• Forum - Séquençage, Amorces, Réaction

[Biologie Moléculaire] amorces PCR et séquençage

qqun pourrait-il me dire si on peut utiliser des amorces de PCR pour vérifier par séquençage la présence correcte d'un transgène après transfection je précise que les amorces marchent très bien en PCR et révèlent que le gène d'intérêt est bien là mais peut-on utiliser ces mêmes amorces ensuite dans une réaction de séquence.  [...] on ne le fait peut être que rarement parce qu'on préfère séquzencer la région d'insertion également, donc on préfère une amorce placée un peu en amont.  [...]

[Biologie Moléculaire] Mise au point des conditions PCR

*Pour les 10 % de genes qui n'amplifient pas. les primers ont été désignés à partir d'un séquençage haut débit d'ADNc d'un individu témoin. Donc les gènes que je recherche à partir de mes amorces sont forcément présents dans le génome de toutes les cellules de l'organisme témoin (même espèce, même variété, même individu).  [...] Est ce que tu purifies ton produit de PCR avant le séquencage Tes résultats laissent à penser qu'il y a plusieurs amorces dans ta réaction de séquence.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR positive puis négative

Si avec les gènes Qnr A et S, je n'ai aucun problèmes, les PCR destinés à mettre ne évidence QnrB me donne des résultats assez déroutants. Lors de ma première série de PCR, j'ai pu identifier un quarantaine de souches positives après dépôts sur agarose. Les produits d'amplification positif sont ensuite purifiés par exo-sap pour un séquençage du gène, avec les même amorces que celles utilisé pour la première PCR.  [...] Seulement sur les 40 souches testé 20 sont sortis négatives du séquençage, pensant avoir fauté quelque part j'ai retesté une réaction de séquençage sur ses souches sans conviction, j'avais séquencé d'autres gènes en mêmes temps, et bien sûr le séquençage fut négatif.  [...]

[Génétique] la PCR

En tout aussi indispensable, je dirai aussi le séquençage, car pas de séquences, pas d'amorces, pas d'amorces, pas de PCR. Le séquençage me semble indispensable.  [...] Donc pas de séquençage, pas d'amorces ( mais évidemment pas de synthèse d'amorces... pas d'amorces non plus, mais la c'est vraiment limite technologique qui est de pouvoir faire ce qu'on cherche à faire alors qu'on sait exactement ce qu'on veut faire ).  [...]

[Génétique] Amorce universelle M13 ?

Excusez-moi pour cette question naïve, mais je ne trouve pas d'info me permettant de comprendre sur internet. Je travaille dans un labo de biologie moléculaire qui fait essentiellement de séquençage et qui utilise des amorces M13. Je n'ai jamais vu cela en cours, est-ce que quelqu'un pourrait m'expliquer.  [...] Puis le contrôle se fait sur gel d'agarose soit 0.9% soit 2%. Ensuite on purifie avec Exosap. Et ensuite on prépare les cupules avec amorces de séquençage (parfois ce sont les mêmes amorces que pour la PCR) et la purification. C'est dans cette dernière étape que j'ai entendu parlé de M13, et donc je ne vois pas le lien avec les plasmides.  [...]

[Biologie Moléculaire] faisabilité de PCR avec amorce forward uniquement

[Biologie Moléculaire] faisabilité de PCR avec amorce forward uniquement.  [...] je me demande si on peut réaliser une PCR avec une seul amorce soit forward ou reverse. je me demande puisque c'est faisable pour le séquençage, c'est à dire pour la réaction de séquence où on ne met qu'un seul type d'amorce, pourquoi ne pas commencer depuis le début par un seul type d'amorce et ainsi générer un produit pcr qui contient un seul brin.  [...]

[Biologie Moléculaire] séquençage ADN

Pour nous aussi le service de séquencage demande des amorces à 2µM. Le problème vient peut être d'une erreur dans les dilutions.  [...] J'utilise 3,2pM pour la concentration des amorces en séquençage. Je fais sa directement dans mon labo et j'ai déjà utilisé cette concentration pour d'autres amorces et sa marche bien. Le problème et que j'ai vraiment rien du tout en séquence avec ces amorces.  [...]

[Biologie Moléculaire] Design de gène

Je dois étudier la méthylation sur le promoteur d'un gène par la technique du pyroséquençage et pour celà je dois designé des amorces de PCR et des amorces de séquençage.  [...] Il y a de nombreux programmes qui te proposent d'identifier ce genre de chose. En gros il ne faut pas de palindrome, pas de structure secondaires, un bon rapport GC/AT et un G ou C en 3', un Tm raisonable etc... et surtout suffisament long pour qu'il soit spécifique.   [...]

[Biologie Moléculaire] c'est quoi le rôle du formamide

je fais du séquençage d'ADN. Après la purification, la réaction du séquençage, la précipitation à l'éthanol, on mélange avec du formamide. Ma question c'est. c'est quoi son rôle.  [...] mais selon ce document c'est plutôt le contraire. le formamide déstabilise l'ADN et favorise sa dénaturation. non son utilisation serait donc dans le but d'avoir de l'ADN simple brin prêt à être séquençé.  [...]

Problème en biologie moléculaire

Pour le petit a, le mieux est de cribler une banque d'ADN génomique, tu prélève l'endroit marqué, tu l'étale sur boite de Pétri, tu recribles et là tu seras sûre que l'endroit où tu prélève correspond au clone contenant ton gène. Pour la PCR, il aurait fallu que tu ais 2 amorces encadrant le gène, donc dans ton cas c'était impossible.  [...] Mais ce qui reste efficace est le criblage de banques informatiques. Si tu connais la séquence de ta sonde, tu crible des banques informatiques d'angiospermes et d'oiseaux et tu vois si le pourcentage d'homologie est correct (je pense que ce pourcentage doit être supérieur à 80% pour qu'il y ait une bonne homologie).  [...]