• Forum - Séquences, Site, Hybridation

[Biologie Moléculaire] A Propos De BioEdit !

Je Voulais savoir comment pourrais-je visualiser les sites d'hybridation des amorces après alignement des séquences grâce au logiciel Bioedit.  [...] Si j'ai bien compris ce que tu demandes, il te suffit d'aligner la séquences de tes amorces (ou le reverse complément) avec les séquences et tu auras le site d'hybridation.  [...]

[Biologie Moléculaire] Pcr 16s ADNr qui présente des hybridations non spécifiques!

Tu peux aussi réduire le temps de l'hybridation et de l'élongation, plus ceux ci sont longs plus les amorces pourront se fixer sur des sites sensiblement équivalents aux séquences d'intérêt. Un bond de 10°C... c'est quand même énorme, le mieux est de disposer d'un thermocycleur pouvant faire des gradients sur la plaque, mais bon, il faut qu'il soit quand même récent.  [...] J'ai déja eut le ca quand j'ai voulu sequencer l'ADN codant pour l'ARN 16s avec des bandes plus petites et plus grandes. Pas d'affolement aux séquencage il je n'ai pas eut de problèmes (peut etre un ou deux séquancage de pourrie sur 450). Oublie pas qu'il peux y avoir plusieurs copies du 16s dans ton génome.  [...]

Biologie moléculaire - Stringence

Dans un milieu peu stringent, on va favoriser les hybridations non spécifiques, en plus des hybridations spécifiques bien sur... mais cela peut générer beaucoup de bruit de fond. En fait, à faible stringence, on va permettre l'hybridation des brins qui n'ont pas un pourcentage d'identité élevé donc des hybridations entre des séquences plus ou moins différentes.  [...] En augmentant la stringence du tampon ou alors en augmentant la température utilisée lors de l'hybridation, on va sélectionner les hybridations entre les séquences qui ont un fort pourcentage d'identité. En effet, ces dernières pourront réaliser des interactions hydrogènes plus fortes sur l'ensemble de l'hybridation et donc l'hybridation sera plus stable dans un tampon stringent ou à haute température.  [...]

diagnostic prénatal technique

Tu ajoutes une sonde pour visualiser l'hybridation et la non hybridation. Et tu as ton résultat. Normalement, si ton sujet est sain, toute ta puce est hybridé (sauf pour une série de contrôle). Avec ton sujet malade, tu vas identifié quelques séquences non ou mal hybridé.  [...] EDIT. je réctifie, après relecture, il est généralement déposé sur la puce les séquences codantes ou hautement conservés entre individus (avec la possibilité d'avoir plusieurs copies légèrement différente d'un même gène - variation naturelle).  [...]

[Génétique] clonage orienté ou non

En fait, ma question était de savoir comment faire si l'enzyme B (pour reprendre la nomenclature ci-dessus) n'a pas de site de restriction au sein de la séquence de l'insert.  [...] Le créer par PCR est une très bonne idée, mais il y a plus simple. C'est pour cette raison que j'ai parlé de plusieurs enzymes de restriction. En effet, si l'on regarde bien, il y a des enzymes qui clivent des séquences semblables, du genre BglII et BamHI. 5'A^GATCT3' et 5'G^GATCC3', respectivement.  [...]

[Biologie Moléculaire] méthode et résultats microarray

- et enfin, une amie m'a parlé d'une de ses expériences où elle avait obtenues d'énoooormes traces de bruit de fond, tellement importantes qu'elles recouvraient presque toute la lame... pourtant, si j'ai bien compris, on doit utiliser un produit pour limter ce bruit de fond (BSA).   [...] vous trouverez dans le site suivant, tous les protocoles (de l'éxtraction de l'ARN jusqu'à l'hybridation).  [...]

[Biotechnologie] Principe de la PCR

La deuxième période s'effectue à une température généralement comprise entre 40 et 70°C, dite température d'hybridation des amorces. La.  [...] par une meilleure stabilité de la liaison au moment de l'hybridation des amorces. Plus les amorces sont riches en cytosines et guanines, plus leur.  [...]

[Biologie Moléculaire] Mutations et Southern Blot

Question 1. on fait un southern. cette méthode est elle adaptée pour tous les types de mutation Quelle serai l'expérience la plus adaptée.   [...] - l'EP me gène. Même s'il n'a pas de site EcoRI il peut perturber le site d'hybridation de ta sonde non Dans ce cas là tu auras un résultat négatif, qui se confond avec le résultat de la délétion du gène.  [...]

[Génétique] comment obtenir des sondes spécifiques pour un marquage chromosomique avec les séquences alu?

Si j'ai bien saisie les bases. les séquences alu sont des marqueurs de répétition du génome utilisés dans ce cas. Ce qui permet l'identification lors d'un marquage basé sur les sites alu c'est leur nombre de répétition et leur répartition sur les télomères qui diffèrent d'un chromosome à l'autre.  [...] Je vois bien comment avec un simple marquage de ces séquences on peu obtenir un résultat dont l'analyse serait proche de celle d'un marquage bande sombres/bandes clairs. En revanche je ne comprend pas comment en se basant sur l'hybridation de ces séquences universelles on puisse arriver a un marquage spécifique in situ du chromosome 8 en vert,du 7 en bleu.  [...]

[Génétique] marche sur chromosome

En pratique, tu sais quelle est la couleur du marqueur des bords. On cherche donc à faire apparaître un site, par hybridation (et reconnaissance par fluorescence par exemple). Si ce site n'a pas été coupé par une enzyme de restriction, il doit apparaître 10 fois (puisque tu as 10 banques).  [...] Une fois qu'on connaît tout l'enchaînement du grand segment entre les 2 gènes marqueurs (donc ici entre noir et rouge), on cherche des séquences connues (genre TATAbox, promoteurs...) pour repérer les possibles gènes, leurs exons et leurs introns. En fonction de la séquence du gène ainsi découvert, on imagine la tête que pourrait avoir la protéine qu'il code.  [...]