• Forum - Séquences, Structures, ARN

[Biochimie] Arn

Rien n'empêche physiquement l'ARN de former des homodimères (ARN/ARN) ou des hétérodimères (ARN/ADN), c'est même un processus courant indispensable à certaines fonctions biologiques.  [...] Les ARN de transfert ou ribosomiques prennent par exemple des structures 3D indispensables à leur fonction grâce à des séquences palindromes permettant la formation de structures double-brin.  [...]

[Biologie Moléculaire] Anticorps anti-ARN?

Cela fait un petit moment que je cherche des informations sur les anticorps (AC) dirigés contre l'ARN, et j'ai du mal a trouver ce qui m'intéresse... Savez-vous s'il existe des AC qui ciblent des séquences ou structures spécifiques d'ARN Si vous savez également ou je peux trouver des infos sur comment ont produits des AC contre les méthyl-cytosines de l'ADN, ça me serait très utile.  [...] Pour l'instant ce n'est qu'une simple réflexion, l'idée étant de détecter des structures particulières des ARNm telles que les IRES, où bien des modifications chimiques des ARN (méthylations ou pseudouridylations). Comme cela existe pour l'ADN (anticorps anti méthyl-cytosine), je me demande si c'est le cas pour l'ARN, mais apparemment il n'y a pas d'AC commerciaux.  [...]

Gene dans une sous unité ?

Attention. qu'on obtienne la même séquence en acides aminés à partir de deux gènes n'implique par qu'on aura la même conformation finale. Du fait que certains codons sont plus rares que d'autres, le repliement causé par le temps de synthèse va aussi varier.  [...] Par contre il existe aussi des structures poly-protéiques comme le ribosome, lequel se compose de plusieurs séquences protéiques agencées ensembles autour des séquences ARNr.  [...]

[Biochimie] Structure secondaire ARN

J'aimerais savoir si il y a une technique afin de connaitre les structures secondaire que va adopter l'ARN (tête d'épingle, bulge etc...) juste avec la séquence de nucléotides de cet ARN. J'ai repris un exemple d'une annale de mon prof, mais je ne sais pas comment trouver la bonne réponse.  [...] on peut s'amuser avec des logiciels de prédiction de structure secondaire, qui eux testent les conformations les plus stables.  [...]

[Evolution] Molécules homologues

Les structures 3D sont beaucoup moins variables que les séquences et je crois que la dernière classification des différents types de structures (hélices, feuillets, tonneaux) et groupes de structures fait état d'une diversité d'environ 600 éléments. Donc en gros beaucoup de protéines vont avoir la même structure sans avoir la même fonction donc dire que deux protéines ayant une homologie de structure sont homologues me choque car pour moi la véritable homologie est avant tout fonctionnelle (et c'est pour cette raison que j'approuve complètement la deuxième partie de ta phrase sur les domaines, car toujours selon moi c'est le domaine qui fait la fonction peut-être avant la structure même si les deux sont importants).  [...] Beh... il n'y a qu'une definition de l'homologie. provenant du meme ancetre commun. Sachant que c'est une sequence qui donne une structure, on peut faire un raisonnement inverse. si j'ai des structures similaires, il se peut que les sequences soient homologues.  [...]

[Biochimie] recombineering...

Par contre l'idée d'utiliser une séquence IRES semble plausible, se système existant bien chez les droso (voir Pubmed. drosophila ires). Tu pourra tester ta construction chez la levure ou autre culture cellulaire avant de te lancer, pour voir si ton rapporteur est bien traduit.  [...] je ne connais pas la proportions d'ARN qui n'ont pas ces structures, mais je pense que je vais partir du principe que mon ARN les contient, et je vais juste mettre une séquence kozak bien placée avant le rapporteur peut être, mais des gars de mon labo me disent que c'est pas la peine, car parfois ça fonctionne sans.  [...]

ADN

La question de savoir si les virus sont réellement vivants ouvre un sujet inépuisable. En tous cas ce sont des structures trop à part pour qu'on en tire la conclusion que tu évoques. Par contre il y a des indices sérieux pour que la vie ait largement utilisé les ARN à ses débuts, puis ait ensuite sélectionné l'ADN comme support de l'information génétique. Les 2 indices les plus forts sont.  [...] L'ARNr par exemple est retrouvé avec de nombreuses structures secondaires et tertiaires dans la cellule, stabilisé dans une conformation définie. Il possède des extrémités 2'OH qui peuvent expliquer sa réactivité plus forte que l'ADN. Donc à priori il n'y avait aucune raison pour que l'ARN n'ait pas d'activité enzymatique.  [...]

arrêt de la transcription

Lors de la terminaison, les structures secondaires (tige-boucle) de l'ARNm déstabilisent l'ARN polymérase. le complexe core-enzyme se détache et la transcription est terminée.  [...] Oui, quand l'ARN pol arrive au site de terminaison il y a formation de cette structure. Il y a un autre type de terminaison également, qu'on appelle Rho-dépendante (ici c'est une Rho-indépendante = directe ), avec intervention de l'hélicase Rho.  [...]

ADN / ARN / nucléotides

j'oubliais, je ne sais pas pourquoi tu cherche ces valeurs, mais si c'est pour des questions d'accessibilité ou d'interaction AN - autres choses, je te conseil vivement de voir si t'a pas des spécialistes de structure ADN/ARN quelque part dans les autres labo pour te renseigner.  [...] Car je suis pas spécialsite, mais les structures de l'ARN ne se résume pas a cette hélice standard et c'est assez complexe. En tout cas mes nombreux cours sur la question l'an dernier l'était.  [...]

[Biochimie] Protein database

Il me faut généralement écumer un grand nombre d'articles ayant traité du sujet avant de trouver la réponse qui me convient.   [...] Uniprot, qui recense à la fois les prédictions protéiques à partir des séquences génomiques d'ensembl (trEMBL), et les séquences / structures protéiques élucidées expérimentalement (RMN, cristallo).  [...]