• Forum - Séquence, RBS, Site, Promoteur

[Biologie Moléculaire] analyse gène

on me demande d'analyser une séquence d'un gène d'une espèce bactérienne et de repérer ses promoteur et ribosomes bindings site.  [...] Chez les bactéries l'initiation de la traduction se fait après association du ribosome avec une région contenant un site de fixation pour la petite sous unité du ribosome. Cette région (Ribosome Binding Site ou RBS) renferme une séquence complémentaire de l'extrémité 5' de l'ARN 16S (le Shine-Dalgarno.  [...]

[Biologie Moléculaire] Résumer Génétique (absurde)

Je m'explique sur ce terme. pour moi un promoteur au niveau de la transcription, un réplicon ou origine de réplication dans la réplication, ou une séquence comme la séquence Shine Dalgarno dite site de fixation du ribosome, sont ce qu'on appelle des pistes d'atterrissage.  [...] Non je n'ai pas fais d'erreur, le site d'initiation est bien la TATA box, je n'ai pas précisé qu'elle était située géographiquement dans le promoteur mais il ne s'agit pas vraiment d'une séquence promotrice (sous entendu d'un lieux de fixation de facteurs de transcription).  [...]

[Génétique] Proposition d'expériences pour travaux futurs

*soit (et là je ne suit vraiment pas sûr), une mutation positive en CIS sur la séquence RBS (ribosomal binding site) de l'ARN où vient se fixer le ribosome.  [...] La quantification de relA faite par les auteurs ne prouve en faite pas grand chose car le contrôle interne, hrdB, n'en n'est pas un car représente un gène de ménage ou promoter stringent donc forcément une cible de l'alarmone ppGpp, ce qui fait diminuer l'expression d' hrb après un stress.  [...]

Codon initiateur et protéine

Les bactéries possède en amont du codon start AUG (donc dans le 5' UTR) une séquence RBS (Ribosome Binding Site) qui permet de recruter la sous-unités 30S du ribosome. Le RBS bactérien est appelé Séquence Shine-Dalgarno et c'est un motif riche en purine. La séquence Shine-Dalgarno permet le recrutement de la sous-unité 30S car celle-ci possède un ARNr 16S qui a une séquence Anti Shine-Dalgarno (ASD).  [...] Ce n'est pas un RBS car il ne permet pas la liaison du ribosome mais l'initiation de la traduction. Une fois cette séquence trouvé, la grosse sous-unité peut être recruté et la traduction commence.  [...]

[Biologie Moléculaire] ARNm polycistronique

Chez les procaryotes, vous connaissez particulièrement bien les opérons =. Exemple type des ARN polycistroniques. (Attention, tous les gènes bactériens ne sont pas regroupés en opéron, même si c'est fréquent.) Ceci est possible avec un seul promoteur, et des séquences RBS ou Shine et Delgarno entre chaque séquence codante pour que les ribosomes puissent traduire les différentes chaînes polypéptidiques (protéines).  [...] Comme chez les eucaryotes c'est la coiffe qui permet la fixation du ribosome, la coiffe étant en 5', le ribosome va traduire jusqu'au premier codon STOP qu'il rencontre en allant vers le 3'. De ce fait, il faudrait un promoteur entre chaque région codante.  [...]

[Biologie Moléculaire] la transcription et la traduction à partir d'une séquence en bases

Déjà on ne dit pas le codon +1 mais le point +1 qui est la base à partir de laquelle débute la transcription d'un gène. Donc l'écriture de la séquence de l'ARNm commence à partir de ce point, donc 5'-AACCUUUUAUUCAC/.../UAAAUC-3'. Ensuite, au RBS suit un ATG d'initiation de la traduction, celui de cet exercice est situé 6 bases après le site RBS.  [...] L'ARNm est toujours plus long que la protéine qu'il code. C'est pour cela qu'on parle de partie 5'-UTR et 3'-UTR (UTR = untranslated region = région non traduite). Bref, je ne veux pas vous embrouiller plus. On place le point +1 sur le brin codant, cela facilite la lecture et les analyses, sinon il faudrait complémenter le brin matrice pour avoir la séquence codante, complexification inutiles.  [...]

[Biotechnologie] Fabrication d'une protéine d'intérêt ?

Il manque une étape entre la production du cDNA et la transfection dans les cellules. Le cDNA est inséré dans un vecteur d'expression qui contient outre les éléments classiques d'un vecteur (Ori, MCS, marqueur de sélection) un promoteur de transcription ainsi qu'un RBS (ribosome binding site) qui va permettre la traduction du transcrit.  [...] Un vecteur d'expression est un plasmide (un morceau d'ADN spécifique des bactéries) circulaire qui a été trafiqué dans sa séquence pour être utilisé pour exprimer des protéines. En gros, on utilise habituellement des enzymes de restriction pour couper l'ADN et introduire de l'ADN, ce plasmide en contient beaucoup, positionner après un site qui induira la trancription du fragment ajouté en ARN.  [...]

fusion transcriptionnelle et traductionnelle

application. l'étude de la régulation transcriptionnelle d'un promoteur...par exemple. Y a t-il quelqu'un dans la salle qui peut m'aider à mieux comprendre cette application.  [...] en pratique une fusion traductionnelle chez K12 est constituée d'un ensemble promoteur + RBS + gene1 (sans stop) + gene2 complet fusionné en phase (option. linker),  [...]

Protéine recombinante, promoteurs du vecteur d'expression

2/ On choisit un promoteur inductible. Si j'ai bien compris son interet est de pouvoir réguler la synthèse de la protéine en fonction de l'activité de la bactérie. Par exemple si la protéine synthétisé est toxique pour la bactérie on va chercher à ne pas la produire lors de la phase de multiplication bactérienne et lancer la production lors de la phase stationnaire.  [...] Pour ton gène bactérien, peut-être que c'est une séquence de type IRES, comme on les retrouve chez les eucaryotes, mais je ne sais pas si c'est valable pour les procaryotes... Il me semble mais je n'en suis pas sûr, je ne veux pas t'induire en erreur.  [...]

[Biologie Moléculaire] Tester la force d'un promoteur

Plus un promoteur est fort, plus le nombre d'enzymes codant le gène de résistance est important et la CMI sera élevée. La CMI est une information qui intéresse généralement les biologistes (jusqu'à quel dose d'antibio est résistante ma souche etc) et son amplitude de variabilité dépend du mode d'action du produit du gène (pompe à efflux inactivation de l'antibio etc.).  [...] Ouais enfin doser l'activite d'un promoteur via une difference de CMI, faut vraiment pas vouloir etre precis. Il est tres nettement plus precis de doser láctivite enzymatique, et pas le phenotype. De plus determiner la CMI d'une souche est une manip assez lourde, en tout cas bien plus que lacZ, Luc ou un autre du meme style et pas vraiment plus legere que la determination de l'activite CAT.  [...]