• Forum - Séquences, Amorces, Sens

Acides nucléiques

Alors généralement, les sites de restriction sont palindromiques. Le motif 5' GTATAC 3' pourrait en être un du coup, car le brin complémentaire serait aussi 5' GTATAC 3'. Mais bien sûr, toute séquence palindromique n'a pas forcément une enzyme de restriction qui lui correspond.  [...] Cette phrase n'a pas de sens j'imagine que tu parles de deux amorces pour faire une PCR Oui, tu peux comparer les Tm de deux amorces même si elles n'ont pas la même longueur. L'important est que les Tm soient proches (et que tes amorces n'aient pas de séquences complémentaires entre elle, et qu'elles ne forment pas de structure secondaire ).  [...]

[Microbiologie] design des amorces sens et anti sens 5' 3' pcr

[Microbiologie] design des amorces sens et anti sens 5' 3' pcr.  [...] s'il vous plaît qui peut me donner les séquences d'amorces sens (forward) et anti sens (reverse) de la séquence d'ADN suivante 5'ATG GGC CGG GGG TAT ATC TCG GCA GCT AAT AAA TTT ATT TAT TCG GCC ATT CGC ATT AAA TTT CGG GCT GAA GAT TAG 3'.  [...]

[Biochimie] Problème d'amorces

La question est la suivante. Proposez les séquences (avec leur orientation) d'amorces de 20 nucléotides permettant d'amplifier l'exon 3.  [...] On me demande de proposer des amorces qui permettent d'amplifier la séquence de l'éxon 3 (en Majuscule), les amoces (de 20 nucléotides) devront être posées sur les séquences introniques (en amont et en aval). Seulement, j'ai appri que l'ADN polymérase synthétise de l'ADN dans le sens 5'-.  [...]

Amplification de séquence

Existe t -il une méthode ou un protocole permettant de trouver précisément la séquence cible à amplifié, de trouver les amorces sens et anti-sens et valider le matching de ces amorces sur la sequence cible.  [...] 2 trouvez des primes dans NCBI primer blast en spécifiant la référence de la séquence (NM_00448.2 dans ce cas), qui vérifie qu'on amplifie bien la cible et aucune autre (avec les bons paramètres de Tm, de taille d'amplicon, etc.).  [...]

métagénomique, bio informatique et electrophorese DGGE

Je m'explique.. Nous avons réalisé une PCR sur nos échantillons de terre avec des amorces trouvé dans une revu scientifique correspondant en tout point à notre sujet, le problème étant qu'en attendant de pouvoir faire la DGGE ma maitre de stage m'a demandé de vérifier grace au site du NCBI et en faisant un blast que les séquences d'amorce matchaient bien avec les séquence ARNr 16s de bactérie présente généralement dans le sable et suceptible de sortir lors de la DGGE et d'en déduire leur taille. Cependant aucune ne matche correctement.  [...] Je viens de blaster à nouveau mes amorces contre des séquences de bacteries et je les ai enfin trouvé. Mais j'ai toujours un problème car maintenant que ça onctionne je ne comprends pas pourquoi. En effet pour trouver un résultat cohérent j'ai mis les deux amorces dans le sens 5'-3'.  [...]

[Biologie Moléculaire] D'une protéine à un gène à une protéine

En revanche, il est possible de synthétiser l'ADN correspondant à la protéine séquencée. Cela s'appelle la méthode des gènes synthétiques. Il suffit de prendre des amorces recouvrant toute la séquence voulue. Les amorces sens et anti-sens s'hybrident en partie sur toute la séquence d'intérêt, on met une Taq sans activité 5'-3' exonucléase qui va combler les espaces.  [...] Je suis bien conscient que de part la dégénérescence du code génétique (64 codons pour 20 acides aminés) de nombreuses séquences nucléotidiques peuvent ainsi être générées.  [...]

[Biologie Moléculaire] Anti -sens ???

Alors alors je crois avoir la réponse...Par exemple, dans la PCR, les brins sens et anti sens sont utiliser comme des amorces...ils ont pour rôle de cibler la séquence d'interêt (qu'on souhaite amplifier), par conséquent, ils ne sont en aucun cas complémentaires c'est d'ailleurs un critére de choix.  [...] les amorces utilisées ne sont jamais complémentaires...bahhhh sinon il y aura hybridation entre ces amorces avant même d'être en contact avec l'ADN... voilà donc pour la PCR, ce n'est qu'un exemple mais je sais pas si je peux généraliser concernant la complémentarité entre sens et anti sens...qu'en pensez vous.  [...]

[Biologie Moléculaire] Détection des OGMs et PCR originale

Pour le moment l'idée et de trouver une (voire 2 ou 3) amorces biotinylées pour amplifier les séquences ogms de façon linéaire et non exponentielle (pas d'amorce sens), de purifier les amplicons avec des billes magnétiques de streptavidine et de recommencer l'amplification à partir des amplicons et d'amorces RAPD.  [...] En fait, en comparant les constructions de différents ogms, nous avons trouvé des séquences communes au niveau de promoteurs ou de terminateurs. L'important est qu'il y ait amplification des événements vers la sortie de la cassette. nous avons donc choisi 3 amorces aptes à amplifier (nous l'espérons.) 3 ou 4 ogms chacune.  [...]

[Biologie Moléculaire] Sequençage amorce

Ma question porte sur le sequençage j'aimerai savoir quel était la methode pour bien choisir l'amorce dans une sequence je m'explique.  [...] Pour une PCR il faut 2 amorces l'une sens l'une antisens, mais qu'en est-t'il pour le sequençage Faut-il une sequence complémentaire, sens.  [...]

Enzyme Taq polymérase et réaction de PCR

J'aurais une question concernant la réaction de PRC. On utilise 2 amorces une sens et une anti-sens pour délimiter la séquence spécifique à amplifier. Chacune des alors s'hybride sur un brin après dénaturation du double brin. Puis L'enzyme Taq polymérase rajoute les désoxynucléotiques complémentaires, mais comment sait-elle quand elle doit s'arrêter.  [...] D'accord, merci pour votre réponse. Est ce que cela veut dire qu'on a toujours la même taille de brin néosynthétisé Les amorces encadrent la séquence à amplifier sur le même brin, ou on utilise les amorces sens et antisens pour les 2 brins ( 1 seule pour chaque brin dans 1 cycle ).  [...]