• Forum - Séquences, Banque, ADN

[Biotechnologie] Concrètement c'est quoi une banque d'ADN

banque d'ADN, quand je vois ça j'imagine un grand institut avec des jolies baies vitrées et plein des scientifiques en blouses blanches qui viennent retirer des séquences d'ADN de leurs banque.  [...] Par exemple, une boite de pétrie, dans laquelle il y a des souches bactériennes ayant incorporées des séquences d'intérêts, peut elle être qualifié de banque d'ADN.  [...]

Lehner, Yelin et les autres...

c'est des vrais sequences ou c'est que du in silico.  [...] C'est juste des petites séquences d'ADN issue d'une banque d'ADNc utilisée pour pécher des gènes effectivement exprimé... Se sont donc des vraies séquences.  [...]

ou trouver une Banque d'ADN mt?

je cherche une banque ou je pourrais trouver des sequences d'adn mitochondriaux chez beaucoup d'especes.  [...] chez NCBI ya des sequencages complets mais uniquement d'animaux de laboratoires.  [...]

[Biologie Moléculaire] Démonstration de la colocalisation génomique de deux paralogues

Je souhaite démontrer que deux gènes paralogues sont colocalisés dans la même région génomique chez un organisme (dont le génome n'est pas séquencé, une plante supérieure).  [...] Comment puis-je procéder, sachant que je dispose uniquement des séquences nucléotidiques de ces gènes (ADNc obtenus par rétrotranscription d'ARN), d'une banque de ADNc et d'ADN génomique.  [...]

ADN non codant / Porte monnaie génétique

quand tu parles de porte monnaire... c'est une image, ou tu veux dire stocker l'information de l'état du compte en banque que tout le monde pourrait voir et modifier pour payer avec son ADN si c'est ca, nul besoin des sequences non codantes, l'insertion d'ADN contenant l'information serait plus probable (enfin dans le cas de SF) que modifier l'ADN non codant.  [...] si c'est ca, nul besoin des sequences non codantes, l'insertion d'ADN contenant l'information serait plus probable (enfin dans le cas de SF) que modifier l'ADN non codant.  [...]

Obtention d'anticorps

* Par phage-display = une banque d'ADN (plusieurs millions de séquences codants pour des anticorps tous différents) est transfectée dans des phages, de telle sorte que ceux-ci présentent (=display) les anticorps sur leur capside. On infecte cette banque de phage dans des bactéries (1 bactérie = 1 phage), on induit la formation de phages dans ces bactéries, puis on les teste tous, par FACS ou par ELISA.  [...] Comme les gens qui ont inventé la techniques sont malins, ils ont fait en sorte que si on prend les mêmes phages et qu'on les infecte dans d'autres bactéries, alors celles ci ne produisent plus des phages en masse couplés à l'anticorps... Mais des anticorps solubles, adressé dans le périplasme.   [...]

[Microbiologie] A la recherche des bactéries tueuses.

- identification des espèces présentes déjà connues à partir de l'ADNr 16S et indépendemment recherche d'une séquence pathogène par criblage de la banque (en culture eucaryote par exemple).  [...] donc en effet, il vaut mieux chercher partout, ne rien exclure. La métagénomique me parait être une meilleure approche. Comme tes ET sont très fort, ils pourront faire du séquençage super rapide, l'identification des bactéries ne sera pas facile. le principal problème restera pour moi de chercher les bactéries.  [...]

[Biologie Moléculaire] aide sur la recherche d'amorce (primer) sur genbank (ncbi)

je doit commander des séquence d'ADN en vue de réalisé une reverse transcription RT-PCR sur virus de la vigne. j'ai trouvé la séquense spécifique sur la banque de gene ncbi mais le probleme est comment est ce que je doit selection les deux séquences pour faire la pcr (downstream et upstream) sachant que pour certains virus je trouve la réference du gene dans les articles qui me renvoi vers ncbi mais ne me donne pas les deux séquences.  [...] ben pour faire la RT tu n'as besoin que d'un primer, le second uniquement pour la PCR. Le choix des amorces dépend de ce que tu veux faire ensuite. de la quantification, du clonage, du séquençage, du génotypage.  [...]

[Biotechnologie] Problèmes sur les notions/calculs de plasmide

Il choisit de faire pousser un certain nombre de colonoes bactériennes sélectionnées afin d'amplifier son plasmide et ainsi disposer d'une grosse quantité de son insert NIACUSE pour le séquencer et vérifier son intégrité. Il récolte les plasmides après lyse alcaline des bactéries et extraction de l'ADN au phénol/chloroforme.  [...] Donc, ici, j'obtiens 14842 pb pour plasmide + insert de la banque ADN génomique et 13361 pb pour plasmide + insert de la banque d'ADNc. Ce qui change mon résultat de la taille de l'insert génomique comparé à ton calcul.  [...]

[Divers] Bioinformatique: Banques/Bases/Centre de resssource

Une banque de données peut être séquences protéiques, peut être séquences nucléotidiques, peut être Eucaryotes, peut être uniquement Drosphile,... autant de banques de données que de données.  [...] Donc, je peux avoir plusieurs bases de données, en fait ce sont des ensembles de données tout court. alors que dans une banque j'aurai des thèmes. Donc, si j'ai plusieurs banques, je peux créer une base. C'est en tout cas que cela m'a été présenté, si je me trompe qu'on me corrige.  [...]