• Forum - Résultats, Amorces, échantillons

[Biologie Moléculaire] Problème d'amplification lors d'une PCR

Outre les résultats approximatifs pour la FSH, je ne comprends pas les résultats obtenus pour la B-Actine (sachant qu'ils ont été obtenu à plusieurs reprise dans mon groupe, mais pas dans les autres groupes).  [...] Ma chargée de TP me demande d'expliquer les résultats obtenus autrement que par des erreurs de pipetage ou des amorces/échantillons erronées.  [...]

[Biologie Moléculaire] problème de qPCR sur des échantillons de maïs

je cherche à mettre au point une méthode de quantification en Evagreen d'un champignon dans des échantillons de maïs cultivés en serre, et tout a bien marché (dessin d'amorces spécifiques, quantification d'ADN du champignon pur...) mais dès que j'ai voulu passer les échantillons de maïs, j'ai obtenu des résultats non répétables, avec des pics de fluorescence qui ne correspondent pas au champignon et surtout qui changent d'un jour à l'autre.  [...] oui j'ai blasté mes oligos et j'ai fait une PCR sur de nombreuses de champignons que l'on rencontre sur le maïs, a priori elles sont spécifiques. Après je n'ai pas eu accès à de l'ADN de maïs pur (trop d'endophytes naturellement présents dans les semences) donc je ne peux pas certifier à 100% que les amorces ne s'hybrident pas avec le maïs, mais étant donné que certains échantillons (contenant 100 ng de maïs) ne réagissent pas, je ne pense pas qu'elles amplifient le maïs.  [...]

[Génétique] Absence amplification PCR, POURQUOI ?

D'après les résultats de la PCR et des recherches bioinfo, je sais que l'amorce 5 spécifique de l'ADN-T est localisée entre les amorces 1 et 4.  [...] Je n'arrive pas à comprendre pk il n'y a pas d'amplification entre les amorces 1 et 5, sachant que l'amorce 5 est inséré entre les amorces 1 et 4. Les résultats obtenus (PCR) provient de l'INRA, donc ils sont justes (ce n'est pas une erreur de manip).  [...]

[Biologie Moléculaire] Deux bandes en PCR

On a du mal a expliquer ces résultats. Notre théorie c'est que les amorces étaient contaminées avec d'autres amorces. Il peut aussi y avoir un problème dans les dillutions des Amorces. Est- ce qu'un problème de dillution peut expliquer ce résultats.  [...] Il peut aussi y avoir un problème dans les dillutions des Amorces. Est- ce qu'un problème de dillution peut expliquer ce résultats.  [...]

Interpréter une courbe de fusion PCR

Je fais de la PCR quantitative (Sybr Green) sur le gène de l'actine. Après amplification, je réalise une courbe de fusion. Lors de l'analyse de la courbe (module Tm calling), au lieu du pic habituellement rencontré, j'ai obtenu un plateau.   [...] ca peut etre compliqué. On peut notamment penser a une température d'annealing trop froide, ce qui fait du non spé. Qelles sont vos amorces et votre protocole de PCR quels sont les échantillons.  [...]

[Biologie Moléculaire] Génotypage--pcr

jai changé la concentration en amorces fait varié dautres paramètres mais en vain...je pense certaineme,t que le probleme se situe dans le réglage de la normalisation à peine je change mes valeurs,mes résultats sont complètement différent.malheureusement dans mon labo aucune personne n'a les compétences pour régler la normalisation et moi encore moins...je découvre à peine la PCR.  [...] jai changé la concentration en amorces et fait varié dautres paramètres mais en vain...je pense certainement que le probleme se situe dans le réglage de la normalisation à peine je change mes valeurs,mes résultats sont complètement différents.malheureusement dans mon labo aucune personne n'a les compétences pour régler la normalisation et moi encore moins...je découvre à peine la PCR.  [...]

[Biologie Moléculaire] Quantification absolue / gamme étalon

J'utilise la PCR quantitative, quantification absolue avec une gamme étalon obtenue par dilution de quantités connues d'ADN. Je cherche à déterminer les quantités d'ADN d'échantillons. Je travaille en SYBR Green. Mon efficacité de PCR et la spécificité de mes amorces sont OK.  [...] J'ai réalisé 3 dilutions différentes du même échantillon, toutes sont couvertes par la gamme étalon. Par contre, pour chacune des dilutions, avec la même gamme étalon, je trouve un résultat différent (après avoir fait les calculs) alors qu'en théorie je devrais trouver au final la même valeur (la seule et unique valeur vraie de mon échantillon).  [...]

[Biologie Moléculaire] Pcr il4vntr

Je voudrais amplifier le polymorphisme il4VNTR, j'ai donc fait ma PCR et fait migrer mes ADN sur gels d'agarose seulement ça ne marche pas, les resultats après révélation au BET sont illisibles, les ADN n'apparaissent pas.  [...] il va falloir etre plus précis pour certaines choses. Par exemple on s'en fout un peu de la tension de migration, par contre il serait utile de connaitre la longueur de l'amplicon attendu, le temps d'élongation, le %GC des amorces, leur longeur, etc. Quelle est la différence attendue entre vos échantillons (longueur, présence/absence, etc).  [...]

qPCR résultats hors gamme standard!!!

comment expliquer des valeurs de Ct de PCR en temps réel supérieures à l'unité de copie Je m'explique. dans une gamme standard une copie par µl sort à un Ct=30 mais mes échantillons sortent justement après. j'obient donc des resultats comme 0.01 copie par µl.  [...] Des hybridation aspécifiques de tes amorces ou de ta sonde Cela dépend de ton échantillon aussi (pur ou échantillons biologique).  [...]

[Biologie Moléculaire] Détection de virus: quelle méthode?

Je comprends pas tres bien la démarche. Pour vos amorces, il va bien falloir les définir en fonction du type de virus que vous voulez détecter, non Si vous ne voulez détecter qu'un type de virus, une simple PCR éventuellement couplée avec un robot pour automatiser la procédure si il y a beaucoup d'échantillons est suffisante et rapide (1 journée maxi + économique).  [...] Ce qu'il est très important c'est de savoir si vous pouvez rentabiliser cet achat. Parce que la station à 200000$ et la puce à 500¬... Une puce = un tube d'échantillon... 24h plus tard tu vois si tu as un résultat interprétable ou pas.  [...]