• Forum - Résolution, Forme, Protéine, Chaînes

Haute résolution

Lorsqu'on parle de structure à haute résolution, c'est la seconde méthode qui est utilisée. Selon la qualité du cristal formé par la protéine en question, sa capacité à réfracter les rayons X sera différente. Plus le cristal est bon, plus la résolution sera haute (1 à 2 angströms), ce qui permet de placer exactement les chaines latérales des acides aminés dans l'espace.  [...] Une moins bonne résolution donnera la forme globale de la protéine mais des incertitudes resteront sur la place exacte des chaines latérales.  [...]

Mapk P38

Hello est ce que quelqu'un a déjà essayé de différencier par un Western la protéine P38 et cette même prot sous forme phosphorylée En gros est ce que je peux mettre mes deux anticorps primaires en même temps et voir apparaître 2 bandes Je fais des gels d'électrophorèse à 12%, est ce que la résolution est assez forte.  [...] Si ta proteine est multiphosphorylée oui tu peux faire ca, normalement les proteines phosphorylées migrant plus lentement tu observera des bandes superieures. Il faut etre sur que les bandes inferieures ne sont pas des produits de degradation (donc un témoin traité a la phosphatase alcaline est essentiel).  [...]

La proteine G

Son rôle Un amplificateur de signal pour la transduction, essentiellement par la sous-unité alpha mais aussi par beta/gamma. Il n'y a pas de distinction entre ce que tu appellles le rôle biochimique et physiologique. cette protéine n'est rien d'autre qu'un interrupetur moléculaire et l'activité GTPasique joue le rôle de minuteur (pour limiter le temps d'activation - résolution du signal en temps).  [...] cette protéine n'est rien d'autre qu'un interrupetur moléculaire et l'activité GTPasique joue le rôle de minuteur (pour limiter le temps d'activation - résolution du signal en temps).  [...]

[Biologie Moléculaire] Gel: agarose ou polyacrylamide?

Le gel de polyacrylamide à une résolution à la paire de base près, ce qui est tout à fait interessant lorque tu veux exploiter tes fragments d'ADN en revanche le gel d'agarose a une résolution à la centaine de pb près. Ce qui est bien pour détecter la présence d'un ADN ou d'une protéine mais qui est plus génant pour déterminer sa taille.  [...] Je pense que le gel de polyacrilamide (PAGE) peut s'appliquer a separer de l'ADN mais seulement si celui ci est tres petit. En effet, il ne faut jamais oublier que l'ADN est une tres tres tres grosse molecule or le maillage du gel PAGE est lui assez petit et donc l'ADN a enormement de mal a etre separe a l'inverse des proteines ( souvent plus petites ).  [...]

Cristallisation des proteines

Un echantillon de proteine (qui doit etre tres pur - c'est une etapes difficile) est mis en solution (typiquement, on teste plusieurs centaines de melanges de solvent), et on laisse le solvant s'evaporer.  [...] L'analyse de ces donnees s'appelle la resolution de la structure. Avec un peu de maths et de physique et d'informatique, on deduit a partir de la position relative des taches de diffraction, la position relative des atomes dans le cristal, et a partir de la, on modelise la structure tridimensionnelle de la proteine http.  [...]

[Biologie Moléculaire] Combien d'enzymes différentes dans le vivant ?

J'observe également que la description d'une protéine ne peut pas rentrer dans les bases de données si la résolution structurelle (structure secondaire) est supérieure à 4 angströms. Je pense notamment à la base de données UniProt. Je ne sais pas la part des labos qui possède l'instrumentation nécessaire (diffraction X, RMN, etc...) pour passer cette limite de 4 angströms.  [...] Par contre, on n'a aucune résolution temporelle. En microscopie électronique comme en diffraction des rayons X, on travaille sur des protéines figées dans leur conformation la plus stable (ou une des plus stables). En RMN on travaille en solution mais ça ne change rien, le signal obtenu sera la moyenne de tous les signaux de chaque protéine et au final on n'observera que les états les plus stables.  [...]

[Biochimie] Paramètres western blot

Je fais beaucoup de western sur des proteines de 150 et 155Kda. J'utilise un gel 4-12% bis-tris precast (NuPage Novex bis-tris). Je migre dans du tampon MOPS (je te laisse regarder sur le site fournisseur la compo) et ca me donne une super resolution.  [...] L'important n'est pas le voltage pour séparer les deux bandes mais la distance de migration. Le voltage est surtout important pour la résolution des bandes. Je faisais arriver la bande de 60 kDa du marqueur de taille à 1 cm du bas du gel car j'avais une protéine à 60 kDa qui m'intéressait.  [...]

[Biochimie] PDB et Cristallographie

Il peut y avoir des zones dans la structure des protéines qui sont très dynamiques. Cela peut engendrer la formation d'un cristal de plusieurs conformères. La base de la résolution cristallographique étant la répétitivité de la même structure, s'il y a des variations à un endroit, la résolution sera donc impossible pour cette zone.  [...] Pour compléter ce que dit LXR, il faudrait une résolution d'environ 0,5 A pour voir les atomes d'hydrogène or les meilleures résolutions obtenues pour des protéines sont d'environ seulement 1 A. Les hydrogènes présents dans les structures sont donc rajoutés, il est possible de calculer leurs positions si on connait l'emplacement des autres atomes.  [...]

[Biochimie] Problème de migration de gel

Bonjour à tous, j'ai des problèmes de migration de gel SDS-PAGE et j'espère que ce forum va m'aider à trouver une solution. Depuis quelques temps il nous est imposible de faire des gels avec une bonne résolution. En effet, après coloration des gels au bleu de Coomassie, les bandes de protéine sont très etallées, nous avons comme un effet de smire.  [...] La résolution n'est pas bonne, et les annalyses sont très difficiles à interpréter. Nous travaillons actuellement en Tri-Glycine, classique pour les protéines. Nous avons essayé une multitude de choses pour tanter de remédier au problème, mais rien n'y fait.  [...]

[Biologie Moléculaire] Western blot et interférences?

Le probleme c'est que souvent quand tu as une grosse patate de proteine, les Ac viennent se coller meme sans etre specifique. Tu peux aussi essayer d'augmenter le temps de ton etape de saturation (2h 5% lait dans PBST), ainsi que hybrider tes Ac avec 0.05% de lait dans PBST.  [...] Peut etre que, tout en augmentant la résolution, tu pourrais tester en parrallèle un anticorps anti bsa pour etre sur que la bande que tu observes comigre bien avec ce que tu penses etre de la bsa. Je vais peut etre dire des bétises mais si tu utilises des sérums bovins (à moins que ce soit autre chose) tu auras donc des anticorps bovins anti bsa mais si ton anticorps primaire anti PDH n'est pas d'origine bovine (en général, c'est souris, lapin ou chévre), tu réveleras avec un anticorps secondaire (souris, lapin ou chévre) qui ne reconnaitra pas les anticorps anti bsa d'origine bovine. A moins que tu révele ta protéine différemment.  [...]