• Forum - Séquence, Consensus, Intérêt

[Génétique] Comment identifier les promoteurs contenant une sequence consensus d'intéret

[Génétique] Comment identifier les promoteurs contenant une sequence consensus d'intéret.  [...] Comment identifier les promoteurs contenant une sequence consensus d'intéret.  [...]

séquence consensus

Donc la seule chose que j'ai compris au cours c'est que la séquence consensus intervient dans la période d'initiation de la réplication... et je n'ai rien suivi de l'explication concernant cette séquence à cause d'un guignol qui avait décidé d' biiip tout l'amphi en parlant aussi fort que la prof.  [...] Les sites internet que j'ai pu visiter n'étant pas assez vulgarisés,je vous pose la question. qu'est-ce qu'une séquence consensus Comment la reconnait-t-on et de quelle manière intervient-elle dans la réplication.  [...]

[Biologie Cellulaire] mise en évidence d'une phosphorylation

immunoprécipitation anti-protéine d'intérêt, western blot anti-kinase. Pour approfondir la spécificité de phosphorylation de votre protéine, vous pouvez faire de la mutagenèse dirigée sur la séquence consensus (par sur la sérine ou thréonine potentiellement phosphorylée par contre), qui devrait empêcher sa reconnaissance par la kinase.  [...] Edit. désolé je n'avais pas bien regardé la séquence consensus. c'est une thréonine qui est phosphorylée. Ce qui explique mon hésitation dans mon message sur sérine et thréonine.  [...]

Mutation?!

Ce que je ne pige pas c'est la chose suivante. comment peux-tu affirmer d'un côté que c'est une séquence consensus et d'un autre dire que ça ne supporte aucun changement Cela signifierait que pour les promoteurs possédant TATAAA par exemple alors que la séquence consensus est TATAAT, on parlerait obligatoirement de mutation.  [...] Eh ben, effectivement, je croyais qu'une séquence consensus, était la même séquence partout, or ce n'est pas le cas d'après ce que m'as dit, donc il y a un polymorphisme si on veut d'un promoteur a un autre.  [...]

[Biologie Moléculaire] Résumer Génétique (absurde)

Je ne suis pas non plus rentré dans les détails des sites de fixation des FT et FR. Et sinon une séquence discrète n'a rien à voir avec un intron, il s'agit d'une séquence qui n'est pas une séquence consensus (du moins pas détectée par les algorithmes d'alignement de séquence).  [...] .. J'ai toujours lu sur internet et dans les bouquins que la TATAbox était une séquence promotrice pas la seul bien entendu mais elle fait parti des séquences consensus. Et puis qu'elle est l'utilité de me parlé de séquence discrète je ne fais aucunement référence dans mon commentaire sur ce type de séquence et puis précise ce que tu entends par séquence discrète car pour moi une séquence discrète c'est une séquence non codante donc un intron, je n'ai aucunement vue jusque là que séquence discrète voulait dire une séquence non consensus.  [...]

structure prédictive de protéine et interaction ... tout un programme!!!

Déjà, est-ce que la séquence consensus d'arrimage de la kinase sur ses substrats est connue Est-ce que sa séquence consensus de phosphorylation est connue Ces séquences sont-elles présentes sur la protéine qui interagit avec la kinase.  [...] c'est pour cela que je voulais voir si il était possible d'envisager un traitement informatique à partir des deux séquences pour voir si une interaction autre était possible.  [...]

[Biologie Moléculaire] Technique SELEX aidez moi!

3. On disposent de fragments qu'on espère pouvoir exploiter pour obtenir la séquence consensus. Ce que l'on va faire c'est simplement un clonage des fragments. Des colonies seront piquées, amplifiées puis séquencées. L'analyse de toutes les séquences nous donnera la séquence consensus.  [...] Vous allez donc avoir une collection de fragments identifiés qui vont vous permettre de déterminer une séquence consensus de fixation.  [...]

obtension d'une séquence consensus..comment?

je m'interesse à la construction d'une séquence consensus à partir de l'alignement de 6 séquences nucléotidiques. J'ai utilisé le CLC sequence viewer ainsi que Jalview mais il y a des positions où le logiciel ne peut pas trancher et met un point. Je trouve pas mal de fois que 50% des séquences ont le nucléotide C et 50% ont le T par exemple.  [...] Ce résultat est tout à fait normal, une séquence consensus est par définition la plus proche possible de toutes les séquences de ton alignement. Comme tu as un nombre pair de séquences, il est donc logique de trouver des positions avec 50% C et 50% de T, impossible alors pour le programme de trancher, d'où le point.  [...]

Code génétique

Pour le séquençage par la méthode de Sanger je ne comprends quand on prend par exemple le ddGTP pour trouver combien on obtient de fragment, on doit couper à chaque fois qu'on rencontre un G dans la séquence.  [...] Juste pour apporter une précision. C'est que le codon initiateur (AUG) n'est pas n'importe quelle codon AUG. L'initiateur est toujours a l'interieur d'une séquence consensus qu'on appelle séquence de Kozac.  [...]

[Génétique] Traduction des protéines

La sequence SD interagit avec l'ARnr 16S alors que ce n'est pas du tout le role du contexte de kozac (ce n'est d'ailleur pas une sequence, mais plutot un motif consensus). Ce dernier prédit qu'un codon AUG sera plus ou moins efficace pour initier la traduction chez les eucaryotes.  [...] Et moi aussi je parle plus volontier d'un motif ou plus généralement d'un consensus de Kozak plutôt que d'une séquence. De plus Yoyo a raison, il ne faut pas confondre le consensus de Kozak qui marque le codon initiateur et le site de liaison du ribosome qui sera soit au niveau du 5'cap soit au niveau d'un IRES.  [...]