• Forum - Séquences, Zones, Enzyme

[Biochimie] Enzyme EcoR1 : Fonctionnement ?

Bonjour, j'ai un devoir à faire dans lequel je dois dessiner des séquences de zones de coupures qu'un Enzyme EcoR1 réalise (en ayant pour base des séquences ADN).  [...] Mais je ne comprends pas le fonctionnement de l'Enzyme EcoR1, je ne comprends pas comment il fait les séquences. Je ne peux donc pas faire l'exo demandé... x_x.  [...]

[Divers] Mort d'une cellule

Il est évident qu'une cellule appartenant à un organisme intérragit avec ses voisines et je ne sais pas quelles seront les conséquences du fait de l'en séparer.  [...] la mort des cellules est programées dans les zones situées aux extrémités des chromosomes ( les télomères ). A chaque division cellulaire il y a un raccourcicement de ces zones, qui est compensé par les enzymes dont tu parlais ( les télomérases ) qui ajoute des séquences répétitives sur les télomères, cependant au bout de 30 ou 40 divisions en moyenne cette activitée est stoppée et la cellule ne peut plus se diviser.  [...]

[Biologie Cellulaire] détoxification par le reticulum endoplasmique lisse

L'hydroxylation se fait grace à une enzyme. cytochrome P450 contenue dans les zones de détoxification.  [...] Ma question est donc la suivante, si cette enzyme permet l'hydroxylation et qu'elle se trouve dans les zones de détoxyfication, comment les produits toxiques arrivent ils jusqu'à ces organes puisqu'ils doivent etre hydroxylés pour les atteindre.  [...]

[Biologie Moléculaire] Design de primer pour qRT-PCR sybr green

Perso quand je designe des amorces, je fais d'abord un alignement de séquences, avec des séquences de ce que je veux amplifier et des séquences suceptibles de se trouver en compétition dans mon échantillon, et je cherche des zones avec des séquences différentes.  [...] Vous entrez la référence NI de votre gène, vous choisissez la taille de l'amplicon (entre 100 et 300 pb), vous cochez l'option les primers sont séparés par au moins un exon (très important pour la qPCR). Vous choisissez l'organisme et c'est parti. Le programme cherche la séquence et repère les exons et les introns, envoie le transcrit dans primer3.  [...]

Déterminer état de dimérisation d'une protéine

Dans les techniques courants d'analyse biochimique (je termine un master en chimie, donc mes connaissances dans ce domaine sont limitées) je ne vois pas ce qui pourrait donner cette info... Une SDS dénaturant la protéine ne peut donner cette info. Une masse spectre donne des ions moléculaires, mais dans le cas de protéine les liaisons inter-protéine sont conservées J'ai des doutes.   [...] En gros tu as tes deux protéines liées par liaisons faibles, le plus simple c'est de les lier de manière covalente par XXX (j'ai oublié...) et après tu digère par enzymes et tu analyses par spectro de masse les fragments (MS puis MS/MS pour avoir la séquence) puis à la main ou par bio info tu aligne les sequences et tu peux retrouver quelle partie va ou, c'est pas hyper précis mais au moins tu connait les protagonistes et tu a une idée générale des zones d'interraction ou de non interraction.  [...]

Question métier ?

Si vous pouviez me faire partager vos expériences j'en serai ravie, de plus, les étudiants ayant fait des stages dans des domaines du même genre peuvent aussi me donner leurs impressions. Je suis curieuse aussi de ce côté là.   [...] - collecte des séquences du gène chez différentes espèces, alignement et comparaison. détermination des zones conservées. réalisation d'arbre phylogénétique. determination du rôle des zones conservées et non conservées. listage des conséquences déjà observées.  [...]

[Microbiologie] Lactobacillus casei subsp. pseudoplantarum

Je te laisse faire le tri de tes séquences mais apparement, sur 138 pb il semblerait que le16s suffise (98% de similitude avec la sous espèces casei, test réalisé sur une séquence, http.//www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AF097705.1 ).  [...] Je te laisse t'amuser avec les séquences, tu peux utiliser clustalx pour repérer des zones nucléotidique spécifiques de ta bête, bon courage.  [...]

[évolution] intelligence dans l'évolution

Un autre element par rapport a la posture verticale de l'homme. on a aussi montre que certaines zones du cerveau utilisees dans le langage etaient aussi utilisees dans la planification et l'execution d'actions complexes (ou plutot de sequences d'actions). Ces sequences d'actions necessiteraient en quelques sortes des capacites d'agencement temporel des actions assez similaire aux systemes syntaxiques utilises dans le langage.  [...] La difficulte ici etant de dire si le langage favorise la mise en place de sequences d'actions complexes ou bien si c'est l'inverse qui se passe. La reponse doit plutot se situer vers une forme de coevolution des 2 capacites.  [...]

[Génétique] Saut sur le chromosome

De ce que j'en comprend, on design des amorces chargées de recouvrir de longues séquences répétitives sur le morceau d'ADN circularisé. Reste plus qu'à effecture un arpentage (et non une marche ) de séquence/chromosome à partir des zones libres.  [...] On doit couper notre ADN pour obtenir des séquences pas trop petites, et on sélectionne celles d'environ 100kb (électrophorèse). On supprime la partie centrale de ces segments puis on clone ensuite les extrémités de ce segment via un plasmide qui contient un gène suppresseur (VS les extrémités non recollées).  [...]

Ogm

2- en voyant toutes les techniques de transgénèse, (microinjection, incubation avec de l'adn, biolistique...) j'en déduis que l'intégration du transgène est aléatoire ou non ciblée, cela n'a - t il pas de conséquences graves par ex inactivation d'un gène fonctionnel.  [...] Quant au site d'insersion, il est considere en general comme aleatoire pour les techniques classiques (pas en recombinaison homologue par exemple). Quoi que je ne suis pas certain que toutes les zones d'ADN soient egalement succeptible (sequences particulieres, structure secondaire...).  [...]