• Forum - Séquences, ADN, Protéines, Intérêt, Puce

[Biologie Moléculaire] ChIP on chip

On peut utiliser la technique ChIP on Chip pour identifier les interactions protéines - ADN. Je me pose quelques questions quant à l'utilisation de cette méthode. Une fois qu'on obtient nos séquences d'ADN où étaient fixées nos protéines d'intérêt fait-on une PCR ou on peut hybrider directement sur la puce Quelles séquences sont utilisées sur notre puce (des facteurs de transcription) afin d'hybrider nos séquences qui contenaient nos protéines.  [...]

[Biologie Moléculaire] Principe de la LM-PCR

Tu fait la meme chose avec un autre fluorophore pour l'ADN total non coimmunoprécipté lors de la ChIP et t'hybride le tout sur une puce possédant une banques de séquences intergénique et le tour est jouer.  [...] En effet la LM-PCR n'est pas utilisée que pour le CHIP, c'est une méthode générale pour isoler et amplifier des séquences dont on n'a pas de primers spécifiques.  [...]

[immunologie] Réaction antigène-anticorps

Chip (et non ship) est le terme anglais pour puce. Il existe des puces à ADN pour étudier les hybridations, des puces à protéines pour les interactions protéiques dont par exemple les interactions Ag/Ac. Sur une surface fonctionnalisée, l'Ag (pour cribler des Ac) ou des Ac pour indentifier des Ag sont liés chimiquement.  [...] Sur cette surface fonctionnalisée est ensuite envoyé l'échantillon à tester. Suivant le marquage (fluorescent souvent) et à l'aide d'une caméra de détection et d'un logiciel d'analyse d'image, il est possible de visualiser les spots qui réagissent...plusieurs milliers de spots peuvent être déposés sur une lame.   [...]

[Biologie Moléculaire] Criblage d'une banque d'ADNc

je parlais des fonctions et des intéractions si on veut par exemple savoir quelle sont les protéines qui s'expriment dans X condition on peut le savoir à partie des ARNm marqués dans les deux conditions différemment (a jeûn et nourris, par exemple) et avec une puce à ADN on peut voir les intéractions pareille pour la fonction sauf quand utilise le northern blots(avec la sonde radioactifs).  [...] - on veut chercher la séquence d'un gène codant pour une protéine présente dans Xcellule dans Xcondition(donc on vérifie de ce fait si elle est présente dans cette condition et savoir la séquence du gène codant). et puisque le séquençage de protéines est trop difficile et peu fiable que le séquençage d'un ADNc on essaie de.  [...]

[Microbiologie] Biotope bactérien

Il s'agit simplement de l'ensemble des conditions et variables environnementales qui hébergent des hôtes (ici des bactéries).   [...] Et une biopuce est constituée de sondes (fragments d'ADN, d'ARNi, protéines&) représentées par un point sur un support (puce).  [...]

[Biotechnologie] Global Analysis of Protein Activities using proteome chips

En gros, la séquence d'ADN codant pour la protéine d'intérêt est fusionnée à une séquence signal (GST), puis des levures sont transfectées par le plasmide. Donc production de la protéine correctement modifiée et conformée (la protéine d'origine provient de la levure).  [...] Ils purifient ensuite la protéine d'intérêt (grâce à la séquence GST). Sur les 1152 protéines différentes produites en même temps par cette méthode, ils en sélectionne aléatoirement 60 pour les tester par WB (afin de vérifier l'expression de la protéine d'intérêt).  [...]

diagnostic prénatal technique

les séquences pathogènes connues ont été déterminées empiriquement et sont recensées dans des banques de données. On peut séquencer une protéine mais je ne suis pas sûr que ça se fasse beaucoup en diagnostique. De plus, passer d'une séquence de 20 lettres à 4 lettres implique plusieurs possibilités (cf code génétique).  [...] Pour le diagnostique, on fait souvent (je pense) des PCR suivies de séquençage pour un certain nombre de gènes connus pour être impliqués dans certaines maladies. Il existe aussi des puces à protéines (même principe que les puces à ADN pour caractériser les interactions protéiques).  [...]

[Biochimie] Différence entre puce à ADN et sonde à ADN !

[Biochimie] Différence entre puce à ADN et sonde à ADN.  [...] Re. Différence entre puce à ADN et sonde à ADN.  [...]

[Biologie Moléculaire] comment detecter les mutation d'un gène trop long??

Une analyse par exon sequencing ou par puce à ADN (soit montée soi-même, très long à faire mais meilleur marché, ou alors chez Affymetrix, très cher ) semblent plus pratiques et plus rapides.  [...] Merci pour votre aide Nowell, est ce que vous pouvez m'eclaircir un peu plus les outils nécessaires pour ces techniques...car finalement je ne dispose que d'un thermocycleur et d'un séquenceur est-ce suffisant pour les produits je peut les commander mais les automates.  [...]

gènes de résistance à la vancomycine dans les entérocoques

Est ce que vous avez une idée ou des articles sur ce qui concerne les gènes de résistance à la vancomycine (vanA, vanB, vanC, vanD, vanE, vanL, et vanG) dans les entérocoques résistant à la vancomycine (ERV) ou même comment se déroule leur détection moléculaire.   [...] Pour le séquençage d'un gène de résistance, je suppose que les souches d'ERV sont isolées puis on épluche leur génome - peut-être par KO () couplé à une méthode de séquençage (ex. méthode de Sanger, puce à ADN...).  [...]