• Forum - Séquence, Structure, Sites

Problème RT-PCR sur cDNA

Par la façon dont tu exposes ton problème, j'ai l'impression que tu ne connais pas la structure exacte intron/exon de ton gène... J'imagine que c'est pour ça que tu séquences le cDNA. Une chose est sûre. entre les prédictions des sites d'épissages et une preuve biologique (ADNc séquencé), c'est la preuve biologique qui gagne.  [...] si je comprends bien, tu as séquencé l'ADNc normal correspondant à la prédiction de la structure du gène et des ADNc qui sont presque pareils mais avec des glissements des sites d'épissage ce qui laisse une trace d'intron entre les 2 exons attendus.  [...]

[Biochimie] introns dans ARNr

j'ai séquencé l'ADNg de la grosse sous-unité ribosomique mais je ne sais pas comment faire pour distinguer les introns des exons. De plus je pense que les signaux ne sont pas les mêmes entre ARNm et ARNr. J'ai trouvé des sites web sur la structure ARN mais en gros c'est juste une compil de tous les gènes trouvés.  [...] Merci pour la réponse. Si il y a des introns dans les ARNr, j'ai vu plein de publis la dessus mais mon problème c'est comment les reconnaitre. Vous connaissez des sites internet (qui marchent) Merci.  [...]

[Génétique] Bioinformatique

merci bp, en ce qui concerne les notions de base ces sites que tu m a donne sont bons... merciiiii Edelweiss68, just un petit probleme que je coinside lors de ma recherche sur la structure 3D d'une proteine ( http.//swissmodel.expasy.org/ ) je rentre ma sequence proteique mais ca marche pas et puisque je choisis automated mode, ca continue a chercher mais sans me donner aucun resultats, est ce normale.  [...] bah j ai dit que lorsque je rentre ma séquence protéique en mettant automated mode ça continu a chercher sans me donner aucun résultats.. et pour la séquence je demande pas de me chercher la forme de ma séquence. je veux juste savoir est ce c'est normal que ça prend beaucoup de temps avant me donner la forme, il faux attendre et se patienter.  [...]

[Biologie Moléculaire] Programme de clonage

- Deuxièmement, lui demande de construire ton plasmide. Tu lui donnes ta PCR avec les deux sites de restriction, et de l'autre ton plasmide cible avec tes deux sites. Et tu récupère la séquence totale de ton nouveau plasmide. Je ne m'embette plus à faire ça sur papier et à vérifier 20 fois si j'ai fais une erreur de phase ou autre en tapant mes séquences vu que tout est déja sur le mac.  [...] Dans cette fenêtre de construction, il faut ouvrir la séquence du vecteur, choisir les sites de début (simple clic) et de fin (double clic). Faire de même avec l'insert. Blunter si nécessaire et cliquer sur Ligate. Notez que si l'insert est, par exemple, EcoRI (début)/BamHI (fin) alors le vecteur doit être ouvert par BamHI (début) / EcoRI (fin).  [...]

exercice de génomique assez complexe..

Soit une séquence d'ADN (bicaténaire) constituée de TCTAGA, site de restriction reconnu par l' endonucléase de restriction XbaI.  [...] Quels seraient les sites de clonage susceptible d'insérer cette séquence d'ADN, parmi les site de clonages suivants, qu'on supposera présents chez un vecteur quelconque.  [...]

[Biologie Moléculaire] Résumer Génétique (absurde)

La terminaison n'est pas forcément liée à une séquence connue mais également à des séquences discrètes. Soit via l'apparition d'une structure secondaire dans l'ARN synthétisé soit via des facteurs protéiques.  [...] Pour la traduction, on a des sites de reconnaissance des ribosomes (comme la séquence de Shine-Delgarno chez les bactéries), ainsi que des codons start (AUG). La terminaison est liée à des codons STOP.  [...]

[Biochimie] Site de Glycosylation

J'ai une petite question concernant les sites de glycosylation en effet il est souvent demander de les recherches dans une sequence d'acide aminé et je sais qu'il faut identifier les motif N-X-S(ou T).  [...] Sache également qu'il existe des sites où tu rentres la séquence protéique et qui t'indiquent les différents sites de glycosylation possibles.  [...]

Déchiffrage d'une carte de plasmide

Les 2 lignes au dessus du plasmide correspondent aux différents sites de restrictions (éventuellement pour cloner une séquence dans ces poly-linker).  [...] La séquence de polyadénylation BGH est située juste derrière les sites de restriction ce qui permettra à ta séquence insérée de recevoir une queue polyA et tu obtiendra un ARNm fonctionnel (=traductible en protéine).  [...]

[Biologie Moléculaire] trouver un promoteur

J'ai les sequences de plusieurs genes et je dois trouver le promoteur qui leur est associe, pour des etudes activation.  [...] Savez-vous s'il existe des sites internet sur lesquels on peux blaster la sequence du gene et obtenir la sequence amont correspondant ua promoteur.  [...]

Système Cre/Lox et transposons

Par exemple, si deux transposons sont orientés dans le même sens, on peut avoir une recombinaison ectopique qui élimine une des 2 copie du transposon... Il se passe exactement la même chose avec le système Cre/Lox. si une séquence est entourée de 2 sites Lox P orientés dans le même sens, et si on ajoute la recombinase, on va obtenir la délétion de la séquence entre les 2 sites Lox P (c'est d'ailleurs un système d'expression inductible très utilisé en recherche).  [...] Autre exemple. si les 2 transposons sont orientés dans le sens opposé, on a une inversion de la séquence entre les 2 transposons (sans délétion de cette séquence). Et c'est pareil pour Cre/Lox. si les 2 sites Lox P sont dans un sens opposé, il y a inversion de la séquence située entre les deux.  [...]