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[Biologie Moléculaire] Arrêt de la fourche de réplication chez coli

Tu dois trouver un moyen c'est à dire un moyen qui existe déja o en trouver un nouveau et avoir un prix nobel Je suis pas expert mais je vois à peu près comment marche le complexe de duplication. Tu dois pouvoir jouer à plusieurs niveaux. Au niveau de l'ARNpol qui produit des amorces prolongées par les ADNpol (quoique le brin précoce ne serait pas trop affecté ou alors indirectement).  [...] Pour la spécificité la seule solution c'est reconnaissance d'une séquence particulière avec une amorces complémentaires qui se fixerait au simple brin après l'hélicase et avant l'ADNpol, c'est à dire au niveau de la flèche (photo en pièce jointe). Le problème c'est si tu le fait in vivo ça risque d'être difficile d' injecter mass amorces sans nuire à la bactérie.  [...]

[Biologie Moléculaire] méthodes d'identification bacteriennes

[Biologie Moléculaire] méthodes d'identification bacteriennes.  [...] Je suis à la recherche d'idées par identifier la présence ou l'absence d'une bactérie Burkholderia fungorum dans un produit contenant plusieurs espèces bactériennes différentes. je n'est pour le moment pas d'amorces spécifique, je souhaite trouver une méthodes de détection qui peuvent être réaliser en routine, j'ai pensé à faire des amorces spécifiques et une amplification PCR ou des mini array.  [...]

[Biologie Moléculaire] Ligation

Au fait, dans tes amorces de PCR tu as bien pensé à rajouter deux nucléotides en 5' car sinon l'enzyme de restriction risque de ne pas couper sa séquence.  [...] Le coup du gel est vraiment à n'utiliser que lorsque l'on obtient plusieurs fragments qui peuvent religuer et que l'on ne peut pas ciper. Et encore même là... Recemment je m'y suis risqué. Ca n'a rien donné et j'ai encore préféré screener mes clones plutôt que de persévérer dans cette voie du découpage de bandes.  [...]

[Microbiologie] Lactobacillus casei subsp. pseudoplantarum

J'aimerai savoir comment vous faites pour trouver les amorces (primer) spécifique à une espèce bactérienne.Il me faut ceux de Lactobacillus casei subsp. pseudoplantarum.Merci.  [...] D'accord, en faite j'ai un exposé à remettre sur cette bactérie,cette exposé doit inclure des séquences d'amorces spécifique à cette bactérie,alors j'aimerai savoir sur quel site je dois aller pour les trouver.  [...]

PCR sur colonie après insertion chromosomique... ?

deuxièmement, les mutations spontanées ça arrive, alors même si tu était en milieu stéril ++ et qu'aucunes bactéries externes ne s'est retrouvée dans ta boite, il y a tout de même un risque (très faibles, certes) que une de tes bactérie electroporée mais pour laquelle la transformation aurait pas réussi (donc qui ne contiendrai pas ton gène) se retrouve spontanément résistantes à la kanamycine (sans lien avec les résistances que tu insère avec ton ADN linéaire).  [...] EDIT, Ah oui et il y a aussi comme Tibosax l'explique la possibilité que ca soit pas intégré au bon endroit, ducoup ta bactérie aurait la résistance mais pas le construct, ducoup vu que tes amorces sont sur deux parties du génome qui seront éloignées, pas d'amplification.  [...]

[Biologie Moléculaire] Fragment attendu pour électrophorèse d'ADN

Actuellement en projet de recherche sur Staph aureus, nous avons extrait l'ADN de la bactérie, puis nous l'avons amplifié par PCR. Nous avons utilisé les amorces NucAF et NucAR. Nous attendions un fragment de 180 pb spécifique à Staph aureus. Lors de la lecture du gel d'agarose de l'électrophorèse nous avons bien eu des fragments mais ils ne sont pas de 180pb mais d'environ 270-300 pb.  [...] Savez vous pourquoi le fragment est différent de celui attendu.   [...]

Possible de faire une extraction d'ADN puis PCR sur E.coli ou entérocoques

Soit tu veux révéler la présence de la bactérie. tu effectue un prélèvement, tu innocule des boites de pétrie avec des milieux optimisés pour la croissance de coli (LB) et de d'autres entérocoques, tu lyse les cellules et fait une PCR dessus. Là aussi les milieux sont trouvable sur des sites tels que Sigma-Aldrich, Invitrogen etc, et les amorces de PCR aussi.  [...] Après, il faut savoir que comme l'à suggéré Flyingbike, des industriels mettent en place des milieux tout prêts, qui ne laissent pousser que les bactéries que tu désires, à moindre coût... Je reste septique avec ceci. Beaucoup d'entreprises identifient les bactéries avec ce système, il est fiable et à fait ses preuves.  [...]

[Biologie Moléculaire] Interprétation courbe qPCR

Admettons, mais alors pourquoi ce problème uniquement sur les échantillons de ce compartiment intestinal (et pas sur les deux autres), pourquoi ai-je eu ce problème avec les amorces bactériennes, alors que j'ai réalisé les même qPCR sur les même échantillons avec des amorces protozoaires et fongiques.  [...] Notre inquiètude la plus importante serait que ce pic soit du à une contamination, j'aimerai donc savoir, pour des amorces bactériennes, à partir de quel CT pour le témoin négatif je peux considérer qu'il y a un problème.  [...]

[Biologie Moléculaire] qrt PCR : gène de référence avec 2 Tm

Sinon, une chose que j'ai apprise, il ne faut pas faire confiance aux acquis des labos, surtout en terme d'amorces. On a des fois de belles surprises en blastant des amorces utilisées depuis des années. Tu peux déjà vérifier si il y a un risque de non spé.  [...] Il ne faut pas oublier non plus que les algorithmes évoluent, ce qui peut expliquer ces surprises. J'en ai fait l'amère expérience. une version de mon logiciel m'a défini des amorces, 6 mois et 2 nouvelles versions plus tard, je pouvais jeter mes amorces. (ce qui était confirmé par les manips).  [...]

[Biologie Moléculaire] Amplification PCR

J'ai un problème avec un couple d'amorces que j'ai moi même dessiner. Il s'agit de primer dégénérer d'aux maximum de 3 bases sur 20, jusque la tout est normale. Ces primers sont issue d'une séquence consensus de 4 gènes présent chez dans 4 génomes bactérien.  [...] J'ai vérifier in silico en blastn et blastx et les amorces ne match nul part sur ce dernier... J'ai regarder alors si la bactérien disposait de plasmides mais ce n'est pas le cas, donc aucune chance de trouver le gène dessus... Bien que mes amorces soit dessiner sur la phase codante, j'ai tout de même tenter de regarder dans la séquence non codante, et la pareil, aucun match.  [...]