• Forum - Relation, Température, Hybridation

Hybridation in Situ

- L'appariement plus ou moins spécifiques entre acides nucléiques (ici, entre la sonde et l'ARN) dépend de plusieurs conditions (pH, sels, température), le tout est appelé stringence. Le SSC permet de jouer sur la stringence (en jouant sur le pH / concentration en sels) qui ne doit pas être trop forte (laison trop difficile, manque de signal), ni trop faible (trop de liaison, signal aspécifique).  [...] - Les sondes s'hybrident mieux et plus rapidement à température élevée (55, 60°C, ça dépend du protocole). Cf la relation entre température et stringence d'hybridation.  [...]

températures et PCR

Plus il y a de GC et plus la température d'hybridation est élevée mais pourquoi Il faut une forte température pour créer les liaisons.  [...] La température d'hybridation c'est celle qui permet que les amorces se fixent à la matrice si je comprends bien et le Tm c'est la température a laquelle il y a 50% de simple brin mais je n'arrive pas a faire le lien avec les amorces parce que ça c'est la dénaturation non.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR : bandes aspécifique et température

Comme cette fois je n'avais qu'un seul produit à amplifier j'en ai profité pour augmenter ma température hybridation afin d'être plus proche des Tm de mes amorces.  [...] J'étais un peu perturbé d'obtenir le résultat inverse que celui auquel je m'attendais (augmentation de la température d'hybridation entrainant l'apparition de bandes aspécifiques...) mais l'essentiel est d'avoir une condition qui fonctionne bien.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème amorce PCR

Ben vu tes Tm il faut faire une hybridation à basse température (on conseille en générale 5°C en dessous du Tm théorique). Mais a 40°C ton oligo de Tm 60° va s'hybrider spécifiquement n'importe ou.  [...] Je suis actuellement entrain d'essayer avec une température d'hybridation de 48°C en espérant voir une bande. Si par tout hasard, j'en vois plusieurs, j'essayerai d'augmenter la température de 2°C.  [...]

[Biologie Moléculaire] Besoin explication température d'hybridation

pourtant la température d'hybridation utilisée dans le thermocycleur varie de 59 à 45 °C (intervalle de 1 °C a chaque cycle), alors que j'aurais pensé qu'il fallais une Ta de 63°C.  [...] En PCR on cherche à ce que le maximum d'amorces soient hybridées (dans l'idéal 100%). Alors on se place générallement 5°C (voir plus) en dessous du Tm (c'est la température d'annealing ou Ta).  [...]

Température d'hybridation et PCR

La réponse est simple, il suffit de savoir ce qu'est... theoriquement... le Tm. Le Tm est la température à laquelle statistiquement, il n'y a que la moitié des liaisons des appariements qui sont formés. Et la moitié, c'est bien insuffisant pour un hybridation d'amorce.  [...] Oui mais il faut bien que l'ADN soit suffisamment dénaturer sinon l'hybridation n'est pas possible sur de l'ADN bicaténaire. Et c'est bien pour cela qu'on prend comme référence le Tm qui en fait est une température de demi-dénaturation.  [...]

[Biologie Moléculaire] calcul de la température d'hybridation

je veux effectuer une PCR mais le probleme se pose dans le calcul de la température d'hybridation des amorces, en attente de votre aide je vous remercie.  [...] La Th (température d'hybridation) est 5 à 10°C plus faible que la Tm des amorces.  [...]

[Biologie Moléculaire] Mutagenèse par PCR : Tm des oligos

Nous devons mettre en relation les températures choisis avec le Tm des oligos mais je ne comprend pas pourquoi nous avons régler l'hybridation sur 55°C alors que les oligos ont un Tm de 79°C... Est ce que quelqu'un pourrait m'aider.  [...] Je crois que j'ai compris. on diminue la température d'hybridation car la séquence de l'oligo n'est pas 100% appariée et donc si on veut qu'elle s'apparie il faut lui laisser du temps.  [...]

[Biologie Moléculaire] Température d'hybridation et MacVector

J'ai désigné deux amorces avec le logiciel MacVector pour faire une réaction PCR. La première amorce sens est de 27 bases et la deuxième antisens est de 21 bases. Lorsque j'ai fait le test des amorces par MacVector, il m'a dit que c'est bon pour les deux amorces et que la température de fusion Tm est de 62,1 pour les deux, et donc je peux conclure que la bonne température d'hybridation est 57,1.  [...] Mais, lorsque j'ai essayé de calculer la température d'hybridation par la fameuse formule 4(G+C) + 2(A+T) j'ai trouvé des températures d'hybridation de 69 pour l'amorce sens et de 61 pour l'amorce antisens. Je demande qui est le plus crédible. MacVector ou la formule classique.  [...]

[Biologie Moléculaire] Temps d'hybridation des amorces

Le temps d'hybridation est longueur-dépendant et température dépendant. Donc précise la taille de tes amorces ainsi que la température utilisée.  [...] petites précisions. la température dépend de la longueur mais jusqu'a un certain point seulement. En PCRq, les temps d'hybridation sont généralement de quelques secondes (5-10 secondes) pour des 19-22mers.  [...]