• Forum - Séquence, Séquençage, échantillon

[Biologie Moléculaire] Séquençage et métabarcoding

Si tes échantillons sont barcodés, cela signifie simplement que chaque read possède une séquence spécifique en début de read, qui ne fait pas partie du génome de ton organisme mais qui a été ajouté pour différencier les individus de ton échantillon. Si on utilise le barcoding, c'est a priori pour faire du séquençage à haut débit (mais c'est un peu stupide de faire du séquençage à haut débit si tu utilises des marqueurs).  [...] Cela signifie que, en ne connaissant pas notre échantillon, les amorces vont quand même matcher (puisqu'universelle) et permettre une amplification. Le but étant de séquencer la zone d'intérêt (avec les même amorces). L'identification de l'espèce se fait après le séquençage, non pas selon la longueur du fragment amplifié, mais bien selon sa séquence.  [...]

[Biochimie] Purification d'échantillon pour séquençage d'Edman ?

[Biochimie] Purification d'échantillon pour séquençage d'Edman.  [...] j'envisage de réaliser un séquençage d'Edman afin d'identifier les premiers AA N-terminaux d'une protéine d'intérêt.  [...]

Utilité de la PCR en médecine ?

Faire une PCR avant de faire séquencer ton échantillon te permet d'une part de séparer précisément la région d'intérêt du reste du génome (par électrophorèse), ce que tu ne peux pas faire sans l'amplifier.  [...] Ensuite si ton échantillon n'est pas assez concentré en ADN à séquencer tu ne pourras pas le séquencer de manière fiable, d'une part parce que les séquenceurs utilisés en routine pour ce genre de manip ont un certain seuil de détection et qu'une seule molécule ne suffit pas, et d'autre part parce que tu veux que ta molécule soit séquencée plusieurs fois pour avoir une certaine profondeur de séquençage te permettant d'affirmer que la séquence que tu as est bien celle que tu avais dans ton échantillon au départ.  [...]

[Biotechnologie] primer extension

Ensuite tu les passes sur un ABIprism (J'avais utilise un 310 en analyse de fragment, pas sequencage) contre un marqueur de poids moleculaire. En fait c'est tout bete, il suffit de dire que tu veux la taille du fragment, et tu prepares ton mix avec formamide + echantillon+marqueur de poids moleculaire (TAMRA 500 par exemple), et le sequenceur te donne 40 min plus tard la taille de ton produit marque.  [...] A l'epoque j'avais le matos sous la main, donc c'etait plus simple. Mais tu peux egalement envoyer ton echantillon chez n'importe quel centre de sequencage, en leur precisant que c'est de l'analyse de fragment.  [...]

[Microbiologie] évaluer la diversité

Je ne suis pas sure que l'origine de l'échantillon ait de l'importance, mais il provient d'une infection endodontique (de la racine de la dent).  [...] La composition de l'échantillon a été analysée par culture (des dilutions étalées sur un milieu solide et cultivée en anaérobie, 96 isolat identifies par séquençage du 16S) et par la méthode moléculaire (PCR 16S sur l'ADN total, clonage, séquençage de l'insert pour 96 clones).  [...]

[Biotechnologie] Bioinformatique : Mothur

LE but du cours était de trouver la diversité bactérienne d'un échantillon à partir du sequencage illumina en amplifiant l'ARNr 16S des bactéries.  [...] En fait on amplifie un morceau du 16S très variable, de façon à discriminer les différentes espèces de bactéries, mais qui est bordé par des séquences au contraire très conservées, sur lesquelles s'accrochent les primers, lesquels sont quand-même dégénérés, mais pas tant que ça.  [...]

sequencage du genome humain

Le séquençage d'un génome permet de déterminer les séquences (d'ou séquençage) de nucléotides de l'ADN d'un organisme. Les fins de ce séquencage sont diverses selon la personne qui la réalise. Par exemple, il est interessant de connaître la séquence des gènes impliqués dans la division cellulaire, ou dans le développement etc.  [...] En résumé, le séquencage d'un génome peut s'avérer très utile pour l'étude et la classification d'un organisme. Les portées du séquencage vont bien plus loin que le simple plaisir de dire on a séquencé un génome en entier.  [...]

Séquençage de l'ADN

Ah, si on ne connait rien de la séquence, c'est différent. On peut par exemple la cloner dans un vecteur connu et l'utiliser comme matrice de séquençage, mais on peut aussi utiliser des amorces aléatoires. Qu'il y ait un overlap n'est pas un problème si on a suffisamment de lecture. Renseigne toi sur le shotgun sequencing.  [...] Contrairement a la PCR classique, qui utilise un couple d'amorces (qui du coup borne la zone amplifiée), on n'utilise qu'une seule amorce en séquençage. Du coup, à chaque cycle, l'amplification démarre depuis cette amorce et sur un seul des deux brins, il peut y avoir n'importe quel autre ADN qui traine, il ne sera pas amplifié tant qu'il ne comporte pas la séquence de l'amorce.  [...]

recherche d'un contact par mail avec un laborantin

Quand au fait de pouvoir séparer l'ADN de plusieurs dans un même échantillon, cela n'est pas possible avec les techniques dites classiques. Avec un séquençage de troisième génération (séquençage plus rapide et avec moins de matériel génétique), cela doit être possible, et encore, probablement difficile.  [...] Mais cette technique a perdue une grande part de son intérêt depuis les programmes de séquençage massif (et heureusement.).  [...]

[Génétique] taux de mutation

Dans le SNP's profile j'observe l'apparition de seulement 5 SNPs, dans le cas présent, 1 SNP est clairement de la sélection vu que l'on peut voir ce SNP dans le séquençage de l'échantillon de départ à très bas bruit et que sa fréquence augmente au cours de l'expérience mais les 4 autres SNPs ont un profile très particulier.  [...] Mon problème c'est les maths derrière tout ça. J'essaie de calculer théoriquement qu'elle serait la probabilité d'avoir 2 SNP sur le même chromosome et ce sur 2 chromosomes indépendants. Sachant que l'efficacité de la DNA polymerase est de 10^-10 (avec l'efficacité de la machinerie de réparation) et que le génome de ma souche est de 3,3.10^7bp.   [...]