• Forum - Séquence, Protéine, Domaine

Questions de biochimie

Déduire un domaine transmembranaire d'une séquence primaire est assez difficile, la seule chose possible à l'heure actuelle est via un alignement de séquence des structures primaires entre ta protéine inconnue et une protéine connue et cristallisée dont on a défini un domaine transmembranaire.  [...] Sur base d'une homologie de séquence on en déduit une homologie de structure. Sinon les modélisations actuelles ne permettent pas encore d'estimer la configuration d'une protéine à partir de sa séquence primaire... on en approche depuis qu'on utilise des algorithmes liés à la physique quantique mais on en est encore loin.  [...]

[Divers] Epissage

Je suis pas très bien informé dans le domaine mais je pense que à partir du moment où l'on connait la séquence nucléotidique d'un gène et la séquence en acides aminés de sa protéine,ça ne pose pas de problème. En effet à partir du moment où tu connais la séquence d'un gène tu peux en déduire la séquence de l'ARN messager immature correspondant (par complémentarité).  [...] Il existe donc un mécanisme d'excission et de recollage de l'ARN messager immature. l'épissage. Donc pour résumer ton expérience. repérer un gène, le décoder, faire en sorte qu'il soit surexprimé spécifiquement (pour pouvoir trouver sa protéine correspondante) et le reste en découle.  [...]

[Evolution] les limites de la plasticité génomique des espèces?

En gros, une mutation favorable va être conservée, une mutation sans impact peut l'être, une mutation défavorable conduit le plus souvent à la mort de la cellule, tout cela en considérant quel gène est touché, est-il dupliqué, quel est son rôle, si c'est un gène de type II, quel domaine précisément de la protéine codée est touchée (domaine catalytique crucial ou domaine structural un peu modulable ).  [...] Il peut y aussi avoir carrément des recombinaisons, par exemple une séquence génique qui correspond à un domaine protéique particulier qui est recombinée au sein d'un gène existant. et PAF, te voilà avec une protéine qui possède un domaine supplémentaire, donc une fonction additionnelle ou modifiée.  [...]

technique du double hybride

Le principe repose sur l'utilisation d'un facteur de transcription avec deux domaines, un domaine de liaison à l'ADN et un domaine de transactivation.  [...] Ainsi pour avoir activation du gène rapporteur il faut une mise en contact du domaine d'activation au domaine de fixation. Ceci étant réalisé si il y a intéraction entre protéine X et Y.  [...]

[Biologie Moléculaire] Expression de protéines grâce au pGEX. DH5alpha ou BL21?

J'ai une autre question pour ceux qui ont un peu d'expérience. Jusqu'ici j'ai utilisé un clone qui s'avère produire une protéine avec un acide aminé différent par rapport à la séquence de référence MGI. Ma protéine est hyper conservée dans l'évolution et cet acide aminé modifié se trouve au milieu d'un domaine totalement conservé.  [...] Je suis en train d'analyser de nouveaux clones pour avoir la protéine parfaite. Cependant ma question est. est ce que c'est réellement grave quand on diverge d'un acide aminé dans un domaine conservé Est ce que vous utilisez toujours des clones codant pour des protéines parfaites pas Au contraire, avez vous eu des expériences malheureuses à cause d'une mutation.  [...]

[Biologie Cellulaire] Domaine transmembranaire

bonjour, juste si quelqu'un peut me dire qu'est ce qu'un domaine transmembranaire et aussi si le peptide signal de la séquence d'une protéine est un domaine transmembranaire.  [...] le peptide signal, ne me semble pas pouvoir être considéré comme domaine transmembranaire pour la simple raison qu'il est clivé (par une signal peptidase) après son insertion dans la membrane, puis, éliminé.  [...]

RNP et ribosome

À ne pas confondre avec la SRP qui contient de l'ARN et des protéines et qui donc est une ribonucléoprotéine, au même titre que les ribosomes.  [...] Le SRP possède 6 polypeptides + de l'ARN c'est donc une ribonucléoprotéine (= association de protéines et d'ARN). Le polypeptide de 54 kDa de la SRP possède 2 domaines. un domaine M et un domaine NG. Le domaine M se lie à la séquence signal de la protéine en cours de formation ainsi qu'à l'ARNm.  [...]

Pdb 2hyy

La structure de la protéine a-t-elle été obtenue pour l'ensemble de la séquence ou pour un domaine particulier de la protéine.  [...] Le proto oncogène vient probablement du fait que cette protéine est issue d'un proto oncogène, et que par extension on désigne aussi la protéine de cette façon, mais on a bien à faire a une protéine.  [...]

[Biologie Cellulaire] Trafic intracellulaire

elle est napée de ribosomes), la, le ribosome se lit au pore de translocation du RE, qui s'ouvre, faisant partir la protéine SRP, et la synthèse continue. La séquence SRP entre en premier et est coupée par la signal peptidase. Au cours de la synthèse, une autre région, le domaine transmembranaire (hydrophobe) est synthétisée, et reste bloqué dans le pore de translocation.  [...] Dans le cas d'une protéine transmembranaire de type-I, le ribosome se détache simplement du pore et fini la synthèse, aboutissant au final avec le N-Terminal côté luminal, le C-Terminal côté cytosolique.  [...]

[Biologie Cellulaire] recepteurs de l'acétyl choline

Les récepteurs muscariniques sont métabotropes (couplés à une protéine G dans ce cas) alors que les nicotiniques sont ionotropes. L'activation des métabotropes déclenche l'activation d'une protéine G (Gq ou Gi selon le type de récepteur muscarinique) et la cascade de signalisation associée.  [...] Ce n'est qu'une supposition mais peut-être que c'est en fonction de la séquence du domaine intracellulaire du récepteur, qui lui autorise de recruter une certaine protéine G et pas une autre.  [...]