• Forum - Séquence, Amorces, Complémentaires

[Biologie Moléculaire] Reverse transcriptase

Cette dernière est la transcription (inverse) d'un RNA, vers son DNA complémentaire. L'enzyme qui permet cette transcription inverse est une reverse transcriptase souvent extraite des rétro-virus.  [...] -0-1 minute. 56-64°C (dépendant de la séquence et la taille des amorces). Fixation des amorces sur les sites complémentaires.  [...]

[Biologie Moléculaire] Clonage avec plasmide

Les amorces sont des oligonucléotides (en général environ 20nt), qui permettent d'encadrer sur les deux brins 5'3' et 3'5' la séquence que l'on veut amplifier. Ce sont donc des amorces qui permettent de donner un substrat de base à partir du quel les polymérases penvent continuer à générer des brins complémentaires d'amplification.  [...] Séquencer ne donne pas physiquement le fragment. Il faut que vous ayez déjà le ou les fragments pour pouvoir les séquencer (littéralement. en connaître la séquence, l'enchainement des acides nucléiques qui les composent).  [...]

[Biologie Moléculaire] Arrêt de la fourche de réplication chez coli

Tu dois trouver un moyen c'est à dire un moyen qui existe déja o en trouver un nouveau et avoir un prix nobel Je suis pas expert mais je vois à peu près comment marche le complexe de duplication. Tu dois pouvoir jouer à plusieurs niveaux. Au niveau de l'ARNpol qui produit des amorces prolongées par les ADNpol (quoique le brin précoce ne serait pas trop affecté ou alors indirectement).  [...] Pour la spécificité la seule solution c'est reconnaissance d'une séquence particulière avec une amorces complémentaires qui se fixerait au simple brin après l'hélicase et avant l'ADNpol, c'est à dire au niveau de la flèche (photo en pièce jointe). Le problème c'est si tu le fait in vivo ça risque d'être difficile d' injecter mass amorces sans nuire à la bactérie.  [...]

amplification de l'ADN

Il est stipule que l'ADN-polymerase a besoin d'amorces en bout de sequence pour pouvoir la dupliquer. Cette amorce doit correspondre exactement avec le debut (ou fin) du brin d'ADN que l'on veut dupliquer.  [...] Si on reste dans le cadre de la PCR, la séquence d'ADN que tu as au départ sert de matrice et le brin synthétisé est complémentaire. Les amorces sont elles-mêmes complémentaires au brin matrice.  [...]

Enzyme Taq polymérase et réaction de PCR

J'aurais une question concernant la réaction de PRC. On utilise 2 amorces une sens et une anti-sens pour délimiter la séquence spécifique à amplifier. Chacune des alors s'hybride sur un brin après dénaturation du double brin. Puis L'enzyme Taq polymérase rajoute les désoxynucléotiques complémentaires, mais comment sait-elle quand elle doit s'arrêter.  [...] D'accord, merci pour votre réponse. Est ce que cela veut dire qu'on a toujours la même taille de brin néosynthétisé Les amorces encadrent la séquence à amplifier sur le même brin, ou on utilise les amorces sens et antisens pour les 2 brins ( 1 seule pour chaque brin dans 1 cycle ).  [...]

phages et S&V

Si on regarde ce qu'a séquencé Venter dans la mer des Sargasses la diversité des phages est assez faible. Il s'agis essentiellement d'un seul groupe de phage de cyanobactérie (qui est connu, car très abondant). J'ai eu le loisir de faire le même type d'étude mais avec une approche plus classique avec des amorces PCR (un peu comme on fait avec l'ARN16S des bactéries).  [...] Avec cette approche on détecte une bien plus grande diversité de phages parceque les amorces n'amplifie pas forcément l'ADN le plus abondant mais aussi celui qui colle le mieux avec la séquence des amorces. Les 2 approches sont toutefois complèmentaires car l'approche PCR ne cible qu'un seul gene et ne couvre pas la diversité du contenu en gène.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR avec mélange de champignons

Je ne pense pas qu'il s'agisse d'amplification des amorces puisque sinon j'aurai ce pic à la même température à chaque fois alors que quand j'utilise des champigons différents je n'obtiens pas la meme température.  [...] Moui... théoriquement, le premier amplicon s'ouvre donc la vitesses de libération du Sybr augmente, puis au moment où elle diminue, si l'autre commence à s'ouvrir et donc la vitesse continue à augmenter, donc non je pense que ça ferait un plateau.   [...]

Acides nucléiques

Alors généralement, les sites de restriction sont palindromiques. Le motif 5' GTATAC 3' pourrait en être un du coup, car le brin complémentaire serait aussi 5' GTATAC 3'. Mais bien sûr, toute séquence palindromique n'a pas forcément une enzyme de restriction qui lui correspond.  [...] Cette phrase n'a pas de sens j'imagine que tu parles de deux amorces pour faire une PCR Oui, tu peux comparer les Tm de deux amorces même si elles n'ont pas la même longueur. L'important est que les Tm soient proches (et que tes amorces n'aient pas de séquences complémentaires entre elle, et qu'elles ne forment pas de structure secondaire ).  [...]

Help please ! Design d'amorces pour l'insertion de 3 nt

Une des deux amorce correspond tout simplement à la séquence formée par les 15 premiers Nt. L'autre amorce correspond aux 15 Nt complémentaire des 15 derniers Nt de ta séquence à amplifier.  [...] C'est tout bête, il suffit d'appliquer le principe que j'ai énoncé précédemment, en fait. A savoir. Une des deux amorce correspond tout simplement à la séquence formée par les 15 premiers Nt. L'autre amorce correspond aux 15 Nt complémentaires des 15 derniers Nt de ta séquence à amplifier.  [...]

PCR : Amorces

Pour l'autre amorce, j'ai pris les nucléotides complémentaires des 21 premiers nucléotides en partant de la FIN de la séquence proposée.  [...] quand tout correspond, tu verifie que les extremitées (surtout 3') de tes amorces ne sont pas complementaires (une dans un sens l'autre dans l'autre quand tu vérifie) histoire de vérifier qu'elles ne s'hybriderons pas,  [...]