• Forum - Séquence, Sites, Restriction

Sens de lecture d'un plasmide

Je tente de faire une construction à l'aide d'un programme et j'ai trouvé la séquence de mon plasmide. J'ai repéré les sites de restriction à utiliser qui seront de part et d'autre de mon gène.  [...] Ensuite, une fois que j'insère le gène, comment savoir quel brin sera lu Je dois intégrer la séquence antisens ou la séquence sens Quel critères dois-je regarder pour savoir ça.  [...]

Acides nucléiques

Alors généralement, les sites de restriction sont palindromiques. Le motif 5' GTATAC 3' pourrait en être un du coup, car le brin complémentaire serait aussi 5' GTATAC 3'. Mais bien sûr, toute séquence palindromique n'a pas forcément une enzyme de restriction qui lui correspond.  [...] La deuxième séquence n'est pas palindromique et me paraît bien longue pour être un site de restriction. En général, deux-ci font entre 4 et 8 nucléotides.  [...]

[Biologie Moléculaire] Ligation

En repartant du début, tu as fait une PCR et inséré ton produit de PCR dans le pGEM-T, transformé des bactéries et ensuite fait des minipreps. As tu séquencé à ce moment là As tu inséré les sites de restriction par PCR ou alors utilisé les sites de ta séquence.  [...] Effectivement j'ai envoyé à séquencer après midipréparations les séquences étaient cohérentes, par PCR j'ai inséré les sites de restriction.  [...]

[Biologie Moléculaire] foetus malade ou pas?

Quant au document 3a, la sonde en s'hybridant une séquence de nucléotide, repère le gène recherché. Ce gène recherché est, d'après l'énoncé, de grande taille. Cela me mène à penser qu'il n'y pas de sites de restriction pour couple ce gène en petits fragments.  [...] 2- c'est une région polymorphe dont on connait au moins 10 allèles différents que l'on peut facilement différencier. Par conséquent, on fera la différence au niveau du gène codant le facteur VIII grace au polymorphisme de cette région qui en est très proche, avec la quasi-certitude qu'un allèle du facteur VIII sera toujours associé au même allèle de la région reconnue par la sonde ST14.  [...]

[Biologie Moléculaire] le clonage impossible, ou comment se prendre la tete...

Une solution confortable, que j'aime bien, est d'amplifier l'insert par PCR avec des oligos portant les sites de restriction (+6ntds). Une digestion par DpnI (pour éliminer le vecteur matrice) et c'est propre pour les digestions. On évite de passer sur gel et on se fait beaucoup moins suer.  [...] En effet Piwi, j ai pense a l insertion de sites de restriction par PCR. Le truc c est que je me dis que inserer des sites de restriction qui sont deja presents ds ma sequence, ca revient un peu au meme. Je ne peux pas introduire des sites de restriction plus classiques car apres je dois religuer cet insert ds le clone moleculaire original digere par EcoR1 et Sal1.  [...]

[Biologie Moléculaire] Mutagénèse dirigée qui ne fonctionne pas

Voilà, j'ai un plasmide de 10Kb dans lequel je souhaite insérer 3 nucléotides à un endroit bien particulier pour créer un site de restriction. Une fois ce site de restriction présent j'insèrerai mon tag Flag. L'un des points limitant c'est que je souhaite insérer flag dans une boucle extracellulaire courte de ma protéine finale.  [...] 3) Si mes primers les plus extrèmes contenant les sites de restriction uniques du plasmide ont leur séquence commençant directement par ces sites de restriction uniques, y a t-il trop de risques qu'ils soient modifiés (et donc que je perde mes sites de restriction) par une enzyme qui perdrait de sa fidélité justement là où je veux pas.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problèmes: Recombinaison d'un plasmide

Décrire une variante de la PCR, avec laquelle on peut ajouter une telle séquence de restriction avant et après le gène à insérer à n'importe quelle position.  [...] fin de ta sequence-HindIII-NNNN), ceux ci désignent des bases qui peuvent éventuellement séparés les 2 sites de restriction sur ton plasmide qui ne sont pas forcément côte à côte.  [...]

PCR clonage

je tente de cloner une sequence a partir d'un transcriptome. j'ai désigné des primers pour pecher ma sequence d'une banque ADNc, j'ai obtenu une bande de la bonne taille. ensuite j'ai rajouté des sites de restriction a mes primers, et là j'obtiens plus rien.  [...] mais je comprends pas uen chose, quand on veut rajouter les sites de restriction, qu'elles sont les mesures a prendre en consideration pour ne pas tomber dans ce genre de probleme.  [...]

[Biologie Moléculaire] Programme de clonage

Par exemple, tu veux faire un cloner une séquence que tu vas amplifier par PCR avec des sites de restrictions dans les primers pour l'insérer dans le vecteur cible.  [...] En principe (si je n'ai rien oublié) toutes les fonctions sont accessibles dans le menu général (sous les chapitres Serial Cloner, File, Edit, Sequence, Features, Restriction, Function, Window). Les plus fréquentes sont en plus disponibles en menu contextuel, en raccourci clavier et dans la barre d'outils.  [...]

[Biologie Moléculaire] logiciel clonage

connaissez-vous un logiciel permettant d'ajouter des sites de restrictions sur une séquence un logiciel de préférences gratuit.  [...] Je ne comprends pas votre question. Vous avez votre séquence, vous connaissez vos sites de restriction d'intérêt. Quel est le besoin d'un logiciel.  [...]