• Forum - Séquençage, Séquence, Erreur

[Biologie Moléculaire] Un p'tit récapitulatif...

Ensuite on a annoncé la fin du sequencage du genome... c'etait un sequencage de pres de 95% du genome me semble t'il (les regions dupliquées en etaient absentes), et ce n'etait encore qu'un brouillon... c'est a dire qu'il comportait encore des erreurs.  [...] BOn faut bien se rendre compte que quelquesoit la qualite des sequencage ilsera impossible d'obtenir une sequence sans la moindre erreur.  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquençage et métabarcoding

Soit il y a une seule plante dans l'échantillon. après amplification par PCR, vient le séquençage. J'ai vu qu'il existait plusieurs types de séquençage. pyroséquençage, séquençage par synthèse,... qui diffèrent par le nombre de fragments obtenus, la longueur des fragments, le taux d'erreur, le coût d'analyse par séquence.  [...] Ce que je ne comprends pas, c'est que ces techniques ne me semblent pas adapté pour ce que je veux faire, puisque j'ai vu (sauf erreur) que la longueur maximale pouvant être séquencée est 700pb (avec le pyroséquençage). Hors, avec de tels marqueurs, j'ai besoin de séquencer de plus longs fragments, existe-t-il d'autres méthodes de séquençage ou celles que j'ai cité peuvent le faire.  [...]

[Biologie Moléculaire] séquençage ADN

Pour nous aussi le service de séquencage demande des amorces à 2µM. Le problème vient peut être d'une erreur dans les dilutions.  [...] je suis d'accord avec Piwi, cloner le fragment a sequencer permet souvent de simplifier le séquençage. Maintenant je ne crois pas trop a la degradation du primer pour expliquer ton absence de sequence. en effet un primer degradé donne surtout un mélange de séquence, ce qui fait qu'il y a du signal mais c'est totalement illisible.  [...]

Séquençage de l'ADN

Ah, si on ne connait rien de la séquence, c'est différent. On peut par exemple la cloner dans un vecteur connu et l'utiliser comme matrice de séquençage, mais on peut aussi utiliser des amorces aléatoires. Qu'il y ait un overlap n'est pas un problème si on a suffisamment de lecture. Renseigne toi sur le shotgun sequencing.  [...] Ah je crois que j'ai compris ce que tu veux dire. en gros on accroche la séquence inconnue sur une autre connue (plasmide par exemple) et du coup on peut synthétiser la 1ère amorce complémentaire du plasmide et comme ça le séquençage va se poursuivre dans notre séquence inconnue.  [...]

[Génétique] Quelques notions de génétique

Je précise qu'il s'agit d'onco-hémato dans l'article, notamment de mutations fréquemment associées à certains lymphomes et leucémies. (si ça peut aider ).   [...] Le read count... correspond au nombre de reads (surement obtenu par exome et deep sequencing) sur laquelle l'analyse est basée. Si il n'y a qu'un read alors la fiabilité est mauvaise (le variant peut etre lié à une erreur de séquençage), s'il y a 1000 reads il n'y a aucune chance que ca soit le cas.  [...]

sequencage du genome humain

En résumé, le séquencage d'un génome peut s'avérer très utile pour l'étude et la classification d'un organisme. Les portées du séquencage vont bien plus loin que le simple plaisir de dire on a séquencé un génome en entier.  [...] autre question, basique. on ne detecte donc qu'il y a un gene a un endroit lors d'un sequencage simplement via des sequences bien définies (comme initiation de la transcription, terminaison, promoteurs,...).  [...]

[Biologie Moléculaire] Sequençage amorce

Ma question porte sur le sequençage j'aimerai savoir quel était la methode pour bien choisir l'amorce dans une sequence je m'explique.  [...] Pour une PCR il faut 2 amorces l'une sens l'une antisens, mais qu'en est-t'il pour le sequençage Faut-il une sequence complémentaire, sens.  [...]

[Génétique] Localisation d'un gène

Est-ce qu'on utilise des microsatellites ou des SNPs pour localiser le gène muté Est-ce qu'il faut séquencer le génome entier des parents et de l'enfant malade (analyse de trio) Et si on séquence on ne peut pas utiliser les microsatellites car comme ce sont des séquences répétées le séquençage ne sera pas bon (dîtes moi si je fais fausse route, ça ne m'étonnerais qu'à moitié...).  [...] Les deux techniques permettent donc de réduire la zone du génome dans laquelle on pense que se situe la mutation. Pour la préciser encore soit on densifie la carte en marqueurs, soit tout simplement on séquence la zone pour trouver la mutation (les coups de séquençage ont beaucoup baissés, ça devient possible sur quelques mégabases sans exploser le budget).  [...]

[Biologie Moléculaire] Pcr-sbt

Le séquençage des gènes est amplifie par PCR. Le SBT, de la PCR-SBT (Sequence-Based Typing), permet l'identification précise de tous les nucléotides de la région d'ADN amplifiée.  [...] Concernant la PCR-SBT, j'en ai rarement entendu parler. Le peu que je sais a été dit par Heloradana. c'est une méthode d'amplification classique qui permet en plus un séquençage de la séquence nucléotidique.  [...]

Probleme sequençage = faible homologie

j'ai sous-cloné un gène d'intérêt dans des vecteurs bactériens (souche xl1-blue) mais après séquençage (société externe), mon taux d'homologie avec la séquence d'origine et parfois de 100%, 95% voir même 30%.  [...] en général combien faut-il envoyer de clones au séquençage pour être sur d'avoir au moins une séquence avec 100% d'homologie par rapport à la séquence de départ.  [...]