• Forum - Séquence, ORF, Protéines

[Génétique] analyse génique

je suis actuellement étudiant en thèse et je travail sur un cluster génique bactérien. J'ai déjà une bonne partie de la séquence avec les ORF et les protéines putatives. Cependant j'aimerai avoir une prédiction de la localisation des terminateur, stem loop, promoteurs.  [...] - Pour les terminateurs et steem-loop, cherche des séquences en inversées répétées. le mieux c'est de prendre une séquence en fin d'ORF et/ou d'opéron et l'aligner avec elle même en antiparrallèle. Sinon, il y a cela mais je ne sais pas ce que ca vaut. http.//transterm.cbcb.umd.edu/.  [...]

Définition d'un Pseudogène .

S'il y a similitude au niveau de la séquence des nucléotides (blastn) mais qu'il est très difficile de reconstituer la protéine (accumulation de sauts de phase), la séquence étudiée risque d'être un pseudo gène.  [...] Si ton gène coupé en 2 donne 2 protéines fonctionnelles et si celles-ci correspondent aux 2 régions de la protéines ancestrale, on peut dire qu'il y a orthologie entre les domaines ancestraux et les protéines actuelles. Si ces 2 protéines sont vraiment traduites, tu ne peux pas mettre ce gène dans la catégorie pseudogène.  [...]

[Biologie Moléculaire] qu'est ce qu'une ORF?

Une ORF peut contenir plusieures CDS (cas des ORF de transposons ou de polyprotéines) qui d'ailleures ne contiennent elles que des exons (pas d'introns) mais une ORF peut ne contenir aucune CDS (par bioinfo, on penser que la région pouvait coder un ARNm mais in vivo y'a rien).  [...] Pour approfondir, une ORF peut codé un ARNm qui va coder pour plusieures protéines (cas d'une polyprotéine dont le nom m'échappe) donc dans une ORF, dans ce cas, plusieures régions codantes d'où plusieures cds.  [...]

[Biologie Moléculaire] qu'est ce qu'une ORF? - Page 2

Une ORF, c'est une séquence entre 2 codons STOP, soit l'intégralité des possibilités de codage d'une séquence sur les 2 brins. Je parlerai presque d'un outil qui permet de repérer des CDS (une séquence qui a un codon STOP en phase avec un codon START).  [...] Le plus important est que tu donnes ta définition dans le papier. Plusieurs définitions ont été écrites et en ce qui me concerne, je te conseillerai de dire que c'est une séquence d'ADN commençant par un codon d'initiation et se finissant avec un codon stop codant putativement pour une protéine.  [...]

Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN

Si ta sequence d'ADN est codante (ce qui est probable vu que les genomes viraux sont denses), alors tu peux traduire ta sequence en proteine et faire une recherche, comme le disait john, mais cette fois au niveau proteique, ca pourra te donner des elements de reponses plus significatif, voir eventuellement identifier des domaines fonctionnels ou des motifs proteiques.  [...] bonsoir, voilà j'ai une protéine P1 et je n'arrive pas à trouver la séquence d'ADN correspondante en utilisant BLAST. Par contre j'ai pu déterminer le blastp grâce à la séquence Fasta, quelqu'un pourrait m'aider.  [...]

[Biotechnologie] Race PCR

On fait ce qu'on veut. Ici c'est rapid amplification of cDNA end, donc c'est uniquement cela qui est explicité. Généralement, le but est de déterminer la séquence 5' inconnue d'un ADNc (et de là de l'ARNm dont il provient). Donc ensuite on peut prendre le produit de la PCR que j'ai rapidement expliquée ci-dessus comme matrice, la queue poly-dT comme amorce, les 4 dNTP plus 4 ddNTP puis faire un séquençage de Sanger.  [...] A partir de la séquence intégrale de l'ARNm, on peut déterminer le codon d'initiation en effet. Dans la plupart des cas, le codon d'initiation au début de l'ORF la plus longue est le bon. voir ORF Finder sur NCBI. Les vérifications expérimentales adéquates s'imposent bien entendu.  [...]

recherche d'opéron dans une séquence nucléotidique

je cherche des logiciels de bioinformatique qui me permettent de chercher les opérons, les promoteurs ainsi que les séquences 5' et 3' UTR dans une séquence nucléotidique chez les procaryotes.  [...] Pour rechercher un operon, le plus simple est de le faire avec des outils bioinfo disponible sur le net inbiogen. Tu recherches les differents ORF de ta sequence, si des ORF sont trés proches tu recherches en amont de chacune un promoteur... et tu auras tes eventuels operons (1 promoteur pour 2 à 5 genes).  [...]

Gel Shift : problème avec la compétition

Ca arrive souvent qd tes conditions ne sont pas optimales et/ou que l'affinite de ta proteine pour l'ADN est tres important. Tu peux essayer de mofier la composition du tampon de shift. Es tu sure que ta proteine se fixe sur cette sequence d'ADN Comment l'as tu identifiee.  [...] -Mon idée de la semaine. une chose diffère avec les manip de compétiton des autres auteurs. La protéine fixe la séquence X qu'elle soit phosphorylée ou non. Mais ils ont fait leur compétiton avec la protéine phosphorylée. Je pense essayer ça. Pense-tu que ça pourrait être une bonne explication à mon problème.  [...]

unité de transcription complexe eucaryote..

Ceci dit, au cours de ce fil, j'ai comme l'impression qu'il y a une belle confusion entre ORF et le gène. Car ce dernier est bien composé du signal de fin de transcription, du promoteur minimum, de l'ORF ainsi que de séquence cis-régulatrices. Par contre l'ORF (qui lui seul code pour le produit final du gène), lui, est borné par le codon initiateur et un codon stop et ne contient pas le signal de fin de transcription.  [...] Oui mais si cet ensemble (qui part d'un promoteur et qui va jusqu'à un signal de fin de transcription) contient en réalité l'information de 2 gènes,c'est à dire si je en me trompe pas. ORF du 1er gène, ORF du 2ème gène et des séquences cis-regulatrices (=introns), et que manifestement l'ARNpol ne permet pas de distinguer les 2 ORF, comment ces derniers sont-ils distingués lors de la traduction.  [...]

[Génétique] Déterminer l'ORF d'un gène?

j'ai un problème, j'ai une séquence d'un gène et je voudrais trouver son ORF. En recherchant les ATG je trouve des dizaines de possibilités.. HELP y a t il des sequences consensus qui peuvent m'aider à l'identifier.  [...] regarde sur ORFfinder tu lui entre tout simplement ta séquence et lui il te donne les différentes ORF possible avec plus ou moins de propabilités.  [...]