas se retrouver dans son état initial. Il se retrouvera dans son état initial par la suite.  [...]

[Biochimie] enzymologie

-une autre question s'agit de l'inhibition compétitive, les 2 sites de fixation de substrat et d'ihnibiteur presente une analogie structurale, et il ya un seul site actif de fixation soit il est occupé par l'I ou le Sub, mais en regardant les model de fixation des 2 ligants on trouve parmis eux celui d'encombrement stérique.  [...] la liaison de l'inhib à l'enzyme libre sur un site prés du site actif, peut empecher la liason du subs par encombrement stérique, ou bien à un site éloigné du site actif induit un chagement de l'enzyme ce qui empeche la fixation du substrat.  [...]

[Biochimie] Immunoblotting, anticorps

Ainsi, ils font plusieurs expérience sur l'activité enzymatique, pour arriver aux conclusions qu'il n'y a pas de ponts disulfides et que finalement si on les mute en alanine il n'y a pas de baisse de l'activité enzymatique et si on ajoute des agents chimiques modifiant les thiols, alors une seule cystéine provoque une baisse de l'activité (donc supposition que cette cystéine est proche du site de liaison au substrat, et qu'il y a encombrement stérique quand agent chimique NEM est lié à cette cystéine).  [...] parce que dans l article ils trouvent finalement qu une des cysteines se trouve proche du site actif (par déduction car quand un groupe se lie au thiol il y a baisse de l activité enzymatique sûrement par obstruction stérique...).  [...]

[Biochimie] formulation inconnue

Je ne pense pas puisque l'ordre ne correspond pas. en français boite de destruction (BD) mais en anglais destruction box (DB). En revanche je rejoint l'idée de piwi puisque les kinases possèdent un domaine de liaison au substrat, et un domaine catalytique portant l'activité kinase.  [...] Les CDK portent l'activité kinase, les cyclines portent le domaine de liaison au substrat (binding domain), l'association des deux permet la formation d'une kinase fonctionnelle. En faisant une recherche sur un site de bioinformatique comme prodom ou autres (je ne les ai pas tous en tête, mais une recherche à partir d'Expasy devrait te donner de bonnes pistes) te permettra de connaitre les noms des différents domaines de cette cycline.  [...]