• Forum - Séquences, Amorces, Cible

Besoin que l'on eclaire ma lanterne en Génetique

La RAPD est une technique de PCR permettant d'obtenir une empreinte spécifique à partir d'un génome donné. On utilise pour cela des amorces ayant une faible spécificité (elle s'accrochent à de multiples endroits de l'ADN). Comme tous les génomes sont différents, les sites de fixation des amorces seront variables d'un individu à l'autre.  [...] Ensuite les aux extrémités des fragments d'ADN obtenus on fixe des séquences cibles. Il ne reste plus qu'à faire une PCR en utilisant des amorces complémentaires des séquences cible.  [...]

[Biologie Moléculaire] Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP)

Prochainement en stage dans un laboratoire de recherche, j'aimerais avoir quelques informations concernant la méthode LAMP Loop Mediated Isothermal Amplification, afin de ne pas arriver trop largué.   [...] - 4 à 6 amorces pour amplifier plusieurs (6 à 8) séquences spécifiques de l'ADN cible, dont 2 forment une boucle pour améliorer l'amplification.  [...]

[Biologie Moléculaire] Faire des Amorces PCR sans logiciel

Excusez moi si ma question n'est pas claire, mais je veux déduire la séquence de mes amorces (F/R) à partir de ma séquence d'ADN cible ci-dessus.  [...] Alors les amorces sont utilisées en PCR et c'est de petites séquences d'adn (20nt) nous servent à amplifier notre brin cible de son extrémité 3' (Amorces R) et son extrémité 5' du brin complémentaire (amorce F). Elles sont toujours orienté de 5' -. 3'.  [...]

Probléme d'amplification par PCR

J'ai récemment conçu des amorces pour amplifier des gènes dont j'ai envie d'étudier le polymorphisme. Seulement depuis une semaine j'y parvient pas, j'ai joué sur les températures d'hybridation en faisant une PCR gradient mais rien à faire. Avez vous des suggestions à me faire parvenir.  [...] Je suis d'accord que si rien ne fonctionne. c'est à dire que vous n'obtenez aucune bande, alors il faut commencer sérieusement à interroger les séquences et des amorces et de la cible. Il peut aussi y avoir une cause bétasse (rare mais qui m'est déjà arrivée), c'est la Taq qui ne fonctionne pas (plus).  [...]

[Biologie Moléculaire] qrt PCR : gène de référence avec 2 Tm

Il ne faut pas oublier non plus que les algorithmes évoluent, ce qui peut expliquer ces surprises. J'en ai fait l'amère expérience. une version de mon logiciel m'a défini des amorces, 6 mois et 2 nouvelles versions plus tard, je pouvais jeter mes amorces. (ce qui était confirmé par les manips).  [...] La température d'annealing est normalement un peu en dessous du Tm des primers, car normalement seules des séquences très appariées pourraient rester en dimères. Par prolongement du raisonnement, plus tu diminues ta température, plus tu renforces les liaisons de tes amorces sur ta cible, mais il se peut aussi que celles ci se fixent ailleurs.  [...]

Amplifier séquence cible cDNA

Je dois donc designer mes amorces du gène X. Le problème c'est de chercher ma séquence cible. Si j'utilise NCBI et fasta je me retrouve avec les sequences entières (intron + exon) de plusieurs milliers de nucléotides et j'avoue que je suis un peu perdu.  [...] mRNA est en fait la séquence du cDNA, mais en utilisant la référence au lieu de la séquence brute, primer-blast connait l'emplacement des jonctions exon/exon (petite astuce du jour).  [...]

[Biologie Moléculaire] Amorce sens et antisens

En ce qui concerne les amorces sens et antisens, je ne comprend pas pourquoi l'amorce sens est identique à la séquence cible tend dis ce que.  [...] l'amorce antisens et complementaire à la sequence cible pourtant les 2 amorces doivent hybrider avec l'ADN complémentaire pour débuter la réaction PCR.Je ne sais pas est ce que ma question est claire ou non mais lors de la comparaison de mais amorces avec les sequence cibles sur le site NCBI voila ce que j'ai trouvé.  [...]

Amplification de séquence

Existe t -il une méthode ou un protocole permettant de trouver précisément la séquence cible à amplifié, de trouver les amorces sens et anti-sens et valider le matching de ces amorces sur la sequence cible.  [...] 2 trouvez des primes dans NCBI primer blast en spécifiant la référence de la séquence (NM_00448.2 dans ce cas), qui vérifie qu'on amplifie bien la cible et aucune autre (avec les bons paramètres de Tm, de taille d'amplicon, etc.).  [...]

clonage

donc je suis vraiment dzl de vs déranger mais je veux juste savoir prk passé par le clonage dans des bactéries alors que le le produit de PCR va être déjà amplifié avec des amorces spécifiques du gène d'intérêt ciblé par les TALEN, un gel d'agarose suffit d'après mon raisonnement.  [...] Oui facilement si les gènes à différencier sont de tailles distinctes. Possible mais plus délicat s'il s'agit de mutations/substitutions, dans ce cas c'est en clonant le produit qu'on verra mieux la séquence.  [...]

PCR et vecteur de clonage

Mais tu dois de toute façon connaître un minimum la séquence que tu veux amplifier de manière à pouvoir élaborer tes primers (=amorçes qui vont encadrer la séquence à amplifier sur chacun des 2 brins). Dans le cas d'espèces peu connues génomiquement parlant, tu peux utiliser une sauce d'amorçes dégénérées qui va être un mélange de primers permettant une hybridation plus ou moins efficace avec ta séquence cible (c'est très simple à comprendre avec un shèmas.).  [...] Tu peux faire une PCR avec des amorces spécifiques d'une séquence pour en vérifier la présence dans un ADN donné. Par exemple à la suite d'un clonage, après sélection des transformants sur antibotiques/marqueur, avec des amorces spécifiques à l'insert, tu peux rechercher les transformants dont le vecteur a intégré l'insert d'intérêt.  [...]