• Forum - Séquençage, Séquence, Erreur

[Biologie Moléculaire] Un p'tit récapitulatif...

Ensuite on a annoncé la fin du sequencage du genome... c'etait un sequencage de pres de 95% du genome me semble t'il (les regions dupliquées en etaient absentes), et ce n'etait encore qu'un brouillon... c'est a dire qu'il comportait encore des erreurs.  [...] BOn faut bien se rendre compte que quelquesoit la qualite des sequencage ilsera impossible d'obtenir une sequence sans la moindre erreur.  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquençage et métabarcoding

Soit il y a une seule plante dans l'échantillon. après amplification par PCR, vient le séquençage. J'ai vu qu'il existait plusieurs types de séquençage. pyroséquençage, séquençage par synthèse,... qui diffèrent par le nombre de fragments obtenus, la longueur des fragments, le taux d'erreur, le coût d'analyse par séquence.  [...] Ce que je ne comprends pas, c'est que ces techniques ne me semblent pas adapté pour ce que je veux faire, puisque j'ai vu (sauf erreur) que la longueur maximale pouvant être séquencée est 700pb (avec le pyroséquençage). Hors, avec de tels marqueurs, j'ai besoin de séquencer de plus longs fragments, existe-t-il d'autres méthodes de séquençage ou celles que j'ai cité peuvent le faire.  [...]

[Biologie Moléculaire] séquençage ADN

Pour nous aussi le service de séquencage demande des amorces à 2µM. Le problème vient peut être d'une erreur dans les dilutions.  [...] je suis d'accord avec Piwi, cloner le fragment a sequencer permet souvent de simplifier le séquençage. Maintenant je ne crois pas trop a la degradation du primer pour expliquer ton absence de sequence. en effet un primer degradé donne surtout un mélange de séquence, ce qui fait qu'il y a du signal mais c'est totalement illisible.  [...]

innovation genetique

Or si tu changes une base, tu as une nouvelle séquence, qui peut donner une protéine différente de l'ancienne.  [...] justement elles sont source d'innovation parce qu'on pourra (peut être le peut on déjà) à partir du séquencage dirigé une mutation et donc modifier en un point précis une mutation qui causait une erreur de lecture.  [...]

Séquençage de l'ADN

Ah, si on ne connait rien de la séquence, c'est différent. On peut par exemple la cloner dans un vecteur connu et l'utiliser comme matrice de séquençage, mais on peut aussi utiliser des amorces aléatoires. Qu'il y ait un overlap n'est pas un problème si on a suffisamment de lecture. Renseigne toi sur le shotgun sequencing.  [...] Ah je crois que j'ai compris ce que tu veux dire. en gros on accroche la séquence inconnue sur une autre connue (plasmide par exemple) et du coup on peut synthétiser la 1ère amorce complémentaire du plasmide et comme ça le séquençage va se poursuivre dans notre séquence inconnue.  [...]

sequencage du genome humain

En résumé, le séquencage d'un génome peut s'avérer très utile pour l'étude et la classification d'un organisme. Les portées du séquencage vont bien plus loin que le simple plaisir de dire on a séquencé un génome en entier.  [...] Du coup, peu importe l'humain ( sain de préférence, donc sans maladie pouvant affecté son génome ) choisi pour le séquencage. Les différents loci (lieu ou la séquence de ton gène se trouve sur ton chromosome) des différents gènes seront les mêmes chez tous les humains, toute proportion gardée pour les mutants bien entendu.  [...]

[Génétique] Quelques notions de génétique

Je précise qu'il s'agit d'onco-hémato dans l'article, notamment de mutations fréquemment associées à certains lymphomes et leucémies. (si ça peut aider ).   [...] Le read count... correspond au nombre de reads (surement obtenu par exome et deep sequencing) sur laquelle l'analyse est basée. Si il n'y a qu'un read alors la fiabilité est mauvaise (le variant peut etre lié à une erreur de séquençage), s'il y a 1000 reads il n'y a aucune chance que ca soit le cas.  [...]

définition d'une séquence en biologie

Le mot séquence peut faire référence à séquence protéique, séquence d'ADN (entendez séquence des bases d'ADN puriques ou pyrimidines), séquence d'ARN (l'uracile remplace la thymine dans le séquençage), ou alors séquence au niveau d'un fichier texte contenant la séquence d'une molécule biologique (branche de la bio-informatique).  [...] Merci pour vos réponses je voulais savoir une dernière chose. que se passe t-il pour la séquence du brin droit de l'ADN En quoi elle est différente de l'autre brin.  [...]

[Microbiologie] Problème pour l'analyse d'un article

Alors j'ai regardé vite fait et je pense qu'il s'agit d'un séquençage par extension d'amorces. Les lettres à gauche sont les 4 oligonucléotides A, T G et C composant la séquence d'ADN et les bandes en dessous indiquent quand il y a un A, un T, un C ou un G dans la séquence. Elle se lit en partant de ton amorce.  [...] Il ne reste plus qu'à regarder sur le gel séquençage à quelle base il correspond pour connaitre le point +1. Ainsi, en déterminant la séquence en amont et en aval de ce point, on connait sa localisation précise. Toutefois, il ne faut pas oublier de reverse-complémenter la séquence obtenue pour être en présence de la séquence codante, puisque l'extension d'amorce et le séquençage se font sur le brin non codant.  [...]

[Biologie Moléculaire] Sequençage amorce

Ma question porte sur le sequençage j'aimerai savoir quel était la methode pour bien choisir l'amorce dans une sequence je m'explique.  [...] Pour une PCR il faut 2 amorces l'une sens l'une antisens, mais qu'en est-t'il pour le sequençage Faut-il une sequence complémentaire, sens.  [...]