• Forum - Séquence, éléments, Réponse, ADN, Facteurs

[Génétique] enhancers

Un enhancer c'est un séquence activatrice de gènes qui sont plus ou moins loin alors que les éléments de réponse c'est des séquences d'ADN qui activent la transcription et qui sont reconnu par des facteurs de transcription.  [...] Un élément de réponse est une séquence d'ADN de quelques paires de bases sur laquelle se fixe un facteur de transcription. Cette séquence correspond donc à quelque chose de précisément défini. Il se cache sous ces terme la notion d'interaction chimique entre l'ADN et une protéine.  [...]

elements de réponse Promoteurs

Si j'ai bien compris, ces éléments de réponse sont des petites séquences d'ADN dans les promoteurs des Genes de classe II (si on considere l'ARN Pol II) qui sont reconnues par les facteurs de transcription. Du coup pour moi ils correspondraient aux séquences reconnues par des facteurs généraux par exemple TATA box (reconnues par TBP deTFIID).  [...] Es ce que la CAAT box est une élément de réponse des promoteurs Quels peuvent bien être les autres Je ne voit pas d'autres séquences connues des promoteurs de gènes de classe II.  [...]

Comment est fait un promoteur ?

lorsque l'on utilise ce terme, est-ce seulement pour désigner la séquence juste en amont du gène qui va fixer le complexe de transcription (un sorte de promoteur minimal ), ou est-ce qu'on y inclus également les éléments de réponse aux facteurs de transcription éventuels.  [...] Globalement, on caractérise les promoteurs forts ou faibles par la fréquence d'initiation par la polymérase. L'enjeu de cette fréquence se retrouve en partie avec les facteurs transcriptionnels, mais aussi la boîte TATAA dont la séquence, qui varie légèrement d'un gène à l'autre, est plus ou moins efficace dans sa reconnaissance par l'ARN polymérase.  [...]

[Biologie Moléculaire] traduction terme technique: inverted-repeat transgene

inverted repeat est tout simplement une séquence d'ADN pr ésentant deux domaines inversés l'un par rapport à l'autre. AAGCCT_TCCGAA. Dans le cas des récepteurs nucléaires, on a parfois des éléments de réponse sur des promoteurs qui sont soit des direct repeat, dans le même ordre, ou des inverted repeat, inversés comme dans mon exemple.  [...] bein si c'est inversé, pour que ce soit hybridable lorsque la séquence se replie sur elle-même, il faut obligatoirement que ce soit inversé. Exemple, tu prend une feuille de papier et tu trace des traits de couleurs de cette façon. vert-rouge, un espace blanc, rouge-vert (donc inversé).  [...]

biologie cellulaire, transcription ARN

La fixation et l'activation de l'ARN polymérase sont contrôlées par des facteurs de transcription (éléments trans-régulateurs) qui se fixent au niveau de séquences cis-régulatrices spécifiques appelées enhancer et silencer, situées à des distances variables du site de démarrage de la transcription.  [...] Donc dans la séquence promotrice, on trouve de nombreux sites de fixation à la fois pour des facteurs spécifiques de la transcription qui vont être engagés en fonction du contexte cellulaire ou plus généralement physiologique (on trouvera des récepteurs hormonaux nucléaires par exemple) et pour les facteurs généraux de la transcription qui seront chargés de recruter les éléments classiques en jeu dans la transcription (comme le facteur TFIID qui se fixe sur l'ADN au niveau de la boîte TATA et sert de point d'ancrage à l'ARN Polymérase II).  [...]

[Biologie Cellulaire] Effet des éléments de réponse

Ma question concerne uniquement les éléments de réponse dans le cas d'une signalisation cellulaire faisant intervenir des facteurs de transcription spécifiques tels que les couples récepteurs/hormones stéroidiennes. Si j'ai bien compris mon cours, on peut avoir plusieurs éléments de réponse sur un seul et même gène car ce dernier est dépendant de x facteurs.  [...] Merci de vos réponses qui me permettent en effet d'y voir un peu plus clair. Par contre je crois que j'ai eu une confusion entre gène et ADN. L'ADN porte plusieurs gènes qui ont chacun un élément de réponse ou plusieurs Et si j'ai bien compris sur une partie de l'ADN on retrouvera plusieurs éléments de réponses ayant des effets opposés selon le type de couple Ligand/R qui le fixe et donc l'effet voulu l'emporte (ect aldostérone qui a un effet opposé au facteur natriurétique auriculaire).  [...]

[Biologie Moléculaire] Cis et trans

Je ne suis pas certaine de comprendre. L'élément trans est un élément ayant les propriétés de séquence d'ADN qui va aller s'accoler sur l'élément cis L'élément cis servirait de support Est-ce bien cela.  [...] Je n'en suis pas totalement sûr mais je crois que ces dénominations visent à pr éciser si l'élément est physiquement indépendant (trans) ou pas (cis) de la molécule d'ADN. les facteurs trans sont mobiles, ils interagissent avec la molécule d'ADN. les éléments cis sont des séquences d'ADN génomique.  [...]

Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN

Si ta sequence d'ADN est codante (ce qui est probable vu que les genomes viraux sont denses), alors tu peux traduire ta sequence en proteine et faire une recherche, comme le disait john, mais cette fois au niveau proteique, ca pourra te donner des elements de reponses plus significatif, voir eventuellement identifier des domaines fonctionnels ou des motifs proteiques.  [...] Blast, c''est le plus facile et le plus lisible c'est blast, ORF contre ORF, mais fait aussi un Blast ADN vs ADN, car si il y a une erreur de séquence provoquant un stop ou un décalage de cadre (dans la tienne, ou dans la banque) tu peux perdre de l'info, il y a beaucoup d'erreurs dans les banques, par ex fais un Blast en utilisant le polylinker d'un pUC quelconque, tu verras.  [...]

[Génétique] Protéines

Un gène est une séquence nucléotidique permettant la synthèse d'un (ou de plusieurs) produit(s) (ARN ou protéines) ayant une fonction dans la cellule. Un gène est constitué de la séquence transcrite ainsi que des séquences qui permettent de réguler cette transcription (cf. la première réponse que je t'ai donné).  [...] Il y a quand même quelques imprécisions quant aux récepteurs des oestrogènes. Il s'agit d'un facteur de transcription inductible par son ligand. Pr ésent dans le cytoplasme il change de conformation et peut alors pénétrer dans le noyau où il se fixe sous la forme d'hétérodimère sur ses éléments de réponse (l'ADN).  [...]

[Biologie Moléculaire] différence entre éléments de réponse et éléments cis-régulateurs

SVP, est ce que il y a une différence entre les éléments de réponse aux hormones et les éléments cis-régulateurs. si oui, c'est quoi cette différence.  [...] Parmi les éléments cis-régulateurs, on compte les éléments de réponse. Mais d'autres éléments cis-régulateurs ne sont pas des éléments de réponse, comme la séquence de polyadénylation par exemple.  [...]