• Forum - Site, Fixation, Protéine

Au secours la RMN va finir par m'achever...

guil,juste une petite précision... pourrais tu me dire si à partir de ces spectres, on peut identifier le site de fixation du ligand sur la protéineJe précise. en cours, on nous a montré 2 spectres, 1 de la protéine et un protéine + ligand saturés, et on voit effectivement certains pics correspondant à la protéine seule et donc par déduction les autres pics observés sont ceux du ligand, mais peut on à partir de ces deux enregistrements préciser le site de fixation du ligand sur la protéine.  [...] Par contre le % de saturation des noyaux du ligand varie, selon son interaction avec la protéine, le transfert de saturation va être plus ou moins fort. Tu peux ainsi avoir une idée quel motif du ligand est au contact avec la protéine, mais pas d'informations spatiales sur le site de fixation protéique.  [...]

Interaction ligand-protéine

En enzymologie que veulent dire les notions de sites équivalents et indépendants.  [...] Cela veut dire que la fixation d'un ligand sur un site de fixation d'une protéine en comportant plusieurs ne modifie pas la fixation d'autres ligands sur les sites de fixation voisins.  [...]

[Génétique] Retard sur gel

Donc en gros si tu as un systeme purifie ADN + proteine pure, tu as une bande si aucune fixation (ou fixation hyper forte et tout l'ADN est retarde), une ou deux bandes si tu as au moins un site de fixation de ta proteine. Attention, tu peux avoir plusieurs sites de fixations et seulement 2 bandes voire une seule (par exemple si l'affinite est si grande que tu ne peux voir les etats intermediaires).  [...] en fait ici j'ai 2 sites de fixation sur l'adn c'est cela la méme protéine peux donc se fixer sur 2 sites différent sur l'adn ( à méme ou différente affinité bien sur).  [...]

BIOCHIMIE : VRAI-FAUX glucides et enzymes

Certaines enzymes possèdent une structure quaternaire. comme toute protéine une enzyme peut être sous différentes structures dont la structure quaternaire.  [...] L'allostérie est un mode de régulation des enzymes par lequel la fixation d'une molécule effectrice en un site modifie les conditions de fixation d'une autre molécule, en un autre site distant de la protéine.  [...]

[Biologie Cellulaire] question sur les séquences consensus

Par exemple. les sites de fixation d'une protéine. Si il est établie qu'une protéine peut se fixer sur plusieurs séquences d'ADN différentes mais proches, il est possible d'écrire une séquence type. Ainsi, si l'on veut savoir si nos séquences d'intérêt possède le site de fixation pour cette protéine, c'est une séquence consensus que l'on cherche.  [...] Xylem, la séquence dite Shine-Dalgarno est un motif ARN reconnu par l'ARN16s du ribosome chez les procaryotes. Elle participe donc à l'initiation de la TRADUCTION pour de nombreux gènes bactériens.   [...]

[Biochimie] Compréhension cours - Interactions Protéines-Ligands

Voila, je suis étudiant en L3 Microbiologie et nous faisons en Biochimie un cours sur les interactions protéines-ligands.  [...] Dans le cas du modèle. 1 protéine avec 1 seul site de fixation pour le(s) ligand(s).  [...]

[Biochimie] Etude des partenaires protéiques : Co-Immunoprécipitation, Tap-Tag et double hybride

La protéine dont je devrait étudier les partenaires provient d'un procaryote et possède un signal peptide de localisation périplasmique. Je dois donc faire une protéine recombinante du côté C-Terminal, puisque la séquence sera clivée. Cela est-il possible.  [...] co-immunoprécipitation. technique in vivo donc c'est bien, il y a le problème des anticorps qui peuvent en effet prendre un site de fixation d'un partenaire de la protéine.  [...]

Immunoprécipitation de la chromatine

Le protocole donné est. extraction de l'ADN depuis la cellule puis isolation de la chromatine que l'on souhaite- on retire les protéines fixées dessus puis on séquence l'adn.  [...] La ChIP permet d'identifier le site de fixation d'une protéine sur l'ADN. Il faut posséder l'anticorps spécifique de la protéine qui t'intéresse (ou alors exprimer une protéine taggée dans ta cellule et avoir un anticorps anti-tag). Donc tu extrais les complexes ADN/protéines des cellules, tu les découpes en courts fragments (qq centaines de paires de bases par exemple pour commencer) tu incubes avec ton anticorps.  [...]

[Biochimie] L3 Science du vivant: utilisation du dimethylsulfate footprinting

Voila mon problème,je dois étudier une publication pour l'école. Dans cette publi ils étudient un gel de footprintiing sur un arn messager avec ou sans la protéine. Ils utilisent le DMS pour localiser le site de fixation de la protéine. Mais je croyais que dans un footprinting, lorsque l'on observe pas de bandes c'est que l'arn est protégé par la protéine.  [...] Alors que dans la publi ils disent que les bandes observé après traitement au DMS correspondent aux bases protégées par la protéine. Je ne sais pas si j'ai été claire, mais si quelqu'un pouvait m'expliquer l'utilisation du DMS dans le footprinting cela m'aiderai beaucoup.  [...]

[Biochimie] Expression protéique

Ce que je veux dire, c'est qu'un ARN qui ne contient que la région codante de ta protéine ne donnera pas de protéine. Il faut un site de fixation du ribosome, des éléments de régulation, etc. La régulation a lieu au moment de la transcription, de la stabilité du messager mais aussi lors de la traduction.  [...] Dans les deux derniers cas, la situation peut etre rattrapable en bactérie. Si ce qui t'intéresse, c'est de produire la protéine pour l'utiliser ensuite dans diverses manipes, passe en E. Coli et privilégie la souche Rosetta qui est particulièrement adaptée à ce genre de cas.  [...]