• Forum - Séquence, Protéine, CDs

[Biologie Moléculaire] Gène Chevauchant ça veux dire quoi ?

Dans le cas d'un ARNm polycistronique, donc qui code pour plusieurs protéines, les séquences codantes ne sont là aussi pas collées les unes les autres. Il y à entre chaque des séquences dites 5'-UTR ( 5' Untranslated R egion ) et des sites 3'-UTR. Ces sites comprennent le lieu de fixation des ribosomes (la séquence Shine-Dalgarno) et un terminateur de transcription.  [...] Ce sont à proprement parler des séquences non-codantes car leur séquence ne se retrouve pas dans la séquence de la protéine. La protéine est codée à partir du point +1 de transcription, c'est à dire à environs une dizaine de paire de bases du site Shine Dalgarno et se termine quelque part dans le terminateur.  [...]

clonage overlap... problème

Tout d'abord est-ce que je dois designer mes primers en utilisant la séquence d'ADNg du gène codant pour ma protéine ou bien est-ce que je dois utiliser la cds ou la séquence d'ADNc.  [...] Comment est-ce que je peux identifier la séquence d'ADN correspondant au peptide signal de ma protéine (je connais le peptide signal mais je ne sais pas comment identifier quelle partie de la séquence d'ADN correspond à ce peptide signal). Est-ce que je dois faire un blastx.  [...]

[Biologie Moléculaire] qu'est ce qu'une ORF?

Pour approfondir, une ORF peut codé un ARNm qui va coder pour plusieures protéines (cas d'une polyprotéine dont le nom m'échappe) donc dans une ORF, dans ce cas, plusieures régions codantes d'où plusieures cds.  [...] En fin de compte ce n'est pas compliqué, une ORF = séquence d'une taille entre deux codons stops. une CDS = séquence comprise entre un codon initiateur et un codon stop.  [...]

[Génétique] Programme génétique et cellules

En effet, un gène peut être +/- transcrit, donc +/- exprimé, grâce entre autres à des protéines qui peuvent se fixer sur l'ADN, ou qui peuvent induire des modifications de l'ADN (pas des modifications de la séquence nucléotidique en elle-même.). C'est comme ça par exemple, que des cellules du foie peuvent être différentes des cellules musculaires.  [...] Ce que je disais c'est que si tu prends un gène codant une protéine, tu auras dans la séquence un codon initiateur, puis les autres codons et à la fin un STOP, dans cet ordre. Le codon est ce qui définit un acide aminé et l'enchaînement que je viens d'énoncer s'appelle une CDS (CoDing Sequence).  [...]

Bases de données 3'UTR

Le souci est que ce feature est rarement présent (en faisant une recherche je trouve 47836 séquences). COmment puis -je faire pour récupérer un maximum de données tout en étant cohérentes et valides.  [...] J'avais pensé récuperer le dernier résidu du CDS et faire une sous-chaine de cette position à la fin de la séquence, mais le souci est que souvent les CDS sont partiels.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème de compréhension avec genemark

Ce sont les cas possible si je prends n'importe quel bout d'une séquence. Soit elle sera codante et il y aura une CDS dans au moins une des phases (1,2,...), soit elle ne sera pas codante.  [...] Bien sûr, il faut après vérifier que cette prédiction ait une réalité. tu fais un blastx contre Uniprot, par exemple. Le résultat de ces 2 manips devrait te permettre de dire si oui ou non, ton bout de séquence est possiblement une CDS.  [...]

[Biologie Moléculaire] qu'est ce qu'une ORF? - Page 2

Déjà, une ORF, ce n'est pas entre 2 codons stop mais entre un codon start et un codon stop et ça code putativement (et c ce mot qui est important) une protéine ou un polypeptide.  [...] Le plus important est que tu donnes ta définition dans le papier. Plusieurs définitions ont été écrites et en ce qui me concerne, je te conseillerai de dire que c'est une séquence d'ADN commençant par un codon d'initiation et se finissant avec un codon stop codant putativement pour une protéine.  [...]

mon grand-père est trop fort pour moi

Ta réponse n'est pas bête, je dirai qu'en fait on séquence les gènes entiers (cela implique les promoteurs) et non pas les ORF(=CDS=séquences codantes).  [...] Oula la définition d'un gène. un gène est une séquence d'ADN qui détermine la séquence ( code )d'une ou plusieurs protéines et les modalités de son expression (je fais réference au promoteur). Cette définition a des contre-exemples (protéines codées par 2 gènes, gènes d'ARNr qui ne codent donc pas des gènes) et trouvent surement d'autres limites donc oui la définition de ton grand-père est réductrice.  [...]

[Génétique] comment savoir le mutations d'un gène que l'on a trouvé jusqu'à maintenant?

dans mon projet je dois cibler les exons (d'un gène humain) les plus touchés par les mutations pour travailler là dessus vu que je ne peut pas séquencer tout les exons de ce gène.  [...] Pour ce qui te concerne, descend assez bas dans ta sequence jusqu'à arrivé à feature et la tu auras tes exons, CDS, introns etc tu n'auras qu'à lire ce qui est écrit =) si tu souhaites plus de détails (ATCG par ex), il y a normalement toute la séquence au complet plus bas dans la page =) voilà j'espère que cela t'aidera.  [...]

[Génétique] Production d'interleukine 2

J'ajouterais qu'une production en cellule procaryote me parait-être peu intéressante. cette protéine est glycosylée à différents niveaus, et d'après une brève recherche sur google cela a une forte incidence sur son activité biologique. De plus, je ne suis pas pour la production de protéine de cette taille en cellules procaryotes (problème de production en corps d'inclusions...).  [...] Il faudrait déjà que tu choisisses ton système de production (eucaryote me parait le mieux..), que tu choisisses ton vecteur (un plasmide me parait pas mal, avec un tag pour la purification), que tu trouves la séquence cDNA de l'IL2 (sequence CDS sur pubmed), que tu définisse ta stratégie de clonage (les bonnes enzymes de restriction en fonction de ton plasmide et de ton insert), tu fais une ligation, puis une transformation en bactérie.  [...]